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François BIZET

Paris

En résumé

6 ans d'expériences dans des laboratoires de recherche agronomique en France, Ecosse, Japon. Profil trandisciplinaire et fortes aptitudes en analyses de données et d'images. Je suis à la recherche d'un poste en R&D, biologie/agronomie ou autre secteur ouvert aux data science et à la gestion de projets R&D.

Mes compétences :
Gestion de projet
Data mining
Big Data
Agronomie
Biologie végétale
Statistiques
Biologie moléculaire
Biologie cellulaire

Entreprises

  • INRA - Chargé de recherche

    Paris 2017 - maintenant Travaux de recherche en biologie intégrative sur les mécanismes de redressement et de résistance à la verse des plantes.
  • Graduate school of bioagricultural sciences, Nagoya, Japon - Professeur

    2017 - 2017 Bourse de la Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)

    Domaines de compétences mis en œuvre : biologie moléculaire, biomécanique, microscopie, écophysiologie.

    Problématique : Identifier les mécanismes de redressement des plantes suite à une verse, en collaboration avec des biologistes moléculaires.

    Methodologie : Mise en place technique d’un suivi temporel d’échantillons par microscopie confocale. Analyse de niveau de fluorescence et de déformation sur plus de 10 000 photos par Particle Image Velocymetry. Caractérisation physiologique de mutants (Arabidopsis thaliana).
  • Centre National D'études Spatiales - Post-doctorant

    Toulouse 2015 - 2017 Obtention d'une bourse de recherche de 2 ans auprès du CNES.

    Objectif scientifique : Caractérisation du comportement de plantes en micropesanteur et identification de la cascade de signalisation impliquée dans la perception de la gravité.

    Méthodologie : Exploitation d’une expérimentation effectuée à bord de l’ISS. Microscopie électronique à transmission et analyses de positions sur des échantillons revenus sur Terre. Bioinformatique : analyse Big data de données d’expression de gènes (plus de 100Go de données).

    J'ai par ailleurs mis en place une collaboration franco-allemande pour réaliser des vols paraboliques. Le lancement est prévu au printemps 2018.

    Publications :
    2018 – Bizet F, et al., Both gravistimulation onset and removal trigger an increase of cytoplasmic free calcium in statocytes of roots grown in microgravity, Scientific reports (in review)
    2017 – Pouliquen O, Forterre Y, Bérut A, Chauvet H, Bizet F, Legué V & Moulia B, A new scenario for gravity detection in plants: the position sensor hypothesis, Physical Biology, doi:10.1088/1478-3975/aa6876

    Séminaires:
    2016 – Séminaire, American Society for Gravitational and Space research (Etats-Unis)
  • James Hutton Institute, Dundee, Ecosse - Doctorant

    2014 - 2014 Objectif scientifiques : Modéliser le comportement des racines dans des sols compactés en collaboration avec des biomécaniciens.

    Méthodologie : Suivi 3D d’échantillons par prise de photos pour reconstruire croissance et déformation. Mise en place d'un capteur de force capable de mesurer les forces générées par la croissance racinaire. Projet soutenu par l’école internationale de recherche Agreenium.

    Publications :
    Bizet F, Bengough G, Hummel I, Bogeat-Triboulot MB & Dupuy L, 3D deformation field in growing plant roots reveals both mechanical and biological responses to axial mechanical forces, Journal of experimental botany, Vol. 67, No 19, pp. 5605–5614, doi: 10.1093/jxb/erw320

    Séminaire :
    2014. Rencontres du groupement de recherche Mécanique et Physique des systèmes complexes (MéPhy, Paris) : Suivi tridimensionnel de la croissance et de la déformation de l'apex racinaire : réponses biomécaniques face aux obstacles (communication orale).
  • Inra - Doctorant Biologie végétale

    Paris 2011 - 2014 Objectif scientifique : Caractériser l'influence du stress hydrique sur la croissance des racines.

    Méthodologie : Mise en place d’un suivi infrarouge et d’outils d’analyse d’image à haut débit. Développement d’outils de mesures semi-automatisées pour l’analyse d’images. Plus de 100h de vidéos traitées par reconnaissance de pattern et ajustement de modèles de croissance.

    J'ai également été implique dans une analyse bioinformatique d'une famille de gènes impliquées dans les échanges d'eau chez les plantes, publiée en 2013.

    Publications :
    2017 - Bizet F, Bengough G, Hummel I, Bogeat-Triboulot MB & Dupuy L, Flexible protocol for non-invasive root growth monitoring under infrared light, Bio-protocol, in press
    2015 - Bizet F., Hummel I. & Bogeat-Triboulot MB. Length and activity of the root apical meristem revealed in vivo by infrared imaging. Journal of Experimental Botany. DOI : 10.1093/jxb/eru488

    Séminaires :
    2012. Meeting UPRA, collaboration de l'INRA avec l'Umeå Plant Science Centre (Suède) : Plasticity of gene expression in response to drought in poplar growing leaves; Cell division and cell elongation in the growing root apex: diversity of drought-induced responses.
    2013. 7ème séminaire EPSO (European Plant Science Organisation, Grèce) : Spatio-temporal evolution of growth components in root apex in response to low water potential.

    Encadrement : Marie-Béatrice BOGEAT-TRIBOULOT et Irène HUMMEL
  • INRA, centre de Nancy - Stagiaire

    2011 - 2011 Stage consacré à l'analyse de la plasticité de la croissance foliaire et de l'expression de gènes d'intérêts en réponse au déficit hydrique.

    PUBLICATION
    Bizet F., Bogeat-Triboulot MB., Montpied P., Christophe A., Ningre N., Cohen D. & Hummel I. Phenotypic plasticity towards water regime: response of leaf growth and underlying candidate genes in Populus. Physiologia Plantarum. DOI : 10.1111/ppl.12271.

    Au cours de ce stage, j'ai développé des compétences fortes en biologie moléculaire pour étudier l'expression de gènes d'intérêts par PCR quantitative en temps réel : choix des gènes, design expérimental, dessin des amorces, extraction d'ARN, RT-qPCR et analyses statistiques. L'ensemble a été étudié en réponse à la maturité des feuilles sur différents génotype de peuplier et plusieurs niveaux de stress.

    Le stage s'est déroulé dans l'UMR EEF, sur le site de Champenoux.
    Encadrement : Irène HUMMEL et Marie-Béatrice BOGEAT-TRIBOULOT
  • INRA, centre de Bordeaux - Stagiaire

    2010 - 2010
  • INRA, centre de Bordeaux - Stagiaire

    2009 - 2009 Comparaison de la croissance radiale de trois espèces arborées de la dune girondine : Pin maritime, Chêne pédonculé, Chêne vert. Détermination de l'impact du gradient hydrique créé par les faciès dunaires sur le développement de chaque espèce.

    Mesures de croissance radiale par un approche de dendrochronologie et comparaison avec des données climatiques.

    Le stage s'est déroulé dans l'UMR BIOGECO, sur le site de Pierroton.
    Encadrement : Annabel PORTE et Didier BERT
  • Pépinières Derly - Technicien en pépinière

    2007 - 2007 Pose d'un système d'arrosage goutte à goutte sur une partie des installations de la pépinière.

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