Pierre PERICARD

En résumé

Entreprises

• Université Lille 1 - Doctorant en Bioinformatique

  Villeneuve d'Ascq 2013 - maintenant "Fast and accurate algorithms for taxonomic assignation for metagenomic samples"

• Station Biologique de Roscoff - Ingénieur Bioinformaticien

  2011 - 2013 > Assemblage de données de séquençage à haut débit d’eucaryotes (Genome, RNAseq) avec Trinity, CLC Assembler, Soap, Abyss
  > Mise au point d'un pipeline de nettoyage et pre-processing de données de séquençage à haut débit (qualité, adaptateurs, rRNA, polyA/T, …)
  
  > Développement de scripts Python, Perl, Bash pour la bio-analyse et l’administration système
  
  Galaxy:
  > Intégration d’outils, développement de workflows, support aux utilisateurs
  > Gestion de multiples projets d'intégration de workflows de 1 semaine à 3 mois
  > Mise au point d’un guide de bonnes pratiques de développement pour l’intégration d’outils
  > Développement et intégration d'un pipeline d'analyse de données métabolomiques en collaboration avec la plateforme METABOMER (CNRS, Roscoff), et PFEM (INRA, Clermont-Ferrand)
  
  > Membre actif du groupe de travail national Galaxy (gestionnaire de workflows open-source) de l’Institut Français de Bioinformatique (http://www.ifb-galaxy.org/)
  
  > Membre de l'équipe organisatrice et formateur "RNAseq de-novo" des écoles chercheur ITMO GGB ‘Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit’, 14-18 janvier 2013 et 17-23 novembre 2013 à Roscoff
  > Participation à l’élaboration des contenus pédagogiques et formateur lors des sessions de formations "Galaxy initiation" et "RNAseq" à la Station Biologique de Roscoff

• Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC) - INRA Toulouse - Stage de Master 2 Professionnel Bioinformatique

  2011 - 2011 Extension d'une méthode de cartographie comparée:
  
  > Développement et implémentation en C++ dans le logiciel CartaGene d’une approche probabiliste pour étendre une méthode de cartographie génétique comparée à l’utilisation de plusieurs génomes de référence
  > Développement d’un simulateur de données évolutives en Perl
  > Développement analytique de la distribution du nombre de cassures convergentes sur un arbre en fonction du nombre de réarrangements des ordres de cet arbre
  

• Laboratoire Genomique et Biotechnologie des Fruits (GBF) UMR 990 - INRA / INP-ENSA Toulouse - Stage de Master 2 Recherche 'BioSciences Végétales'

  2010 - 2010 Caractérisation fonctionnelle de l’ARF8 de tomate :
  
  > Analyse micro-array
  > Analyse histologique de boutons floraux
  > Analyse d’interaction protéine-protéine par BiFC
  > Clonage de vecteurs d'expression BiFC au moyen d'un système Gateway

• Instituto de Biología Molecular y Celular de Plantas (IBMCP) - Valencia (Espagne) - Stage de 2e année d'études d'Ingénieur Agronome (3 mois) - BioInformatique

  2009 - 2009 > Développement d’une application Perl pour l’analyse statistique et le formatage de données issues d’analyses Fluidigm (Q RT-PCR like puce, 96 gènes * 96 échantillons).
  
  > Participation à l'assemblage du génome de la tomate au moyen de données de séquençage SOLiD, Travail sur Altix 2.5 TB RAM au Barcelona Supercomputing Center.

• Chambre d'Agriculture des Hautes Pyrénées - Contrat au Projet (6 mois) - Junior Entreprise de l'ENSAT

  2008 - 2009 Développement d'une application pour le calcul des coûts de production des exploitations agricoles du département des Hautes-Pyrénées:
  
  > Conception, Programmation et Ergonomisation d'une application Excel/VBA d'aide au conseil à destination des professionnels
  > Travail au sein d'une équipe de 3 élèves ingénieurs, en lien avec l'équipe technique de la Chambre d'Agriculture et du Centre d'Economie Rurale

• Institut Français de la Vigne et du Vin Sud-Ouest - Projet Tutoré en Entreprise (5 mois) - 2e année ENSAT

  2008 - 2009 Réalisation d’une enquête par questionnaire sur les coûts de productions des itinéraires viticoles de 4 départements de la région (Haute-Garonne, Gers, Lot, Tarn):
  
  > Création et administration du questionnaire chez les viticulteurs
  > Développement d’une base de données Access pour stocker et analyser les données
  > Remise d’un rapport de transmission

Formations

• Université Toulouse 3 Paul Sabatier

  Toulouse 2010 - 2011 Informatique, Génomique, Transcriptomique, Protéomique, Data-Mining, Admis mention Bien
  
  Projet de fin d'étude: Développement d’un pipeline de récupération de données depuis le Web, d’analyse et de filtrage, puis de connexion et de stockage dans une base de données MySQL

• Ecole Nationale Supérieure Agronomique

  Toulouse 2009 - 2010 Génétique, Biologie Moléculaire, Bioanalyse, Signalisation Cellulaire, Microbiologie

• Ecole Nationale Supérieure Agronomique De Toulouse

  Castanet Tolosan 2007 - 2010 Ingénieur Agronome
  
  Agronomie, Management, Biologie Végétale et Animale, Génétique, Statistiques
  
  Spécialisation en génétique végétale, génomique et bio-informatique
  
  Activités et associations : Président du Club Informatique (2009), Membre du Club Jeux de Rôle
  
  

• Institut National Polytechnique CPPT

  Toulouse 2005 - 2007 Classe Préparatoire intégrée à un ensemble d'écoles d'ingénieurs, Mathématiques, Physique, Chimie, Biologie, Informatique, GeoSciences, Communication,

Réseau

• David GOUDENÈGE

• Gaëlle QUENTIN

• Laure EGOUMENIDES

• Léopold LOUIS-MARIE

• Maud GEUFFRARD

• Nicolas DE BOSSCHER

• Olivier GARONE

• Philippe PEREZ

• Raphaël PEREZ

• Yousri HANNACHI