Mes compétences :
Data mining
Management d'équipe
Analyse de données
Statistiques
Clusters
Programmation orientée objet
NGS
Design patterns
Base de données
Management de projet
Extreme programming
Recrutement
Bioinformatique
Entreprises
Fondation Jean DAUSSET - CEPH
- Responsable opérationnel bioinformatique
2010 - maintenant- Systèmes/réseaux: supervision pour la restructuration de l'informatique avec l'achat et la mise place d'un cluster de calcul (SGE) et d'un cluster de stockage de type scale out NAS
- Recrutements ingénieurs systèmes et réseaux / bioinformaticiens / stagiaires / apprentissage
- Mise en place de différents pipelines d'analyse pour les données NGS (CASAVA, smallRNA, RNA-seq, whole-genome et capture)
Fondation Jean DAUSSET - CEPH
- Ingénieur Bioinformaticien
2009 - 2009- Analyses de données NGS:
+ mise en place de différents pipelines
+ comparaison d'outils
- aide dans la design d'un LIMS pour les données NGS
Université de Tsinghua, Beijing
- Chercheur
2008 - 2009Mise en place d'un système (base de données + interface web) afin d'étudier les maladies en utilisant les données de pathway publiques
Université de Kyoto
- Chercheur
2004 - 2008Mise en place et administration du LIMS (Laboratory Information Management System) MESHMD avec ~90 tables incluant des données publiques de NCBI, des données de séquençage, de génotypage [Illumina Golden Gate et Infinium, Affymetrix 250K array et Taqman], des primers, des SNPs avec leur fréquence allélique et leur localisation dans les gènes, des haplotypes, ... Ce système a été implémenté dans le cadre du projet de recherche international entre la France, le Japon et la Thaïlande "the trans-ethnic Genomics Study of Multigenic Disorders". Il a été déployé au CNG (Evry) et dans une université en Thaïlande.