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Vimel RATTINA

PARIS

En résumé

Jeune cadre diplômé d'un master Génie Biologique et Informatique, j'ai effectué mon cursus universitaire au sein de l'Université d'Evry Val-d'Essonne (UEVE), un pôle de recherche majeur en biotechnologie.

Durant ma formation universitaire, j'ai eu l'occasion d'appliquer mes connaissances en biologie informatique dans des laboratoires scientifiques de pointe comme l'Institut de Biologie Systémique et Synthétique (Genopole et CNRS) et l'University of Illinois at Urbana-Champaign (USA). Étant impliqué dans un consortium international (Genome13), j'ai eu l'opportunité de travailler chez Nestlé R&D Tours et d'intégrer un nouveau consortium international (Arabica Coffee Genome Sequencing).

Mes précédents collègues et employeurs pourront vous attester mes compétences en programmation et en analyse de données. Ces expériences professionnelles m'ont permis de m'améliorer en programmation (R, Python, Bash, Awk & LaTeX) et aussi de me familiariser avec des outils génomiques (BWA, Bowtie2, SAMtools, GATK, Gotcloud, MUMmer, Trinity RNAseq & SOAPdenovo2).

Je suis actuellement en poste dans le Laboratoire de Génétique Humaine des Maladies Infectieuses (Institut Imagine, INSERM U1163) et je reste ouvert à toutes offres de collaborations intéressantes.

Mes compétences :
Postgresql
JAVA
R
Emacs
C
Python
XML
OCamL
OpenBabel
Bash
LaTeX
HTML
CSS
AWK

Entreprises

  • Institut Suisse de Bioinformatique - VIE

    2019 - maintenant

  • Sanofi - Ingénieur en Bioinformatique

    Paris 2018 - 2019

  • Inserm - Ingénieur d'études en Bioinformatique

    PARIS 13 2015 - 2018 IMAGINE Institut des maladies génétiques.
    Laboratoire de Génétique Humaine des Maladies Infectieuses.
    Chercheur invité à l'Université Rockefeller.

  • Nestlé - Ingénieur d'études en Bioinformatique

    Marne La Vallée Cedex 2 2015 - 2015 Assemblage de génomes de caféiers.

    Création d'une nouvelle pseudomolécule C. canephora (scaffolds orientés) via alignement local Bowtie2 de marqueurs génétiques sur des données PacBio de C. canephora comme référence.

    Ancrage des contigs PacBio C. arabica (séquences répétées masquées) sur la pseudomolécule C. canephora avec SyMAP pour l'assignation des contigs à leurs chromosomes respectifs.

    Différenciation des 2 sous-génomes de C. arabica (4n) grâce à des alignements Bowtie2 avec les données Illumina de C. eugenioides et C. canephora avec C. arabica utilisé comme référence. Analyse de la couverture avec Bedtools pour départager l'appartenance aux sous-génomes.

    Sélection de SNPs de C. arabica sauvages pour la conception d'une puce de génotypage BeadChip Illumina. Les SNPs homozygote références pour un parent et homozygote alternés pour l'autre sont préférentiellement sélectionnés pour assurer une ségrégation allélique en F2.

    Complétion de la carte génétique de C. arabica.

    Encadrement d'un stagiaire en bioinformatique.

    Impliqué dans l'Arabica Coffee Genome Consortium (ACGC). Projet en étroite collaboration avec l'Institut de Recherche pour le Développement (IRD, Montpellier), Boyce Thompson Institute for Plant Research (BTI, Cornell University) et Nestlé Institute of Health Sciences (NIHS).

    Chef d'équipe: Dr. Dominique Crouzillat.
    Nestlé R&D Tours - Équipe Biologie Moléculaire.

  • University of Illinois at Urbana-Champaign - Bioinformaticien

    2014 - 2014 "Relations phylogénétiques et évolution de 15 espèces Coffea basées sur l'ADN nucléaire chloroplastique (NUPT)"

    Intégration de l'ADNcp au sein du génome nucléaire de 15 espèces Coffea à l'aide de BWA et SAMtools avec C. canephora comme génome de référence. Les relations phylogénétiques ont été établi via les sites de jonctions des intégrations chloroplastique à l'aide du langage R.

    Des intégrations d'ADNcp spécifiques à chacune des espèces ont été trouvées à l'aide d'un alignement local Bowtie2 et un assemblage de novo via SOAPdenovo2.

    Création d'un pipeline en Bash/Python pour automatiser l'analyse.

    Utilisation du pipeline par une doctorante, Jingping Fang, pour l'analyse de l'ADNorg dans les génomes nucléaires de la papaye variété transgénique SunUp et son ancêtre non-transgénique Sunset.

    Assemblage de novo du transcriptome du Taro vial Trinity RNAseq.

    Ce stage a été supervisé par Prof. Ray Ming et Dr. Jennifer Ching Man Wai.

  • Genopole - Bioinformaticien

    Evry 2013 - 2013 "Création d'un pipeline d’annotation automatique des spectres de masse"

    Création d'un pipeline et d'un package R (basés sur xcms & camera de Bioconductor).
    Représentation des métabolites (Bash & Openbabel).
    Environement de travail: Emacs et LaTeX.

    Ce stage a été supervisé par Prof. Jean-Loup Faulon et avec l'aide de Pierre Parutto.

    Institut de Biologie Systémique et Synthétique (Genopole & CNRS).

  • Genopole - Bioinformaticien

    Evry 2012 - 2012 "Complétion de la carte métabolique d’E. coli"

    Recherche d'information sur Metacyc et KEGG (Python et commande Unix).
    Prise en charge des InChI, signatures de réactions & masse des composés.

    Ce stage a été supervisé par Prof. Jean-Loup Faulon et avec l'aide de Charles Winterhalter.

    Institut de Biologie Systémique et Synthétique (Genopole & CNRS).

Formations

  • Université Evry Val D'Essonne

    Evry 2009 - 2014 Master 2 Génie Biologique et Informatique (GBI)

    Master Sciences du Génome et des Organismes (SGO) en spécialité Génomique et Post-Génomique (GPG) parcours Génie Biologique et Informatique (GBI).

Réseau

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