Paris
Possédant une double compétence Biologie/Bio-informatique, je peut interagir aussi bien avec des biologistes, que des bio-informaticiens. Au cours de ma thèse et de mon CDD, à l'Institut Pasteur, j’étais intégré à des projets alternant entre analyse in silico, et validation expérimentales, et portant sur l'étude de l'adaptation, de l'évolution et la génomique d'une bactérie pathogène (Streptococcus agalactiae). Afin de réaliser ces analyses in silico, j'ai écrit des pipelines d'analyse en Shell, des scripts de traitement et d'analyse de données en Perl et R, sur des projet à grande échelle, tout en participant en parallèle à des projets beaucoup plus ciblés. Ces différents projets ont été réalisés en collaboration avec différentes équipes françaises majoritairement au sein de l'Institut et européennes.
Mes compétences :
Analyse des données de séquençage
Traitement des données NGS
Transcriptome
Analyse
Mise en évidence de réseaux de régulation
Techniques classiques de biologie moléculaire
Techniques classiques de bactériologie
Conjugaison
Alignements de séquences,
Construction de phylogénie
Assemblage de séquences de génomes bactériens.
Écriture de scripts permettant l'automatisation
R
Perl
Utilisation de gènes rapporteurs
Pas de contact professionnel
