Alexandra POPA

En résumé

Entreprises

• Institut de Pharmacologie Moléculaire et - Ingénieur de Recherche

  2013 - maintenant Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire (IPMC),
  Valbonne, sous la direction de Pascal Barbry.
  * Analyse des données de séquençage haut-débit de la plateforme de génomique (IPMC) ;
  * mise en place et utilisation des pipelines d'analyses bio-informatiques ;
  * mise à jour des pipelines d'analyses statistiques (R) ;
  * méta-analyses des données publiques ;
  * formatage des données Ion Torrent et production d'un compte rendu final (Java) ;
  * analyse des réseaux et biologie des systèmes (Ingenuity - IPA).
  
  * Travail multidisciplinaire avec les collaborateurs biologistes (Cancéropôle PACA) ;
  * aide à l'interprétation des résultats
  * mise en place de nouvelles analyses
  * rédaction de documents et articles.

• CNRS/Biomerieux - Stagiaire

  2006 - 2006 Dans l'étude de l'expression des HERV dans des différents cas pathologiques, des puces Affymetrix sont utilisées. Le but de mon stage consiste dans la définition de critères objectifs pour la qualité des sondes mises sur la première puce et la définition de nouvelles sondes.

• Laboratoire de Biologie et Biométrie Evolutive - Stagiaire

  2006 - 2007 Une structuration du gènome humain a déjà été mise en évidence. A partir de ces premiers observations et grâce à des outils bioinformatiques et statistiques j'ai travaillé sur la mise en évidence de divers structurations chez les poissons et le chien.

• CNRS/BioMerieux - Stagiaire

  2006 - 2006

• BioMerieux - Stagiaire Ingenieur de la Connaissance

  MARCY-L'ETOILE 2005 - 2006 Le devellopement d'un algorithme mathematique pour le traitement des courbes de micro immuno assays et l'implementation de cet algorithme dans un logiciel VisualBasic/R or SAS.

• INRA/INSA - Stagiaire

  2004 - 2005 Recherche des interactions qui s'établissent entre les plantes et les insectes. Mon projet a été concerné avec l'étude de Buchnera aphidicola, une bactérie symbiotique des pucerons des petits pois.
  Pendant mon stage j'ai fait l'analyse statistique des puces à ADN.

Formations

• Université Claude Bernard

  Lyon 2007 - 2011 Doctorat
  
  Titre: The evolution of recombination and genomic structures: a modeling approach
  Directeurs de thèse: Prof. Christian Gautier et Prof. Dominique Mouchiroud.
  Lien de la thèse: ftp://pbil.univ-lyon1.fr/pub/theses/popa/PopaPhDMain.pdf
   analyse statistique des données de recombinaison et mesures génomiques (PERL, R)
   modélisation mathématique des données de recombinaison (R)
   simulations des

• Université Calude Bernard Lyon 1

  Lyon 2006 - 2007 Master en Bio-informatique: Approches Mathématique et Informatique du Vivant

• Institut National Des Sciences Appliquées

  Villeurbanne 2001 - 2006 Ingénieur en Bio-informatique

Réseau

• Donaël MURET

• Ioan BURCIU

• Johann LAUTHIER

• Lilia BRINZA

• Luc PAFFUMI

• Martin BOULANGER

• Patrice FAYOLLE

• Sabine SAUTEL

• Sébastien BRACONNOT