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Arnaud FERRÉ

Paris

En résumé

Je n'utilise plus Viadeo.
Pour plus d'information : https://www.linkedin.com/in/arnaudferre/

Mes compétences :
Base de données
Gestion de projets
Neurosciences
Programmation informatique web
Mathématiques
Interdisciplinarité
Entrepreuneuriat
Electrophysiologie
Architecture logicielle
Bio-informatique
Programmation
Apprentissage

Entreprises

  • Inra - Chercheur en intelligence artificielle

    Paris 2019 - maintenant Mes publications : https://scholar.google.fr/citations?user=dX1v0CcAAAAJ&hl=fr
  • MaIAGE de l'INRA & LIMSI du CNRS, Université Paris-Saclay - Doctorant interdisciplinaire en intelligence artificielle appliquée aux sciences du vivant

    2015 - 2019
  • Institut de Modélisation des Systèmes du Vivant - Ingénieur de Recherche

    2015 - 2015 Projet : Conception d'une ontologie pour décrire les processus contrôlant le phénotype de la cellule (des cellules bactériennes), pour servir notamment à la réalisation de nouveaux simulateurs.

    Mots-clés : Biologie des systèmes, ontologie, biologie moléculaire, biochimie

    Site de l'IMSV : https://www.universite-paris-saclay.fr/fr/recherche/projet/lidex-imsv
  • Centre de Neurosciences Paris-Sud (CNPS) - CNRS - Bioinformaticien en neurosciences computationnelles (Sciences cognitives/électrophysiologie)

    2014 - 2014 Projet (en partenariat avec la plate-forme Neurospin du CEA de Saclay) : Etude des mécanismes de communication intra- et inter-structures cérébrales. En particulier, étude de structures spécifiques impliquées dans la perception du temps régulée par les émotions (principalement, étude de l'amygdale, du striatum et du cortex préfrontal).

    Mission : Création d'un logiciel de traitement et d'analyse de signaux électrophysiologiques permettant de mettre en évidence un type de communication intra- et inter-structures spécifique (le couplage inter-fréquence). Ce logiciel permet aujourd'hui d'assister des utilisateurs neurobiologistes dans leur interprétation des mécanismes cérébraux étudiés.

    Compétences développées :
    - Analyse préliminaire de projet
    - Électrophysiologie
    - Neurobiologie
    - Élaboration d'un programme en Python (avec les bibliothèques: Matplotlib, SciPy, Numpy, ...)
    - Utilisation de l'IDE Eclipse (PyDev)
    - Initiation aux expérimentations animales (boîte de Skinner, récupération de données biologiques, analyse de données, ...)
    - Problématique de la Recherche
    - Préparation du transfert technologique (notamment en vue d'une généralisation des types de communication étudiés)

    Liens :
    - Laboratoire d'accueil (CNPS/CNRS) : http://www.cnps.u-psud.fr/recherches/presentation
    - Equipe d'accueil : http://www.cnps.u-psud.fr/recherches/equipe/presentation/2
    - Neurospin : http://www-dsv.cea.fr/en/institutes/institute-of-biomedical-imaging-i2bm/departments/neurospin-neurospin
  • INRIA - Neuro-informaticien (imagerie cérébral, notamment IRM)

    Le Chesnay 2013 - 2013 Projet : Réalisation d’un logiciel adaptant une chaîne de traitements d’images IRM pour la détection de dysplasie ou d’hétérotopie (i.e. des lésions cérébrales) sources de l’épilepsie.

    Mission : Un travail bibliographique a d'abord été réalisé pour comprendre les fondements biologiques des pathologies étudiées, ce qui m'a permis de m'initier aux neurosciences. La méthode existante ayant montré un fort potentiel pour la détection de lésions pour la sclérose en plaques, il s'agissait d'étudier sa possible généralisation pour la segmentation de lésions cérébrales pour d'autres types de pathologies.

    Compétences développées :
    - OS : Windows/LINUX (machine virtuelle Fedora)
    - Langage de programmation : C/C++ (et MATLAB)
    - Bibliothèques logicielles : ITK, VTK, VISTAL, BOOST, QccPack, PThread (et SPM)
    - Constructeur logiciel : Cmake
    - IDE : Code::Block et Visual Studio
    - Discipline : traitement de l'images (notamment, problématique de segmentation)
    - Bureautique : pack Office (pour présentations et rapports)

    Equipe d'accueil : VISAGES (http://www.inria.fr/equipes/visages)
  • INRIA Paris-Rocquencourt -  Ingénieur Subventionné de l'Etat (IJD)

    Le Chesnay 2012 - 2012 Sujet : Réalisation d'un prototype de plateforme web collaborative pour les bio-mathématiques s'appuyant sur des scripts Scilab existants.

    Equipe : SISYPHE, responsable : Michel Sorine
    (http://www.inria.fr/equipes/sisyphe)
    Responsable projet : Frédérique Clément

    Projet : Etude d'un signal sous-échantillonné représentant la sécrétion d'une hormone particulière (hormone lutéinisante - LH) liée au cycle d'ovulation chez les mammifères. Etude des pics d'activité, en particulier de leur fréquence.
    (https://www.rocq.inria.fr/sisyphe/paloma/paloma.html)

    Mission et compétences développées associées :
    - Analyse préliminaire du projet
    - Rédaction d'un Cahier des Charges Fonctionnel
    - Développement web d'une première maquette (HTML, javaScript, CSS, PHP, SQL) (https://dynpeak.inria.fr/)
    - Utilisation de Scilab (adaptation des scripts existants)
    - Notion de traitement du signal (cas de signaux sous-échantillonnés)
    - Suivi de projet (Microsoft Project, gestionnaire de version SVN, pack Office 2011...)
    - Réalisation d'un cahier des charges technique (spécification : YAWL)
    - Préparation du transfert technologique
  • API-NC (Nouvelle-Calédonie) - Assistant aux chefs de projet

    2011 - 2011 Sujet : Soutien aux chefs de projet lors du déploiement du premier réseau 3G de Nouvelle-Calédonie et la généralisation du réseau 2G.

    Mission : Rédaction et suivi des DOEs (documents d'ouvrages exécutés) menant à la validation par les clients de la bonne et due forme des sites aménagés vis-à-vis du cahier des charges techniques. Suivi de l'avancement du déploiement à l'interface entre les clients et les techniciens & cadres de l'entreprise. Réponse à des appels d'offres annexes. Soutien à la comptabilité du projet.

    Compétences développées : Gestion/suivi de projet, Pack Office, comptabilité, relation client, finances publiques, réponse à des appels d'offres.
  • THALES TSA - Assistant ingénieur

    2010 - 2010 Sujet : Conception et mise en place d'un site intranet visant à fédérer l'ensemble des outils web/intranet de la division.

    Mission : Conception intégrale d'un site intranet (jusqu'à sa mise en fonction effective) en veillant en priorité à respecter les problématiques de sécurité et à faciliter l'accès et la recherche de données (méta-moteur de recherche). Sensibilisation à la gestion des failles de sécurité (notamment aux injections SQL et au cross-site scripting - XSS).

    Compétences développées : Programmation web (HTML/CSS, PHP), conception de base de donnée (SQL), sensibilisation à l'organisation matricielle
  • ENSTA Bretagne (Ex ENSIETA) - Assistant de Recherche

    2009 - 2009 Sujet : Participation au concours de robotique SAUC-E (Student Autonomous Underwater Challenge – Europe ; http://sauc-europe.org/) au sein du laboratoire DTN de l’ENSIETA pour l’équipe du professeur Luc Jaulin (http://www.labsticc.fr/le-pole-cid/ihsev/). Contribution au concours WRSC (World Robot Sailing Championship ; http://www.roboticsailing.org/).

    Mission : Gestion du matériel, de la logistique et de la communication.

    Compétences développées : Montage vidéo (Adobe Premiere), logistique, communication/événementiel, bricolage...

Formations

  • Université Rennes 1

    Rennes 2012 - 2014 Master

    Spécialisation interdisciplinaire en bio-informatique. Base biologique principale : génomique et protéomique. Initiation aux neurosciences grâce aux stages.
    UEs informatiques : Java (dont réalisation d'une application Androïd), IDE Eclipse, Base de données (SQL, MySQL), projets en Python.
    Site du Master : http://www.sve.univ-rennes1.fr/internet/Formations/Masters/BIG/
  • ENSTA BRETAGNE (Ex ENSIETA)

    Brest 2008 - 2011 Diplôme d'ingénieur des Grandes Ecoles

    1ère année : Ingénierie généraliste (mécanique, informatique, électronique, formation humaine et sociale, EPS)
    2ème année : Sciences et Technologies de l'Information et de la Communication (STIC) (systèmes embarqués, traitement du signal et d'image, automatique, modélisation informatique, ...)
    3ème année : Ingénierie et Gestion des Organisations (gestion d'entreprise, de projets, management)/STI
  • Lycée Montesquieu

    Le Mans 2005 - 2008 Formation scientifique pluridisciplinaire : mathématiques, physique, sciences de l’ingénieur, littérature & philosophie, chimie, informatique, langue étrangère.
    Travail d'initiative personnelle encadré (TIPE) : Etude approfondie des systèmes d'équations proie-prédateur de Lotka & Volterra.

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