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Aurélien BERNARD

Paris

En résumé

Bio-informaticien (Bio-programmeur)

Après cinq années d’études en Bioinformatique et plus de sept années d’expériences professionnelles dans le domaine de la recherche publique en biologie, j’ai acquis de nombreuses connaissances théoriques et compétences pratiques.

Mes travaux se sont particulièrement centrés sur le développement d'outils bioinformatiques, la création de pipelines d'analyses et le support aux équipes de recherche.

Bien que formé et expérimenté en développement Perl et Python (langages utilisés dans le domaine de la recherche en biologie), mes compétences en algorithmique et en POO ainsi que ma capacité d'adaptation me permettront d’appréhender rapidement un projet développé dans un autre langage de programmation.

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Je participe actuellement à une formation de 3 mois (de type Préparation Opérationelle à l'Emploi (POE)) pour acquérir les compétences d'un "Développeur Java Full Stack" afin d'intégrer dès septembre l'Entreprise de Service Numérique AtoS Intégration. Cette formation est financée par le Pôle Emploi et organisée/dispensée par M2I Formation Lyon.

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ID ORCID: https://orcid.org/0000-0003-1864-5395

Mes compétences :
Linux (Ubuntu)
SunGridEngine
Python
Bio-informatique
SLURM
Développement informatique
Développement de workflows
Perl
Galaxy
Algorithmie
Programmation orientée objet
SQLite
Indefero
Git
HTML/CSS
C++

Entreprises

  • Inra - Bioinformaticien - Ingénieur de recherche en Bioinformatique

    Paris 2016 - 2018 Implémentation et exécution de workflows d’analyses en métagénomique et métatranscriptomique sous Galaxy

    Galaxy, Planemo, Conda, SLURM, Lmod, Python/Perl
    Bioanalyse
    Développements collaboratifs sur les dépôts galaxyproject/galaxy, galaxyproject/tools-iuc, bioconda
  • INRA - Bioinformaticien - Ingénieur de recherche en Bioinformatique

    Paris 2013 - 2015 Lieu: Clermont-Ferrand

    Entreprise: INRA - UMR 1095 GDEC

    Equipe: Seven

    Travaux effectués:

    Amélioration du pipeline d’annotation automatique TriAnnot (Nouveaux outils, amélioration du code, nouveaux déploiements,
    etc.)

    Python/Perl/Bash, SQLite, Bioinformatique, SGE/Torque/SLURM, Lmod/TCL modules, Git/Indefero
  • CNRS - Bioinformaticien - Ingénieur d’étude en Bioinformatique

    Paris 2011 - 2013 Lieu: Montpellier

    Entreprise: CNRS - UMR 5554 ISEM - Equipe

    Equipe: Phylogénie et Evolution moléculaire

    Travaux effectués:

    Création et utilisation d’un pipeline d’assemblage, de génotypage et d’analyse phylogénétique de transcriptome d’espèces non modèles (Projet PopPhyl)

    Python/C++/CSS, MySQL, Galaxy, Bioinformatique, Git/SVN/Mantis
  • INRA - Bioinformaticien - Ingénieur d’étude en Bioinformatique

    Paris 2010 - 2011 Lieu: Clermont-Ferrand

    Entreprise: INRA - UMR 1095 GDEC

    Equipe: Génome

    Travaux effectués:

    Développement d’une version parallélisée sur cluster du pipeline d’annotation automatique TriAnnot (TriAnnot Pipeline V3.0)

    Perl/Python/Bash, MySQL, Bioinformatique, SGE
  • CNRS - Bioinformaticien - Ingénieur d’étude en Bioinformatique

    Paris 2009 - 2010 Lieu: Aubière

    Entreprise: CNRS - Laboratoire de Physique Corpusculaire

    Equipe: PCSV

    Travaux effectués:

    Implémentation d’un workflow automatisé d’analyse phylogénétique sur grille de calcul (gINFO)

    Bash, grille de calcul (gLite middleware), formation ISSGC'09
  • INRA - Bioinformaticien - Ingénieur d’étude en Bioinformatique

    Paris 2008 - 2008 Lieu: Clermont-Ferrand

    Entreprise: INRA - UMR 1095 GDEC

    Equipe: Génome

    Travaux effectués:

    Développement d’une version orientée grille de calcul du pipeline d’annotation automatique TriAnnot (TriAnnot PipelineGRID)

    Perl/Bash, Bioinformatique, grille de calcul (gLite middleware), CVS

Formations

Réseau

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