Aymeric DUCLERT

En résumé

Entreprises

• Cellectis - Responsable du Departement Bioinformatique

  Paris 2011 - maintenant Exemples de réalisations :
  
  - management de l'équipe et supervision des projets de développement et d'analyse, en concertation avec les différentes filiales du groupe.
  - développements du LIMS (Laboratory Information Management System) pour l'adapter aux besoins divers des filiales de la société en France (cellules) et aux US (plantes).
  - analyse de données/machine learning : prédiction in silico de nucléases candidates, recherches de cibles dans les génomes, analyse de données de séquence 454, analyses statistiques.
  - évaluation de solutions de type Electronic Laboratory Notebook, notamment en vue d'une intégration avec le LIMS.

• Cellectis - Responsable du département Informatique/Bioinformatique

  Paris 2005 - 2011 Exemples de réalisations :
  
  - management de l'équipe et supervision des projets.
  - développement d'un LIMS avec plus d'une centaine d'applications (interface web/serveur tomcat/base Oracle/framework Struts).
  - automatisation des process avec pipelines d'intégration et de traitement automatique des données de plate-formes robotisées.
  - suivi informatique du process de production de nucléases, de la commande jusqu'à la livraison.
  - datawarehouse pour l'hébergement des résultats et le requêtage.
  - applications bioinformatiques : recherches de cibles dans les séquences, analyse de données de séquencage 454 et Sanger.
  - analyses statistiques de données issues des cribles et prédictions in silico (par machine learning).
  - analyse d'image pour quantification de crible haut-débit.
  - architecture du système informatique (système, réseau).
  - supervision des applications non scientifiques de la société.

• INRA - Directeur de l'unite INRA Genomique-Info

  Paris 2002 - 2004 Exemples de réalisations :
  
  - gestion administrative de l'unité.
  - supervision des activités de l'unité.
  - promotion/présentation des réalisations de l'unité au sein de Génoplante et de l'INRA.
  - gestion de projets collaboratifs avec les partenaires privés au sein de Génoplante (Biogemma et Bayer CropScience notamment) : recueil des besoins, coordination, écriture de demandes de subventions.

• Valigen - Responsable du groupe LIMS et applications bioinformatiques

  2001 - 2002 Exemples de réalisations :
  
  - Supervision de l'équipe.
  - LIMS microarray.
  - intégration des plateformes.
  - outils bioinformatiques d'analyse de séquences.

• Genset - Chef de service

  2000 - 2001 Exemples de réalisations :
  
  - management de l'équipe.
  - bases de données bioinformatiques et applications
  - base de donnée brevet.

• Genset - Chercheur Bioinformatique, puis Chef de Projet Bioinformatique

  1997 - 1999 Exemples de réalisations :
  
  - pipelines d'annotation automatique des séquences.
  - réalisation d'une base de donnée pour le stockage des analyses de séquences.
  - automatisation du processus de séquencage des ADNc complets (par primer walking) pour des clients externes et pour des besoins internes.

Formations

• Université Paris 6 Pierre Et Marie Curie UPMC

  Paris 1988 - 1994 Doctorat
  
  Etude de la regulation d'un gène
  Thèse faite à l'Institut Pasteur (chez J.P. Changeux)

• Ecole Polytechnique

  Palaiseau 1985 - 1988 Options Biologie et Informatique

Réseau

• Arnaud BEAUREGARD

• Aurélie BERLAND

• Marc VALEUX

• Marianne DUHAMEL

• Mathieu MEMBRADO

• Michèle PAQUIER

• Rachel MACMASTER

• Sophie PERILLOUS

• Stéphanie LANGEVIN (LE BOUDER)