Benjamin CHICOT

En résumé

Entreprises

• Société des eaux Volvic - Assistant qualité / qualiticien

  2015 - 2017 Objectif : assurer la surveillance de la qualité microbiologique, organoleptique et physico-chimique des fournitures, du process, des produits finis et des conditions de production de lignes de production aseptiques fonctionnant en 3x8 + WE.
  
  
  - Prélèvements sur le terrain des différents échantillons à analyser.
  - exécution d'analyses sous BPL :
  -> physico-chimiques : brix, acidité (titrimétrie), couleur, oxygène dissous, espace de tête, dosage chlore et mouillant.
  -> microbiologiques : filtration / incorporation sur milieux sélectifs + préparation des plaques par robot/analyses de cytométrie en flux, prélèvements d'air, frottis de l'environnement aseptique ou non du process, isolement et identifications de microorganismes (gram, tests biochimiques).
  - Reconstitution de formules, validation des ingrédients et mise en place de tests organoleptiques.
  - Lectures, saisie des données, mise en forme des résultats et interprétations des résultats.
  - Construction de bilans.
  - Identifications et gestion des non conformités (utilisation logiciel SAP pour blocage, ...).
  - Interactions avec le personnel des autres services pour recueillir les faits et gérer les écarts.
  - Suivi des interventions et des conditions de production.
  - Réalisation d'audits internes.
  - Participation aux AIC (et animation lors des absences du CE) et à l'amélioration continue.
  - Gestion des consommables, des délais et des priorités.

• Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement - Ingénieur d'étude en microbiologie stagiaire

  2015 - 2015 "Etude des voies enzymatiques de déchlorination dans un milieu d'eau douce préservé de l'activité humaine : le lac Pavin."
  
  But : Mieux comprendre l’importance du cycle du chlore dans ce type d'écosystème et identifier des enzymes potentiellement intéressantes (bioproduction, bioremédiation).
  
  - Planification des expérimentations et gestion des délais
  - Formulation des hypothèses -> analyse des résultats
  - Prélèvements terrain (eau de lac)
  - Veille technique / scientifique
  - Analyse et étude bioinformatique : recherche de candidats potentiellement impliqués dans la déchlorination de composés :
  -> A partir de quatre métagénomes implémentés dans le serveur MG-RAST : recherche par mots clés
  -> Tri des séquences sur la base de la présence/absence de motifs et domaines conservés (CLUSTAL)
  - Vérification de la présence de ces enzymes potentielles sur différentes profondeurs du lac et de leur expression : extraction et purification ADN et ARN et analyse moléculaire de type (RT)-PCR, clonage/ commande de séquençage Sanger, traitement des séquences (Package Staden)
  - Réalisation d'arbres phylogénétiques (MEGA 6)
  - Essai de différents protocoles d’extraction et de purification d’ADN et d’ARN
  - Suivi des expérimentations et des résultats, tenue d’un cahier de laboratoire
  - Rédaction d'un rapport scientifique et présentation des résultats devant des scientifiques spécialistes (réunions d'équipe) et non spécialistes du domaine d'étude (auditoire de 15-20 personnes)

• Institut de Chimie de Clermont-Ferrand - Ingénieur d'étude en microbiologie stagiaire

  2014 - 2014 "Mise au point de nouvelles méthodes de prélèvement à haut débit de bioaérosols et d’eau de nuage."
  
  But : Etudier les communautés microbiennes par des approches méta-omiques (diversité/fonctions) et d’isoler des microorganismes d’intérêt (bactéries produisant des molécules antifongiques).
  
  - Coordination des activités (nécessité d’être accompagné par des employés d’un autre laboratoire pour aller prélever), préparation du matériel pour échantillonner, planification des expérimentations
  - Veille technique / scientifique
  - Prélèvement de bioaérosols et d'eau de nuage (aspirateur à filtre à eau, impacteur, jour et nuit)
  - Caractérisation de cette nouvelle méthode de prélèvement :
  -> Mesure de paramètres biologiques (nombre de bactéries et champignons totaux (cytométrie en flux), nombre de bactéries vivantes (cytométrie en flux couplé à un marquage LIVE/DEAD), dénombrement de microorganismes (bactéries et champignons cultivés sur milieux) et noyaux glaçogènes (appareil semi-automatisé LINDA) et chimiques (chromatographie ionique sur anions et cations)
  -> Traitement statistique des données (logiciel R et PAST) pour vérifier la significativité des observations (accumulations significatives) et mettre en lien les paramètres biologiques avec les données météorologiques mesurées en parallèle (ACP).
  - Isolement de microorganismes d'intérêt (ayant une activité antifongique) et ajout à la banque de souches du laboratoire
  - Suivi des expérimentations et des résultats, tenue d’un cahier de laboratoire
  - Analyse des contraintes / risques
  - Amélioration continue de la méthode innovante de prélèvement (retour d’expérience)
  - Rédaction d'un rapport scientifique et présentation (vulgarisation ) des résultats devant un auditoire (scientifiques non expert du domaine de recherche)
  - Présence à des conférences anglophones et francophones

• Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement - Ingénieur d'étude stagiaire

  2013 - 2013 "Enrichissement d’Archées et de bactéries de milieu lacustre par la méthode de Magnéto-FISH."
  
  But : Améliorer notre compréhension du rôle des microorganismes dans les écosystèmes lacustres par l'utilisation d'approches de métagénomique (diversité/fonctions), approches difficiles d'utilisation sans enrichissement dans ces écosystèmes complexes pour relier les fonctions retrouvées à la diversité présente.
  
  - Prélèvement terrain (eau de différents lacs)
  - Veille technique / scientifique
  - Développement de la technique de Magnéto-FISH (CARD-FISH et utilisation d'anticorps couplés à des billes magnétiques, spécifiques du marquage) pour enrichir en microorganismes d'intérêt : test de différentes sondes oligonucléotidiques
  - Vérification des enrichissements par deux méthodes indépendantes :
  -> Dénombrements sur lames par microscopie à épifluorescence
  -> Extraction et purification d'ADN et réalisation de PCR quantitatives
  - Suivi des expérimentations et des résultats, tenue d’un cahier de laboratoire
  - Amélioration continue de la méthode / technique (retour d’expérience)
  - Présentation des résultats

• Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement - Technicien de laboratoire en microbiologie stagiaire

  2012 - 2012 "Caractérisation de la microsporidies Tubulinosema ratisbonensis, parasite de la drosophile."
  
  - Réalisation de cultures cellulaires et de parasites (hôtes : drosophiles et Homme)
  - Préparation de frottis de spores
  - Infection de cellules humaines (HFF)
  - Réalisation de différents marquages immunofluorescents, ciblant des épitopes microsporidiens du tube polaire ou de la paroi, pour vérifier la présence de réactions croisées avec des anticorps ciblant d'autres espèces microsporidiennes

Formations

• Université Clermont 2 Blaise Pascal

  Clermont Ferrand 2013 - 2015 Master Biologie et Environnement spécialité Microbiologie : Génome, Ecologie et Biotechnologies
  
  Domaines abordés :
  - Génomique et de post-génomique et de méta-analyses
  - Ecologie, biodiversité (environnement/santé) et physiologie moléculaire microbienne
  - Ecophysiologie animale, végétale et microbienne
  - Ecotoxicologie
  - Biostatistiques (R)
  - Intéractions hôte-pathogène
  - Biotechnologies pour l'environnement et valorisation des microorganismes dans les différents secteurs industriels (

• Université Clermont 2 Blaise Pascal

  Clermont Ferrand 2010 - 2013 Licence Biologie parcours Biologie Cellulaire et Physiologie
  
  Domaines abordés :
  - Physiologie animale, végétale et microbienne
  - Biologie moléculaire
  - Biologie cellulaire
  - Biochimie (enzymologie, métabolisme)
  - Microbiologie (virologie / parasitologie / bactériologie)
  - Immunologie
  - Génétique microbienne
  - Ecologie microbienne
  - Microorganismes et biotechnologies
  - Bioinformatique
  - Biostatistiques
  - Anglais

• Lycée Paul Constans

  Montlucon 2009 - 2010 Baccalauréat Scientifique option Sciences de la Vie et de la Terre