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Caroline STRUB

TOULOUSE

En résumé

Mes compétences :
Microbiologie

Entreprises

  • Polytech Montpellier - Maître de conférences

    2011 - maintenant Enseignant-chercheur (microbiologie, biotechnlogie...)
    UMR Qualisud
  • Inuva Biotech - Responsable scientifique et technique

    2010 - 2011 Production extraction purification et caractérisation de molécules bio-actives (métabolites secondaires)
  • ENSAT - Ingénieur de recherche contractuel

    CHAMONIX 2008 - 2010 Prévention de la production et élimination des toxines T2/HT2 pendant la transformation de l’orge en bière. (Projet ANR Barsafe)
  • LGC Toulouse - Doctorante

    2005 - 2008 Chargée de Projet en Bioprocédés et systèmes microbiens Institut National Polytechnique de Toulouse

    - Optimisation de conditions de culture de bactéries filamenteuses
    - Modélisation stoechio-cinétique de développement d’un microorganisme
    - Compréhension et maîtrise de la croissance microbienne
    - Développement de techniques analytiques (HPLC et dosages enzymatiques).
    - Gestion de projets pluridisciplinaires
    4 communications scientifiques.
    Date de soutenance : septembre 2008

    Monitrice de TP/TD - l’Ecole Nationale Supérieure d’agronomie de Toulouse
    - Capacité à la formation, communication, didactique et pédagogie.

    Membre du Conseil Scientifique de l’INPT depuis Février 2007.


    Titre de la thèse :
    Modélisation et optimisation de la production de nouvelles substances bioactives issues d'actinomycètes rares.

    Mots clés :
    Bactérie filamenteuse : Saccharothrix algeriensis
    Dithiolopyrrolones, activités antibactériennes, antifongiques et anticancéreuses
    Modélisation stoechio-cinétique
    fermentation batch, fed-batch

    Travaux de thèse : 2005-2008

    Intitulé : Modélisation et optimisation de la production de nouvelles substances bioactives issues d’actinomycètes rares.

    Direction : Ahmed Lebrihi, directeur de thèse, Laboratoire de Génie Chimique (UMR 5503 INPT-CNRS) Département Bioprocédés et Systèmes Microbiens
    Xuân-Mi Meyer, co-directrice de thèse, LGC (UMR 5503 INPT-CNRS)
    Département Procédés et Systèmes Industriels
    Cédric Brandam, Encadrant, LGC (UMR 5503 INPT-CNRS)
    Département Bioprocédés et Systèmes Microbiens

    La production de nouvelles molécules bioactives est actuellement une préoccupation importante au plan mondial du fait de la prolifération de microorganismes pathogènes ayant développé une résistance aux molécules actuelles. Dans ce contexte, une bactérie isolée du sol saharien, Saccharothrix algeriensis, fait l’objet d’une étude dans notre laboratoire. De précédents travaux ont permis de mettre en évidence la production d’un panel de molécules aux propriétés antimicrobiennes et anticancéreuses variées : les dithiolopyrrolones. Cette production est, en grande partie, conditionnée par la composition du milieu de culture. Les dithiolopyrrolones ont une structure particulière formée d’hétérocycles sur lesquels se greffe un acide organique. Chaque association « acide organique-cystine » confère à la dithiolopyrrolone des propriétés différentes, ce qui rend ce modèle d’étude intéressant.

    Les objectifs de la thèse sont :

     Elaborer un milieu de culture synthétique maîtrisé, dont la composition minimise le nombre de substrats. Il s’agit donc, dans un premier temps, de cerner le rôle des différents substrats potentiels dans le métabolisme étudié. Le milieu retenu doit également permettre une croissance et une production de dithiolopyrrolones suffisantes pour mener l’étude précise du métabolisme de la bactérie.
     Appréhender les mécanismes métaboliques qui gouvernent la croissance bactérienne ainsi que la synthèse de dithiolopyrrolones et capitaliser ces connaissances dans un schéma réactionnel général.
     Développer un modèle stœchio-cinétique représentant, au niveau macroscopique, la croissance et la production de dithiolopyrrolones par Saccharothrix algeriensis. Cet outil mathématique devrait permettre, à terme, de maîtriser la molécule produite et d’optimiser sa production en jouant sur les paramètres environnementaux de culture.

    Un milieu synthétique contenant un mélange d’oligoéléments et permettant la croissance et la production de dithiolopyrrolones a été développé. La croissance de Saccharothrix algeriensis sur milieu semi-synthétique semble diauxique : Dans un premier temps elle s’effectue sur les acides aminés apportés par l’extrait de levure puis dans un deuxième temps sur glucose. L’ajout d’uracile à 20 mM stimule cette deuxième phase. La production de thiolutine semble induite par l’épuisement d’acides aminés, d’ions ammonium et/ou de glucose.
  • LBB - INSA Toulouse - Stagiaire master2Recherche

    2005 - 2005 Stage Master 2 Recherche : 2004-2005


    Intitulé : Etude de la variable CO2 au cours des procédés de cultures microbiennes.

    Direction : Jean-Louis Uribelarrea, Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (UMR 5504 INSA-CNRS) Département Systèmes Microbiens et Bioprocédés

    Le dioxyde de carbone a un double impact sur les microorganismes, il peut stimuler ou inhiber la croissance cellulaire. Le dioxyde de carbone pourrait aussi bien agir tant sur la membrane plasmique que sur les réactions enzymatiques intracellulaires ou même au niveau de la consommation de substrat. Les méthodes utilisées lors de précédentes études sont insatisfaisantes. En effet, pour étudier son influence, le dioxyde de carbone est introduit artificiellement par bullage au travers de la phase liquide du fermenteur. De ce fait il ne s’agit pas du dioxyde de carbone produit par le microorganisme. De plus, les méthodes de mesure du dioxyde de carbone dissout existantes ne sont pas adaptées aux conditions de fermentation. La nécessité d’étudier l’influence du dioxyde de carbone sur la réaction biologique et de formuler des hypothèses sur le comportement de ce gaz dans le fermenteur résulte de ces observations. L’effet du dioxyde de carbone puis sa quantification extra et intracellulaire ainsi que l’étude de son transfert chez E coli, microorganisme de référence adopté pour cette étude, ont été étudiés. Le but est de mieux connaître l’environnement gazeux du microorganisme et de prendre cette variable en compte dans l’explication des mécanismes physiologiques microbiens.
    Il a été montré que, par l’augmentation artificielle de sa pression partielle, le dioxyde de carbone a un effet sur le métabolisme respiratoire.
  • Bio Springer - Stage ingénieur

    2004 - 2004 Evaluation des performances des extraits de levure et des peptones élaborés par BioSpringer sur 4 souches de bactéries à applications alimentaires.
    Culture en microplaque (400µL)
    Culture en fermenteur batch (1L)
    Analyseur Bioscreen
  • 3A Lons - Stage volontaire

    2003 - 2003 Etude sur les ferments lactiques utilisés dans la fabrication du fromage de Brebis
  • IPBS Toulouse - Stage Maîtrise

    2003 - 2003 Stage Initiation à la Recherche (Maîtrise) : 2002-2003


    Intitulé : Stabilisation par mutagenèse dirigée de l’acetylcholinesterase de drosophile en vue de son utilisation en tant qu’enzyme immobilisée dans des biocapteurs de pesticides

    Direction : Didier Fournier, Institut de Pharmacologie et de Biochimie Structurale (UMR 5089 UPS-CNRS), Laboratoire de Synthèse et Physicochimie des Molécules d’Intérêt Biologique

    L’acétylcholinestérase (AChE) est une sérine hydrolase qui catalyse l’hydrolyse de l’acétylcholine (neurotransmetteur). Cette enzyme est irréversiblement inhibée par les composés organophosphorés et/ou carbamates contenus dans certains pesticides. L’AChE de drosophile est une des enzymes les plus sensibles à ces composés mais comme toutes les protéines appartenant à des organismes mésophiles, elle est instable, ce qui empêche de pouvoir l’utiliser dans des biocapteurs. Un des moyens de la stabiliser est de modifier sa structure primaire par mutagenèse dirigée in vitro, de produire les protéines recombinantes par culture cellulaire et de réaliser différents tests biochimiques afin d’évaluer la stabilité de la protéine mutée.
    Au cours de cette étude, il a été montré que le remplacement des acides aminés hydrophobes situés à la surface de la protéine par des acides aminés améliore la stabilité de cette enzyme.

    mots clefs : production de protéine recombinantes, baculovirus, tests biochimiques, mutagenèse dirigée
  • LEM Pau - Stage volontaire

    2002 - 2002 Isolement de bactéries anaérobies
    Dépollution marée noire

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