Mes compétences :
Assemblage de génome de novo
Analyse de données RNA-Seq
Biostatistiques
HTML 5
JavaScript
Perl
Bash
Analyse de ChIP-seq
Analyse de WGBS
Entreprises
Icm - Institut Du Cerveau Et De La Moelle Epinière
- Ingénieur d'étude en bioinformatique
Paris2019 - maintenant
Inra
- Ingénieur d'étude en bioinformatique
Paris2018 - 2019Analyse de données NGS (ChIP-seq et WGBS) dans le cas de modèles aviaires acclimatés à la chaleur pendant l'embryogenèse : recherche de modifications épigénétiques (marques d'histones et méthylation de l'ADN).
Mise en place d'un protocole d'analyse de ChIP-seq en fonction de la taille des pics.
Mise en place d'un pipeline d'analyse de WGBS (nextflow).
Laboratoire Génétique Reproduction et Développement
- Stagiaire en bioinformatique
2017 - 2017Analyse des modifications post-transcriptionnelles des gènes dérégulés dans le modèle Drosophile de la maladie de Steinert. Analyse de l'épissage alternatif. Développement d'un outil d'analyse des régions 3' non traduites mettant potentiellement en évidence la polyadénylation alternative, la fixation de micro-ARNs et la fixation de protéines de liaison à l'ARN. Présentation des résultats de cet outil sous forme d'une interface graphique.
Laboratoire Génétique Reproduction et Développement
- Stagiaire en bioinformatique
2016 - 2016Analyse de l'expression différentielle de données issues de RNA-Seq sur le modèle Drosophile de la maladie de Steinert. Mise en évidence de la présence d'isoformes.
Laboratoire Microorganisme : Génomique et Environnement
- Stagiaire en bioinformatique
2016 - 2016Analyse de single-cell issus de milieux lacustres.
Test de différents assembleur de novo.
Mise en évidence des contaminations des données puis mise en place d'un protocole de décontamination sur les contigs.
Prédiction de gènes avec comparaison de différents prédicteurs.
Annotation des gènes et visualisation avec Artemis.
