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David BOURGAIS

ROMAINVILLE

En résumé

Bienvenue sur mon profil Viadeo.

Je suis actuellement responsable LIMS pour Galapagos NV, mid-size pharma. En d'autres termes, je travaille avec de nombreux départements de la société autour d'un LIMS développé in-house mais aussi sur des solutions externes ou que je développe. Mes solutions concernent ainsi le Compound Logistics, DMPK, ADME, pharmacologie, sciences translationnelles...
Même si mon site d'attache est à Romainville, France, il est fréquent que je me déplace dans les quartiers généraux de Galapagos à Mechelen (Belgique) ou à Leiden aux Pays-Bas.
Auparavant, j'ai travaillé comme consultant en bioinformatique pour plusieurs clients (Janssen Pharmaceutica, GSK, Millipore France...) ainsi qu'au Québec comme associé de recherches.
N'hésitez pas de me contacter pour toute question,

Mes compétences :
Java
XML
Perl Programming
Oracle
Sun Solaris
PostgreSQL
Oracle 10G
MySQL
Linux
Java 2 Enterprise Edition
C++
VMware
Spring Framework
SQL
Oracle PL/SQL
OpenGL
Microsoft Windows XP
Microsoft Windows 2008 Server
Microsoft Office
Microsoft Internet Information Server
Jython
Ingenuity Pathway Analysis
Data Mining
Business Development
Apache WEB Server
C
Microsoft .NET

Entreprises

  • Galapagos SASU - IS business analyst

    2010 - maintenant • Analyse des besoins sur 3 sites (Mechelen en Belgique, Romainville en France et Leiden aux Pays-Bas), rédaction du cahier des charges, proposition de solutions, déploiement.
    • Responsable IS de projets Biobanques et cahier de laboratoire électronique pour la chimie : spécifications, organisation de PTM, audit de fournisseurs, responsable de déploiement.
    • Compound logistics : supervision des achats et enregistrement des composés. Data management et soutien technique au département.
    • DMPK/ADME : IT support et développement de solution .NET pour générer automatiquement des fichiers de travail et de reporting. Mise en production d’imprimantes codes-barres et traitement de l’output de robot TECAN EVO. Enregistrement automatisée de résultats dans le LIMS.
    • Chimie médicinale : calcul de propriétés structurales (Fsp3, TPSA, BEI, LE, LLE). Correction de structures, génération de fichiers SD rapport notamment dans le cadre de projets d’alliances (AbbVie, Servier).
    • Analyse de données microarrays Agilent et Affymetryx dans le cadre d’alliances (Janssen, Morphosys).
    • Développement et déploiement d’une solution d’enregistrement automatique de données expérimentales pour la pharmacologie in vivo.
    • Développement des solutions sur base d’un système existant, développement de jeux de requêtes supplémentaires dans une base de données Oracle 10g, développement de scripts PHP.
    • Formation et communication auprès des utilisateurs concernant l’ajout de nouvelles fonctionnalités.
    • Administrateur des serveurs des logiciels Dotmatics Browser et Vortex :
    Déploiement des applications sur les sites de Romainville et de Mechelen
    Développement des projets de screenings de chaque équipe de chimie
    Formation, trainings des utilisateurs
    Ecriture des pivots (SQL) et des fonctions d’aggrégations (Java) sous Browser
    Ecriture des plug-ins pour la migration Spotfire -> Vortex (Jython, Java)
    Conférencier au Dotmatics Users Meetings (Septembre 2011 et 2012, Bishops Stortford, Angleterre), cité par Dotmatics comme exemple pour les fonctions d’aggrégations en Java sur des valeurs hétérogènes par Dotmatics.

  • BioXpr S.A - Consultant

    2005 - 2010 • Consulting en bioinformatique pour le compte de clients de la société BioXpr SA/NV (Millipore France, Johnson & Johnson, UCB Pharma, Delphi Genetics, Eppendorf Array Technology Belgique, Université Notre-Dame de la Paix de Namur Belgique) :
    Etude de faisabilité, analyse du marché, rédaction du cahier des charges et des spécifications
    Database Administrator: management de bases PostgreSQL/MySQL/ORACLE de hauts volumes (BLAST, bases de données génomiques et protéomiques, annotations génomiques, volumétrie > 500 accès/jour), conception de stratégie de backups, management des utilisateurs, déploiement sur sites
    Project manager: conduite de projets d'applications stand-alone ou web, analyse du marché, rédaction de l'analyse, recrutement et conduite des développeurs, mesure et assurance qualité du code, déploiement
    Développement de projets informatiques ou bioinformatiques : sites web d'accès à des services de bioinformatique avec authentification (J2EE, PHP)
    Auteur d’une application de prédiction d’amorces nucléotidiques (Java, C++) basée sur des plugins (amorces PCR, siRNA, multiplex PCR) et d’une application d’analyses de réseaux moléculaires (Java).
    • Activités bioinformatiques :
    Annotations de génomes : analyse et modélisation des bases de données, administrateur et intégrateur des bases de données sous PostgreSQL.
    Protéomique : analyses de spectres de masses, système d’informations.
    Etudes cliniques : analyse et modélisation des bases de données, administrateur et intégrateur des bases de données sous PostgreSQL. Conception d’un site web à destination des clients pour l’intégration, la visualisation et l’exportation des données (génomiques, protéomiques, cliniques).
    Biologie des systèmes : développement d’une application de visualisation basée sur OpenGL de réseaux moléculaires (interactomes et métabolomes) sous formats XML (HUPO) et RDF (BioPAX).
    • Business development:
    participation aux journées BeLiveIT (http://www.beliveit.be) en qualité d'organisateur, présentation aux clients potentiels des produits, mise en contact avec les commerciaux
    membre assistant du conseil d'administration de l'Infopôle (http://www.infopole.be)
    • Administration système: installation d’un serveur subversion et réalisation de scripts Perl pour l’administration des clients Subversion et du référentiel. Développements de scripts Perl pour le backup des postes clients et du serveur de l’entreprise.

  • Centre Hospitalier Universitaire Laval - Ingénieur-expert Informatique/Bioinformatique

    2003 - 2004 • Auteur d’une suite applicative de traitement de données protéomiques. LIMS basé sur le langage Perl et la suite de programmes PeptideProphet et ProteinProphet (Keller et al, contact personnel avec Andrew Keller) ainsi que le programme Sequest de ThermoElectron. Soumission des données à une base de données Oracle sur Sun Solaris (clusters de processeurs Sun SPARC) conformément aux normes HUPO PSI-MI. Publication des résultats de l’analyse Sequest et de la validation PeptideProphet/ProteinProphet sur Internet (serveur Celeron sur IIS).
    • Auteur du logiciel Namek 0.5 (licence GNU General Public License). Développement Java (Sun SDK 1.4.2) et utilisation de bibliothèques de parsing et validation XML (Apache Xerces et JDOM) et graphique (Piccolo). Namek 0.5 : programme de visualisation d’interactomes protéiques basé sur le parsing de fichiers XML répondant aux normes HUPO PSI-MI. Visualisation, modification et validation selon le fichier schema HUPO des fichiers XML crées par l’utilisateur.
    • Administrateur système. Gestion d’une unité de calcul (biprocesseur Intel Xeon sous Linux et Windows XP) pour l’analyse Sequest et la validation PeptideProphet/ProteinProphet. Gestion d’un serveur Web et archiveur sur Celeron sous Windows 2000.

  • Trophos SA - Technicien de Recherche

    2002 - 2003

Formations

Pas de formation renseignée

Réseau

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