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Bayer Bioscience NV
- Bioinformatician scientist
2006 - maintenant
intégration et maintenance de la plateforme bioinformatique Bayer Bioscience:
- installation d'outils de bioanalyse, de leur accès par web services (axis, soaplab), et mise en place de workflow engines ainsi que développement de pipelines complexes d'analyse et d'annotation (Taverna, TIGR WF)
- design et partcipation a l'implémentation d'une plateforme basée sur la virtualisation (vmware) et la distribution de calculs (Sun Grid Engine)
- design et développement d'applications d'intégration de données, d'analyse et de leur visualisation, ainsi que de leur requetage. Technologies: oracle, J2EE (spring, hibernate, EJB3), lucene, swing, java web Start.
- mise en place et management du versioning de code et de librairies (CVS, SVN, maven)
Expertises:
- outils de Bioanalyse: homology searching, sequence alignment, pattern searching
- JAVA backend, frontend designer et développeur (spring, hibernate, EJB3)
- Oracle database designer
- conception plateforme
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Bayer CropScience SA
- Bioinformatician researcher
Lyon
2004 - 2006
- Integration de donnees et d'outils bioinformatiques
- developpement d'un outil complet de bioanalyse permettant le stockage de sequences, leur analyse et le partage entre sites de ces données
- Management de donnees transcriptomiques de type microarray: formattage, analyse, intégration.
- Customisation de LIMS (Thermo Nautilus)
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Rhobio (joint venture Bayer Biogemma)
- Ingenieur bioinformaticien
2002 - 2004
- Participation a la conception et au developpement de la plateforme Microarray (base de données, interface de soumission de données, intégration LIMS) en partie au sein du groupe de travail Genoplante (gnparray)
- Developements d'outils de laboratoire pour la simplification des process
- Customisation du LIMS Nautilus (Thermo)
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Alten SA
- Ingenieur développement
Boulogne-Billancourt
2001 - 2002
Middleware et software developpeur chez Canalplus technology dans le domaine de la television numérique (technologie JAVA: composants graphiques, API de pilotage du Time shifting lui-même développe en C, tests unitaires)
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Epigene SA
- Ingénieur bioinformaticien
2000 - 2001
- Developpement de LIMS
- Mise en place internet/intranet
- Maintenance reseau et systeme informatiques
