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Frédéric NIKITIN

ANNEMASSE

Electionseuropéennes 2024

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En résumé

Mes compétences :
Chercheur
Informaticien
JAVA
Informatique
Recherche
Java Platform
Linux
JavaScript

Entreprises

  • Institut Suisse de Bioinformatique (ISB) - Proteome Informatics Group (PIG) - Développeur bioinformaticien Java

    2008 - maintenant Développements de logiciels Java pour la recherche en protéomique.

  • Organisation Mondiale du Commerce - Developpeur informatique

    2007 - 2008 Réalisation de la version web en Flash/AS3 du projecteur d'accord sur les services aériens de l'OMC (http://www.wto.org/asap/index_f.html).

  • Geneva Bioinformatics S.A. - Développeur bioinformaticien

    2001 - 2006 * Développeur logiciel, 3 axes de recherche :
    - Caractérisation des isoformes protéiques à partir des ESTs.
    - Caractérisation et analyse des combinaisons en domaines des protéines bactériennes chez les protéomes complets.
    - Application de la théorie des graphes au problème des cooccurrences, type relations de Allen, des modules protéiques chez les protéomes bactériens.

    * Langages :
    - C/flex/bison pour l'analyseur syntaxique de l'interface en ligne de commande.
    - R pour les calculs statistiques & visualisation des graphes.
    - Perl/Python pour les parseurs.
    - Java Swing pour la partie interface graphique.
    - PostgreSQL pour la base de donnée.

    * Assistant du cours de bioinformatique du Mastère de Protéomique et de Bioinformatique (2004-2006, http://www.mpb.unige.ch/) :
    - Programming for bioinformatics I
    - Efficiency oriented programming

    * Publications :

    - Nikitin F., Rance B., Itoh M., Kanehisa M., Lisacek F. (2004) Using Protein Motif Combinations to Update KEGG Pathway Maps and Orthologue Tables. Genome Inform. Ser Workshop Genome Inform. 15(2) :266-75.

    - Lisacek F., Chichester C., Gonnet P., Jaillet O., Kappus S., Nikitin F., Roland P., Rossier G., Truong L., Appel R.D. (2004) Shaping Biological Knowledge: applications in proteomics. Comp. Funct. Genom. 5: 190-195

    - Nikitin F., Lisacek F. Investigating protein domain combinations in complete proteomes. (2003) Computational Biology and Chemistry 27(4-5) : 481-95

    - Nikitin F., Lisacek F. (2003) Computer-aided strategies for characterising protein isoforms, pp259-268, Handbook of Proteomics Methods, edited by P. Michael Conn, Humana Press, Totowa, NJ, USA.

    - Chichester C., Nikitin F., Ravarini J-C., Lisacek F. (2003) Consistency checks for characterizing protein forms. Computational Biology and Chemistry 27: 29-35.

  • Genset S.A - Centre de Recherche en Génomique - Développeur scientifique

    1999 - 2001 1999-2000 : Département de Biologie « in silico »:
    Développement d'applications Perl dédiées à l'analyse des sequences génomiques issues du projet génome humain.

    2000-2001 : Département de Biostatistique et d'Epidémiologie: Développement d'un logiciel écrit en C qui calcule un estimateur statistique de la divergence génétique appliqué aux études d'association des marqueurs bialleliques (SNPs) avec certaines maladies complexes telles que l'obésité, les maladies cardiovasculaires ou bipolaires.

  • Groupe Hospitalier Pitié-Salpêtrière, Laboratoire Central d’Immunologie Cellulaire et Tissulaire - Stagiaire biochimiste (3 mois)

    1998 - 1998 Stage de Biochimie effectué dans le Laboratoire Central d’Immunologie Cellulaire et Tissulaire : dosage immunologique, PCR, electrophorèse, sequençage, etc.

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