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Gaël EVEN

PALAISEAU

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En résumé

Bioinformaticien specialisé en exploitation et valorisation de données génomiques (séquençage, génotypages...).
Formé en biostatistiques et machine learning dans le but de répondre exhaustivement à l'ensemble des étapes d'un projet, du design a la valorisation fine des résultats.

Mes compétences :
Base de données
Bio-informatique
Bioinformatique
Biostatistique
Biotechnologie
Datamining
Génomique
Ingénieur
Microarray

Entreprises

  • Gènes Diffusion - Chargé d'études en Bioinformatique

    PALAISEAU 2009 - maintenant Chargé d'études en Bioinformatique pour la société Gènes Diffusion.
    Responsable SI pour la production de résultats en génomique animale.
    Chargé de projet en recherche et développement en bioinformatique dans le domaine de la génomique.

  • Centre intégré de Bioinformatique de Lille - Ingénieur d'études en Bioinformatique

    2007 - 2009 Ingénieur d'étude en bioinformatique au centre intégré de Bioinformatique de Lille, au sein de la Génopole de Lille. Les bureaux sont situés à l'INRIA Lille Nord-Europe, Centre de recherche dynamique en informatique.

    Intégré dans plusieurs projets :

    Projet d’analyse à grande échelle de données issues de Genome Wide Study (Projet appliqué sur la maladie d'Alzheimer).
    Responsable de la mise en œuvre du projet: rédaction du cahier des charges, organisation de réunions et aide à la décision entre les différents partenaires (INSERM, Pasteur, LIFL), implémentation de la première phase de l'analyse biostatistique.
    Champs d'applications : Génomique, maladie d'Alzheimer, étude cas/témoin
    Collaboration CIB/INRIA/INSERM.

    Développement d'une base de données spécialisée dans le stockage des expériences de puces à protéines Protein Arrray Software Environment, PASE ), en collaboration avec le laboratoire de proteomique de l'institut biologique de Lille (CNRS).
    Langages utilisés : html, php, javascript

    Développement de modules d'analyse pouvant s'intégrer dans des environnements de gestion de puces (protéomique (PASE) et transcriptomique (BASE )) en collaboration avec l'équipe d'optimisation du LIFL (informatique fondamentale) :
    - Sélection d'attributs : sélection de gènes ou protéines d'intérêt, grâce à l'utilisation d'algorithmes génétiques.
    - Règles d'associations : génération de règles d'associations et d'outils permettant leurs visualisations pour les environnements de gestion de puces, à l'aide d'algorithme d'optimisation.
    Langages utilisés : C++, R

    Développement d'un environnement graphique permettant de réaliser du docking moléculaires sur grilles de calculs dans le cadre du projet docking@GRID, en collaboration avec le LIFL (informatique fondamentale), le laboratoire de chimie de l'USTL et le CEA de Grenoble. les possibilités du logiciel sont :
    - Le calcul de conformation de Ligand
    - Le calcul de conformation de Sites Actifs
    - La génération du docking moléculaires entre l'une et l'autre de ces molécules.
    - Le stockage et la gestion de projets de grande envergure de docking
    - Le calcul intensif sur grilles de calculs (projet GRID 5000)
    Langages utilisés : html, jsp, xml


    Le poste est intéressant car nous sommes en interaction fréquentes avec les biologistes, les chimistes ou les statisticiens et les différents projets permettent de manipuler et se former sur énormément de concepts. On peut regretter la petitesse de la structure qui ne nous permet pas de répondre complètement aux besoins sur la métropole Lilloise. Le manque de moyens et de personnel perrein (CDD fréquent) pose un problème dans la transmission du savoir ou dans la mise en place de procédures (management, qualité...). Mais l'environnement de travail reste excellent et tout à fait enrichissant quand on débute dans la bioinformatique.

  • Université de Milano Bicocca (Italie) - Ingénieur en Bioinformatique

    2006 - 2007 Administration et développement d’un environnement de gestion de données génomiques issus d’experience Microarray Affymetrix, Genopolis Microarray Database (GCA), installation et administration du logiciel sur serveur (architecture n-tiers), permettant son utilisation et son intégration a des projets Européens. Intégration de nouveau outils de visualisation des données, gestion utilisateurs, nouveaux outils pour faciliter l’insertion d’experiences Affymetrix utilisant des formats spécifique (CAB files de GCOS)…
    Responsable de l’administration d’un parc informatique d’environ 40 ordinateur et 4 serveurs, gestion de sauvegarde,gestion des outils réseaux disponibles aux utilisateurs… Administration Linux/Unix,Macintosh et Windows.
    Missions de Webmastering et d’administrations des sites www.ricciardi-castagoli.it et www.genolopis.it .

  • Intitut Pasteur de Lille - Stagiaire ingénieur en bioinformatique

    2005 - 2006 Stage de 6 mois au sein de l'institut Pasteur de Lille (France), dans le laboratoire de génomique et transcriptomique appliquées.

    Développement d'outil d'analyse et de visualisation pour une Base de donnée dédiée a l'etude des puces a ADN(microarray) intitulée BASE (Bioarray Software Environment : http://base.thep.lu.se/).

    Développement d'un logiciel de recherche automatique de reporters, en JAVA, utilisant quatre logiciels existant (OligoArray, ROSO, Array Oligo Selector,featurama), puia analysant les résultats pour trouver les oligonucléotides les plus probables.

  • Vinternet - Stagiaire Webmaster

    2004 - 2004 Stage de 4 mois dans une entreprise de développement Web spécialisée dans la réalisation d’extranet, d’intranet et de site Web pour les professionnels du vins : Réalisation de cahier des charges, gestion de projets Web et développement de sites Web à travers plusieurs missions.

  • Quartet Systems - Stagiaire ingenieurie logiciel

    2003 - 2003 Stage de 2 mois dans une entreprise spécialisée dans le développement de solutions code-barres.
    Réalisation d’un cahier des charges et d’une analyse techniques pour un logiciel d’impression de code-barres datamatrix.(analyse de l'existants et des besoins/Plan de conception/Développement d’algorithmes spécifiques)

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