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Géraldine CAUMES

Paris

En résumé

Mes compétences :
Latex
Postgresql
R
Python
C
JavaScript
VMD
CSS 3
HTML 5
Pymol
Java
MATLAB

Entreprises

  • Sopra Steria - Ingénieure en développement

    Paris 2019 - maintenant Maintenance évolutive et corrective (PL/SQL, JAVA) sur un projet de télécoms.

  • Cnrs - Ingénieure d'étude

    Paris 2016 - 2018 Étude in silico des mécanismes de biominéralisation intracellulaire chez les cyanobactéries.

    Jusqu’à récemment, la précipitation de CaCO3 par les cyanobactéries était considérée comme un processus incontrôlé et extracellulaire (Riding et al. 2006). Cependant de récentes études menées à l'IMPMC on montré la capacité de certaines cyanobactéries à fomer des inclusions de CaCO3 à l'intérieur de leurs cellules (Couradeau et al 2012). La bio-informatique et l’intensification du séquençage de génomes permettent de mieux comprendre l'évolution des espèces. Ainsi, par des approches de génomique comparative, nous cherchons à caractériser des signaux moléculaires spécifiques des cyanobactéries capables de former ces inclusions intracellulaires.
    Étude faisant partie d'un projet ERC (https://erc.europa.eu/projects-and-results/erc-funded-projects/calcyan)

    - Annotation fonctionelle
    - Recherche de motifs
    - Organisation génomique
    - Optimisation de codons
    - Analyse statistiques multivariées

    Langages : Python, R, Bash, Perl
    Principaux outils : suite BLAST, suite HMMER, Hydrophobic Cluster analysis (HCA)

  • Inserm - Ingénieure d'étude

    PARIS 13 2015 - 2016 Projet SA-Flex : développement d'un nouvel alphabet structural protéique intégrant la flexibilité
    des protéines, adapté aux problématiques de drug design et à la recherche de motifs fonctionnels.

    - Statistiques multivariées descriptives (R)
    - Perl, Python, Bash
    - Chaines de Markov cachées

  • Universite Paris Diderot - Stage de recherche

    Paris 2015 - 2015 Étude génomique des acteurs moléculaires du cycle environnemental du phosphore
    - Annotation fonctionnelle
    - C, Perl, Python, Bash
    - Statistiques multivariées descriptives (R)

    Résumé
    Identification des acteurs moléculaires microbiens impliqués dans le cycle du
    phosphore, caractérisation de leur diversité en lien avec les conditions environnementales. On s'intéresse à un ensemble de familles de protéines potentiellement impliquées dans ce cycle, d'une part pour les génomes microbiens complets (bactéries, archées, eucaryotes
    unicellulaires) disponibles dans les bases de données, et d'autre part pour des métagénomes issus
    d'environnements actuels de phosphatogenèse : marge continentale du Pérou et colonne d'eau du lac Pavin, Massif Central.

  • Institut de minéralogie, de physique des matériaux et de cosmochimie, CNRS - Stage de recherche

    2014 - 2014 Etude des acteurs moléculaires du cycle biochimique du phosphore par approche génomique et métagénomique

  • Molécules Thérapeutiques in silico, Inserm UMR-S 973 - Stage de recherche

    2014 - 2014 Étude de la méthode d'estimation des poches protéiques dans la caractérisation des complexes poche - ligand.

  • Université Paris Diderot Paris 7 - Stagiaire

    Paris 2013 - 2013 Création d'une base de donnée- Mise en place d'une base de données administrative (gestion de cours) sous le logiciel BASE (version libre de Access sous LibreOffice).

    Stage hebdomadaire pendant 6 mois.

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