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Jonathan MERCIER

Talence

En résumé

Mes compétences :
Bio-informatique
Bioinformatics
Bioinformatique

Entreprises

  • Université Bordeaux 1

    Talence maintenant

  • Doctorant Bioinformaticien chez CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - Doctorant en Bio-informatique

    2013 - 2017 Logique paracohérente pour l’annotation fonctionnelle des génomes prokaryotes aux travers de réseaux biologiques

  • Doctorant Bioinformaticien chez CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - Ingénieur d'études en Bio-informatique

    2012 - 2013 NGS, assemblage de génome

  • EPFL / SIB - Assistant ingénieur en Bio-informatique

    2011 - 2011 Au sein de l'équipe BBCF, j'ai travaillé à la mise au point de méthodes pour la découverte et la recherche de motif génomique reconnu par l' ARN polymérase. Ainsi il est possible d'estimer la présence de gène en amont du motif.
    L'étude se base sur les données d'expérience chip-seq. Nos outils bioinformatique identifient ensuite les régions potentiellement génique.

  • UMR 619 - Ingénieur d'étude

    2010 - maintenant Développement de l'appication web JaCoMode.

    JaCoMode est une application web écrite en JEE permettant l’études des réseaux métaboliques, pour celà il utilise les outils metatool et AcoM

    Développement du projet au sein d'une équipe de 4 personnes au total. Interaction avec le client afin d'affiner le cahier des charges. Puis développement de l'outil et enfin formation du client.

    - Gestion de projet : Suivi et coordination du projet
    - Analyse du besoin lors du workshop client et rédaction des spécifications techniques et générales.
    - Analyse de l’architecture technique de la plateforme, mise en place des évolutions techniques.
    - Conception des rapports de performance et développements de l'application (Java)
    - Test de non régression et vérification du bon fonctionnement des évolutions.
    - Mise en production des développements et évolutions
    - Rédaction de la documentation de tests, de conception et de mise en production

    Langage : Java, J2EE, JSP
    Autres technologies: Tomcat
    OS: Fedora, Ubuntu

  • Clarisys Informatique - Technicien support

    Toulouse 2009 - 2009 Formation des clients aux outils développé par Clarisys, Dépannage, Développement de script d'impression pour imprimante à étiquette.

  • UMR 5089, Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale - Ingénieur d'étude

    2008 - 2008 Étude structurale du fragment peptidique ACP-KS de l’enzyme polychetide synthase 13 provenant de Mycobacterium tuberculosis.

    Objectif: cristallisation du fragment ACP-KS

    Techniques: Culture bactérienne, différentes chromatographie, Dialyse, Cristallisation

  • UMR 6023, Génomique Intégrée des Intéractions Microbiennes - Ingénieur d'étude

    2007 - 2007 Mise en place d’un chaînage d’applications bioinformatiques pour l’étude de la diversité bactérienne des sols pollués
    par des hydrocarbures
    Travail en autonomie pour développer une application inexistante de bioinformatique.
    ’Backend’: Staden, NAST, DOTUR, FastGrpoupII, SONS et UNIFRAC
    Réalisation: automatisation du staden, suppression des amorces, classification des OTUs, Intégration de DOTUR
    et SONS pour l’éxécuter à travers l’interface graphique conçu
    Langages: Perl,TCL et TK

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