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Jonathan SEGUIN

MULHOUSE

En résumé

Possédant une double formation en recherche dans le domaine de la Biologie et en Bioinformatique, je suis apte à suivre chaque étape de la recherche allant de la préparation des échantillons jusqu'à l'analyse des données avec les outils bioinformatiques récents.

Mes diverses expériences professionnelles me permettent de travailler aisément dans divers environnements, qu'ils soient publics ou privés, ainsi que dans le milieu biomédical. Depuis 2007, ayant compris l'importance de l'outil bioinformatique pour analyser les données issues des technologies à haut-débit, j'ai consacré une partie de mon parcours universitaire et professionnel à acquérir les compétences et connaissances en Bioinformatique (master Génomique structural et Bioinformatique à l'université de Strasbourg en 2009), puis à les mettre en pratique dans l'analyse de données issues de microarray et de Next-Generation Sequencing (PhD obtenu en 2014).

Étant à la recherche d'un poste de Bioinformaticien, je souhaite apporter tout mon savoir-faire en bioinformatique auprès de chercheurs afin de les aider à analyser au mieux leurs données. Ma double formation me permet de communiquer aisément à la fois avec les biologistes et avec les informaticiens afin de satisfaire les besoins et les requêtes de chacun.

Mes compétences :
Bio-informatique
Recherche
Biologie
Génétique
Biologie animale
Immunologie
Assemblage de novo
Microbiologie
Virologie
Biologie moléculaire
Next-Generation Sequencing
Oracle Database
Séquençage
PCR
CGH-array
ChIP-chip
CSS 3
MySQL
PHP 5
HTML 5
R
Java
Perl
GNU/Linux
Ubuntu
Microsoft Office
Analyse de données
Génomique

Entreprises

  • Fasteris SA / Institute of Botany, University of Basel - Post-doc : Bioinformaticien

    2015 - 2015 Fasteris: * automatisation des rapports d'analyses d'expression différentielle effectué avec des données small RNA-seq
    * automatisation des rapports d'analyses d'expression différentielle effectué avec des données RNA-seq

    Institut botanique de l'université de Bâle: * mise en place de la seconde version de MISIS
    * test du pipeline de diagnostic des virus chez les plantes avec des échantillons animales
    * formation des étudiants PhD en bioinformatique pour l'analyse des données sRNA-seq
  • Fasteris SA / Institute of Botany, University of Basel - PhD Student/ Bioinformatician

    2011 - 2014 Etude du mécanisme de défense antiviral basé sur les sRNA chez les plantes. Analyses de données de séquençage NGS (Next-Generation Sequencing): mapping des séquences sRNA sur les génomes viraux et de plantes, assemblage de novo des génome viraux, mise en place d'un pipeline d'analyses de données NGS pour diagnostiquer les virus infectant les plantes. Création d'un outil de visualisation des mapping de sRNA sur des petits génomes nommée MISIS (https://www.fasteris.com/apps/).
  • ETH, IPW, group of Prof Claudia Khöler (Zurich) - Research associate

    2010 - 2011 bioinformatique:
    * création d'outils de visualisation de données biologiques (R et java) issus de ChIP-chip
    * analyse statistique de données biologiques
  • IGBMC - Bioinformaticien (stagiaire)

    CHAMBRAY LES TOURS 2009 - 2009 Creation d'un programme en Java qui construit des arbres de Steiner à partir:
    - de graphes représentant des intéractions protéiques et ayant des arêtes pondérées
    - d'une sélection de gènes (données transcriptomiques obtenues par microarray)
    Le but des arbres de Steiner est de faciliter l'analyse des intéractions entre les gènes ayant une expression anormale et de trouver les voies de signalisation impliquées dans la pathologie ou le phénomène biologique observé
  • CNRS - Assistant de recherche (stagiaire)

    Paris 2007 - 2007 CNRS de Rennes, UMR 6061, équipe génétique de l'holoprosencéphalie

    Analyse du génome de 50 patients souffrant d'holoprosencéphalie grâce à la technique de CGH-array (puce à ADN)
    But de cette analyse: trouver de nouveaux gènes candidats impliqué dans l'apparition de cette pathologie humaine en cherchant des microdélétions ou microamplifications.
    Réalisation des puces à ADN et analyse des données grâce à l'utilisation du logiciel CGH-analytics.
    Comparaison des résultats avec la base de données répertoriant les CNVs (Copy Number Variation: variation du nombre de copie présent naturellement dans le génome de la population humaine)
  • CNRS - Technicien en Biologie (stagiaire)

    Paris 2006 - 2006 CNRS de Rennes, UMR 6061, équipe génétique de l'holoprosencéphalie

    Séquençage d'un enhancer du gène Sonic Hedgehog chez 50 patients souffrant d'holoprosencéphalie.
    Mise en place et Test de la technique MP-LC (PCR semi-quantitative en multiplex analysé sur d-HPLC).
    Extraction d'ADN à partir d'échantillons sanguins et cellulaires.

Formations

  • Université Strasbourg 1 Louis Pasteur

    Strasbourg 2007 - 2009 DESS, master professionnel

    mention AB, formation en java, base de donnée, analyse bioinformatique de donnée biologique, statistique
    Formation en java (programmation orienté-objet), R (statistique), linux (ubuntu), base de donnée (MySQL, oracle, PHP)
  • Université Rennes 1

    Rennes 2006 - 2007 DEA, master

    mention AB

    réceptologie, communication cellulaire, génomique fonctionnelle
  • Université Rennes 1

    Rennes 2005 - 2006 Maitrise de Biologie

    mention AB

    Génétique eucaryote, génétique procaryote, immunologie, microbiologie
  • Université Rennes 1

    Rennes 2004 - 2005 Licence de Biologie

    mention AB

    Génétique eucaryote, génétique procaryote, immunologie, enzymologie appliqué, biochimie, microbiologie
  • Université Rennes 1

    Rennes 2002 - 2004 DEUG de SVT

    Enseignement général de Science de la Vie et de la Terre

Réseau

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