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Laura GREGOIRE

GRENOBLE

En résumé

Après 5 années d'étude, je suis actuellement ingénieur d'étude en bioinformatique au CNRS.

Mon projet est de mener des méta-analyses bioinformatiques pour tenter de comprendre et modéliser les
régulations transcriptionnelles et épigénétiques qui contrôlent le développement des fleurs.

Mes compétences :
Transcriptomique
Word
Analyse de séquences
HTML
R
MySQL
Python
Blast
PHP
Molecular Biology
NGS
Excel
Perl
Shell Unix
Génomique
Évolution moléculaire
Phylogénie
Bioinformatique

Entreprises

  • CNRS - iRTSV/LPCV - Ingénieur d'étude en bioinformatique

    2014 - maintenant Actuellement sous contrat de 2 ans (ANR) pour analyser les mécanismes d'interactions protéine-ADN et les comprendre.

  • Laboratoire de biométrie et de biologie évolutive - Villeurbanne (69) - Stagiaire en bioinformatique

    2013 - 2013 Influence des éléments transposables sur les modifications d'histones dans les cancers chez l'homme
    Encadrantes : Emmanuelle Lerat et Annabelle Haudry, équipe TREEP (Elements transposables, évolution, population)

    Analyse de séquences génomiques et de données ChIP-seq avec perl, statistiques avec R

    Résumé de mon rapport de stage :

    Le génome humain est majoritairement constitué de régions non codantes parmi lesquelles 45 % d'éléments transposables (ET). Les ET sont des séquences répétées pouvant se déplacer dans le génome et potentiellement induire des mutations directes des gènes ou des modifications de leur expression. Les modifications de l'expression peuvent aussi être dues à des modifications épigénétiques qui ne changent pas la séquence ADN, mais sa structure. Dans cette étude, je me suis intéressée aux patrons épigénétiques de dix modifications d'histones (MH) dans le génome humain, d'un tissu normal tout d'abord, puis tumoral. Enfin, j'ai cherché les relations entre les enrichissements en MH et la présence d'ET dans le voisinage des gènes. Les patrons de MH se sont révélés extrêmement variables entre gènes et entre modifications, en accord avec les données de la littérature. Les gènes riches en ET sont généralement plus enrichis en MH que les gènes sans ET, ce qui confirme l'impact des ET sur les modifications épigénétiques. Les résultats ont également mis en évidence que la présence d'ET de type SINE (Small Interspersed Nuclear Elements) était associée à un enrichissement en MH dans les cellules tumorales plus fort par rapport à celui dans les cellules normales. Cela pourrait expliquer que la présence de SINEs soit associée a une forte dérégulation de l'expression des gènes en condition tumorale, montrée dans la littérature.

  • INSERM U835 - Rennes (35) - Stagiaire en bioinformatique

    2012 - 2012 Analyse bioinformatique de l'expression d'ARN non codants chez S. aureus
    Encadrant : Brice Felden, équipe : "Fonction stucture et inactivation d'ARN bactérien"

    Utilisation des outils bioinformatiques sur internet afin de valider in silico, puis in vitro, des résultats NGS de transcriptomique sur les ARN non codants

    Résumé de mon rapport pour ce stage :

    Les ARN non codants (ARNnc) sont des ARN qui ne sont généralement, pas traduits en protéine. Ils jouent un rôle de régulation au sein de la cellule. Chez Staphylococcus aureus (S. aureus), certains ARNnc participent à la virulence de la bactérie.
    Des données de séquençage à haut-débit d’ARN associés aux ribosomes de S. aureus au cours de la phase stationnaire et exponentielle de croissance, ont permis de découvrir 9 nouveaux ARNnc. Mon travail au cours de ce stage a consisté en l’identification in silico de ces 9 ARNnc et en l’analyse de leur expression in vitro.
    Les ARN 713, 714, 781, 6937 et 6938 sont des duplications de l’ARN ribosomal 5S (ARNr 5S). Ils sont situés systématiquement en aval d'un gène d'ARNr 5S et contiennent tous une séquence commune avec celui-ci. L’ARN 2566 chevauche en sa partie 3' avec l’ARN SprF1 qui régule, au sein d’un couple toxine/antitoxine (TA), l’expression et la traduction de l'ARN SprG1. L’ARN 2566 pourrait lui aussi agir au sein de ce système TA. Il s’exprime tout au long de la croissance bactérienne. L’ARN 4700 chevauche, en amont, une protéine hypothétique. L’ARN 6235 se situe en aval de la protéine ribosomale S1 et en amont d’une protéine liant le GTP. Il a été prédit de former un riboswitch et ne s’exprime apparemment pas dans le cytoplasme. L’ARN 6863 est positionné entre une dUTP diphosphatase et une protéine membranaire. Son suivi d’expression montre qu’il possède une taille plus grande dans le cytoplasme qu’au sein des ribosomes. Il s’exprime de manière plutôt homogène dans le cytoplasme.
    L’étude de l’expression des autres ARNnc découverts (l'ARN 4700 et les 5 ARN associés à l'ARNr 5S) serait à envisager.

  • Institut Albert Bonniot (INSERM U823) - La Tronche (38) - Stage en bioinformatique

    2011 - 2011 Création d'une base de données, analyse de séquences et biologie moléculaire de la levure S. pombe
    encadrant : André Verdel, département "Interférence ARN et épigénétique", Institut Albert

    Base de données en mySQL, interface Web en html, PHP et javascript, analyse de séquences (recherche de motifs dans les séquences) en perl, biologie moléculaire (étude d'un gène chez la levure)

    Résumé de mon rapport pour ce stage :

    Mon stage a reposé sur la combinaison d'approches bioinformatiques et biologiques. Il a permis de faire progresser les connaissances du laboratoires dans la compréhension de la levure Schizosaccharomyces pombe, en particulier la mise en place de la méiose et sa régulation par la protéine Mmi1.
    La première partie de mon stage a consisté en l'application des différentes approches bioinformatiques en relation avec la thématique du laboratoire : l'étude de la protéine Rad24 et son action sur la différenciation sexuelle et une recherche de motifs dans le génome qui a permis l'identification de nouveaux ARN cibles pour Mmi1.
    La quantité grandissante de résultats en biologie impose la mise en place d'une gestion informatique des données. La deuxième partie de mon stage a consisté à générer une base de données et l'interface Web associée qui permet aux utilisateurs de naviguer plus facilement dans les données pertinentes de l'équipe (extérieures et produites en interne). Cette base est contrôlée par MySQL, et des scripts Perl. L'interface d'assistance est basée sur les langages Web. L'ensemble est écrit en modules facilement identifiables.

  • Virginia Bioinformatics Institute (Blacksburg, VA, USA) - Stagiaire en biologie moléculaire

    2010 - 2010 La régulation du cycle cellulaire de la levure S. cerevisiae
    Encadrant : Jean Peccoud

    Résumé de mon rapport pour ce stage :

    Les différentes protéines régulant le cycle cellulaire chez la levure bourgeonnante Saccharomyces cerevisiae peuvent être visualisées par fluorescence grâce à l'insertion d'une séquence codant une protéine fluorescente en aval du gène étudié. Cette technique de marquage génétique permet d'observer et de comprendre le mécanisme d'expression de différents régulateurs du cycle cellulaire et de savoir comment leur expression et leur dégradation affectent la croissance de ces levures. L'insertion spécifique de la séquence de la protéine fluorescente dépend de la spécificité des amorces utilisées pour un recombinaison homologue et de la transformation efficace de l'insert dans la levure, un procédé difficile quand on essaye directement d'intégrer un amplicon de PCR.
    L'étude au niveau protéique de l'expression des gènes s'est avérée difficile, principalement à cause du fait que la quantité de protéines est faible, ceci dû à leur expression qui est dirigée par leurs promoteurs naturels.
    Des protéines fluorescentes de couleurs différentes pourraient être utilisées de façon simultanée dans la même levure pour la visualisation de différents gènes régulateurs du cycle cellulaire, ce qui permettrait de visualiser et comparer leurs profils d'expression ainsi que de trouver leur localisation dans la cellule.

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