Menu

Marie LEFEBVRE

Paris

En résumé

Je suis actuellement Ingénieur Bioinformaticienne à l'Institut National de Recherche Agronomique (INRA) de Bordeaux, dans l'Unité Biologie de Fruit et Pathologie.

Je fais partie de l'équipe de Virologie végétale au sein de laquelle j'accompagne les chercheurs et techniciens en développant des outils d'aide à l'analyse et à la décision. Je réalise les analyses de données de métagenomique grâce au pipeline virAnnot que j'ai développé (https://doi.org/10.1094/PBIOMES-07-19-0037-A ).

J'interviens également dans le cadre du CATI BARIC (https://www.cesgo.org/catibaric/ ) pour lequel je co-anime l'axe de recherche "Visualisation et interrogation de données hétérogènes". Cet axe vise à proposer des solutions de visualisation pour les études de génomique comparée, domaine majeur des projets des laboratoires impliquant les membres du CATI BARIC.

Mes compétences :
Bioinformatique
Gestion de projet informatique
Algorithmique (R)
Développement web (Django, AngularJS)

Entreprises

  • Inra - Ingénieur d'étude Bioinformatique

    Paris 2017 - maintenant

  • Chu Nantes - Ingénieur d'étude Bioinformatique

    Nantes 2016 - 2017

  • INRA - Ingénieur d'étude Bioinformatique

    Paris 2014 - 2016 • Projet MetaboHUB (http://www.metabohub.fr) :
    - implémentation d’un algorithme de recherche de motifs sur des spectres RMN 1D et mise en place d'un webservice pour sa mise à disposition (R & R Shiny)
    - développement d'un outil de visualisation de spectres RMN 1D proton pour la base PeakForest (https://peakforest.org/)

    • Projet Plateforme Metabolome (ISO 9001:2008 http://www.cgfb.u-bordeaux2.fr/fr/metabolome) et MetaboHUB :
    - développement d’une base de profils RMN 1D de matrices biologiques
    - avec son interface dédiée pour la visualisation des spectres et l'aide à l'annotation
    • Intégration de 2 modules R dans la plateforme Galaxy - Workflow4Metabolomics (http://workflow4metabolomics.org/)

    • Mise en place d'un infrastructure de gestion de projet

    • Rédaction de la documentation utilisateurs et développeurs

    • Communication auprès des partenaires et formation des utilisateurs

  • INRA - Bioinformatique

    Paris 2014 - 2014 • Intégration d’un package R dans une interface Web pour l’analyse de données de sélection variétale de blé. (framework Django)
    • Extension des fonctionnalités de l’interface web (sauvegarde des analyses)

  • Mer Molécules Santé - Stagiaire en bioinformatique

    2013 - 2013 Mise en place d'une base de données interfacée Web :
    - e-commerce
    - espace privé pour le laboratoire

  • Groupe Florentaise - Spécialiste des supports de culture

    Paris La Défense 2012 - 2012 Recherche bibliographique : exploitation actuelle de la Sphaigne et essais de culture.
    Composition d’un rapport pour la mise en place d’une serre expérimentale sur la culture de Sphaigne.

  • ABC immodiag - Bureau d'étude

    2010 - 2010 • Phoning sur la région parisienne pour une Franchise : prise de contact avec les agences immobilières.
    • Etude téléphonique pour les diagnostiques sur la région nantaise : prospection de particuliers et de leurs attentes.
    • Etude cartographique des PPRI pour le compte des bureaux de La Poste dans le Grand Ouest et le Sud Ouest.

Formations

Réseau

Annuaire des membres :