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Marine BASTIEN

VILLEURBANNE

En résumé

Mes compétences :
Biologie cellulaire
Cancérologie
Génétique
Immunologie
Culture cellulaire

Entreprises

  • School of Pharmacy and Biomolecular Sciences, Université John Moores Liverpool - Etudiante en thèse

    2014 - maintenant

  • Laboratoire de Biologie Moléculaire de la Cellule (LBMC) - Stage de Master 2 Recherche (4 mois)

    2014 - 2014 Eric Wattel’s team: Oncovirology and biotherapies; internship supervisor: Franck Mortreux
    Roles of NF-kB and alternative splicing in the HTLV-1-associated pathogenesis

    • Effets of the alteration of CD44 alternative splicing by Tax on cells properties:
    - Cell adhesion assay on several ligands
    - Transwell migration assay

    • Mechanisms underlying the alternative splicing alterations :
    - Double immunoprecipitation assays: existence of a complex between Tax, RelA and RNA Pol II?
    - Quantitative immunoprecipitation of chromatin: distribution of Tax, RelA and RNA Pol II along the CD44 gene?


    Equipe Oncovirologie et Biothérapies, dirigée par Eric Wattel, tuteur : Franck Mortreux
    NF-kB et l'épissage alternatif dans la pathogenèse associée à HTLV-1 (Human T-cell Leukemia Virus type 1)

    • Effet de l'altération de l'épissage alternatif de CD44 par Tax sur certains processus cellulaires :
    - Tests d'adhésion cellulaire sur différents ligands
    - Tests de migration en transwell

    • Aspect mécanistique de l'altération de l'épissage alternatif
    - Double immunoprécipitation : recherche de l'existence d'un complexe entre Tax, RelA et l'ARN Polymérase II
    - qChIP : étude de l'enrichissement en Tax, RelA et ARN Polymérase II le long du gène CD44, dont l'épissage alternatif est altéré en présence de Tax

  • Laboratoire de Biologie Moléculaire de la Cellule (LBMC) - Stage de Master 2 Recherche (4 mois)

    2013 - 2014 Eric Wattel’s team: Oncovirology and biotherapies; internship supervisor: Franck Mortreux
    Roles of NF-kB and alternative splicing in the HTLV-1-associated pathogenesis

    • Effects of Tax-mediated NF-kB activation on alternative splicing:
    - GeneChip Human Exon ST array: comparison of the exon expression profiles of control cells, or cells expressing Tax WT or Tax M22 (mutant form of Tax, deficient for NF-kB activation)
    - Validation of the exon array data by exon-specific RT-PCR, oligonucleotides designed with Primer3

    • Effects of the NF-kB- and Tax-mediated altered CD44 alternative splicing: developing transwell migration assays



    Equipe Oncovirologie et Biothérapies, dirigée par Eric Wattel, tuteur : Franck Mortreux
    NF-kB et l'épissage alternatif dans la pathogenèse associée à HTLV-1 (Human T-cell Leukemia Virus type 1)

    • Evaluer l'effet de l'activation de la voie NF-kB par Tax (oncoprotéine virale) sur l'épissage alternatif :
    - GeneChip Human Exon ST array : comparaison des profils d'expression d'exons pour 3 conditions : Ctrl, Tax WT et Tax M22 (mutant déficient pour l'activation de NF-kB)
    - Validation des résultats des puces par RT-PCR exon-spécifique, design d'oligonucléotides sur Primer3

    • Effet de l'altération de l'épissage alternatif de CD44 par Tax sur la migration cellulaire, et de l'implication de NF-kB : mise au point d'un protocole de migration cellulaire en Transwell

  • Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL) - Stage de Master 1 (7 semaines)

    2013 - 2013 Sylvie Mazoyer’s team: Genetics of Breast Cancer, Group David Cox
    Case-control study of the association of two SNPs to risk of developing breast cancer

    • PCR analysis to genotype DNA for two SNPs,

    • Statistical analysis by the R software : developing functions to calculate the Hardy-Weinberg equilibrium, to perform the Student t test, the Khi² test, and regression analysis, and to calculate odds ratios and confidence intervals



    Equipe Génétique du Cancer du Sein, dirigée par Sylvie Mazoyer, Groupe David Cox
    Etude de l'association de deux SNPs au risque de cancer du sein sur une étude cas/témoin :

    • Génotypage par PCR sur ADN préalablement amplifié,

    • Analyses statistiques sur le logiciel R : mise au point de fonctions, calcul de l'équilibre de Hardy-Weinberg, test t de Student, test du Chi², régression logistique, odds ratio et intervalles de confiance

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