Olivier CLERC

En résumé

Entreprises

• Groupe Spc - Ingénieur d'Application Confirmé

  Saint-Genis-Laval 2019 - maintenant

• Institut Francais de Bioinformatique - Ingénieur d'étude en glycobioinformatique

  2016 - 2019 En détachement au sein de l'équipe Assemblages Supramoléculaires Péricellulaires et Extracellulaires (ASPE) de l'Institut de Chimie et Biochimie Moléculaire et Supramoléculaire (ICBMS), UMR 5246 UCBL-CNRS-INSA-CPE.
  
  Développements d'applications Web (HTML, CSS, JavaScript), standardisation et représentation de données biologiques concernant les glycosaminoglycanes (séquences, structure 3D et interactions) pour assurer l'interopérabilité de la base de données MatrixDB (http://matrixdb.univ-lyon1.fr/) avec des bases de données de glycobiologie Glyco3D (http://glyco3d.cermav.cnrs.fr/home.php) et SugarBind (http://sugarbind.expasy.org).
  
  - Poster, "MatrixDB, the extracellular matrix database interaction", HUPO-PSI 2017 Beijing.
  - Présentation, "Curating glycosaminoglycan (GAG)-protein interactions", HUPO-PSI 2017 Beijing.
  - Poster, "Translating Glycosaminoglycans into the GlycoCT Format: Application for the Curation of Protein-glycosaminoglycan Interactions in MatrixDB", Beilstein Glyco-Bioinformatics Symposium 2017 Berlin.
  
  - Formation "Initiation à Perl" de 2 jours dans l’unité MaIAGE de l'INRA de Jouy-en-Josas.
  - Formation "Perl avancé" d'1 jour dans l’unité MaIAGE de l'INRA de Jouy-en-Josas.
  - Formation "HTML5, CSS3 et Javascript" de 3 jours au CNRS Délégation Alpes, Grenobe par la société Orsys.

• Laboratoire Physiologie Cellulaire & Végétale, BIG, UMR 5168 CNRS-CEA-INRA-UGA - Ingénieur d'études en bioinformatique

  2014 - 2016 Développement et déploiement d'applications dans le cadre du projet OCEANOMICS (Python, PostgreSQL).
  Utilisation de REDMINE.
  
  Traitement de données de lipidomique issues de spectromètre de masse.
  
  Poster, "How to visualize and uniquely identify Bound Fatty Acids during their biosynthesis?", JOBIM 2016 Lyon.

• Pôle Rhône-Alpes de Bioinformatique - Ingénieur d'études en bioinformatique

  2013 - 2014 Développement web (PHP, HTML, CSS). http://doua.prabi.fr/
  Utilisation de REDMINE.

• Pôle Rhône-Alpes de BioInformatique - Stagiaire

  Casablanca 2013 - 2013 Prédiction de parties codantes dans des séquences métagénomiques, comparaison de méthodes et application à un jeu de données en vraie grandeur.
  
  Amélioration de fonctions R dans le package seqinr http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seqinr/
  
  Présentation oral du travail par Guy Perrière, "RecStat: a set of R utilities for coding DNA sequences prediction in metagenomes", JOBIM 2015 Clermont-Ferrand.

• Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive UMR CNRS 5558 - Stagiaire

  2012 - 2012 Amélioration de la méthode de prédiction de parties codantes Recstat par prise en compte des erreurs de séquençage. Application à un jeu de données métagénomique.
  
  Développement de fonctions R dans le package seqinr http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seqinr/

• Pôle Rhône-Alpes de BioInformatique - Stagiaire

  Casablanca 2011 - 2011 Développement et test d'un algorithme de prédiction de parties codantes adapté aux lectures courtes produites par les méthodes de séquençage NGS.
  
  Développement de fonctions R dans le package seqinr http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seqinr/

Formations

• Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)

  Villeurbanne 2011 - 2013 Master Ecosciences, Microbiologie

• Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) (Villeurbanne)

  Villeurbanne 2008 - 2011 Licence Sciences, Technologies, Santé (STS) mention Informatique
  
  - langages informatiques
  - bio-informatique
  - bio-statistique
  
  Participation au projet Annotathon http://annotathon.org/

• Lycée Assomption Bellevue

  Lyon 2006 - 2008