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Bionext
- Directeur scientifique
2015 - maintenant
Optimisation et validation d'un outil pour le profilage pharmacologique, basé sur les structures macromoléculaires. Application pour l'optimisation de lead (pour mesurer l'activité sur les cibles secondaires avant les phases cliniques), le repositionnement et la recherche de têtes de série. En étroite collaboration avec une formidable équipe de mathématiciens, programmeurs, chémoinformaticien...
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NovAliX
- Responsable modélisation moléculaire
ILLKIRCH
2006 - 2014
NovAliX est une société de services spécialisée dans la chimie médicinale, la cristallographie des protéines, la modélisation moléculaire et des techniques biophysiques (ESI-MS, RMN - liquide ou solide, SPR), particulièrement adaptées au drug discovery.
Je suis responsable de la modélisation moléculaire (CADD) appliquée à la recherche pharmaceutique (criblages virtuels, docking, pharmacophore, similarité, modèle par homologie...). Je collabore étroitement avec les chimistes, cristallographes, biophysiciens, pharmacologues... dans le cadre de projets de drug discovery (détermination de hits et optimisation). Je joue souvent un rôle de catalyseur dans l'équipe, sachant comprendre et me faire comprendre de tous les spécialistes, quelque soit leur discipline.
Je m'intéresse particulièrement aux interactions protéines - ligands et propose des optimisations (affinité, sélectivité, modifications acceptables pour améliorer la solubilité...) sur la base des modes de liaison les plus pertinents (conformation, géométrie des interactions, contraintes stériques...), en fonction des contraintes de synthèse, avant de retravailler les modèles en fonction des résutlats expérimentaux (cristallographie, détection du complexe protéine-ligand par ESI-MS, tests in vitro, relations structure-activité...). Je prête particulièrement attention à l'analyse des résultats de criblages virtuels, que je n'estime finalisés qu'avec la validation expérimentale.
Côté chimie informatique, je gère et analyse les chimiothèques électroniques ("fragments", diversité, similarité...) et j'écris les scripts me permettant d'automatiser ou optimiser les tâches (python, perl, OpenBabel).
Les notions d'ADMET-tox et les expérimentations associées, les classes thérapeutiques et les pathologies, la pharmacologie, la sémiologie médicale, la physiologie... me sont familières.
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Faculté de Pharmacie
- Moniteur
2003 - 2006
J'ai été moniteur en Travaux Pratiques de Chimie Organique de 2e année de pharmacie (96h/an).
Cela implique l'encadrement (hygiène et sécurité, bonnes pratiques de laboratoire) et l'évaluation des étudiants (2 groupes de 25), ainsi que participer à la gestion des stocks de produits chimiques.
J'ai également encadré 4 groupes de 2 étudiants de 2e année afin de les initier à la technique du poster, sur un sujet original.
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Addal
- Membre actif
2003 - 2006
En tant que membre actif de l'Addal, l'Association des Doctorants et Docteurs d'Alsace (http://addal.u-strasbg.fr), j'ai notamment été :
- Président du Comité d'Organisation de la 5e conférence annuelle d'Eurodoc, la fédération européenne des jeunes chercheurs (http://www.eurodoc.net), qui a accueilli plus d'une centaine de participants, de 20 nationalités, du 10 au 13 mars 2005. Budget : 40000 euros. Cette conférence a été coorganisée par la Confédération des Jeunes Chercheurs (CJC) et par son homologue allemand, Thesis e.V., en partenariat avec le bureau d'Eurodoc. Les capacités de travail en anglais (interactions avec des personnes allemandes, italienne, grecque, hollandaise...), en ligne et à distance se sont révélées indispensables.
- Président de la commission com&média (2005/06), qui travaille à la communication de l'Addal et réalise des publications.
Je suis également soutenu par l'Addal en tant que :
- membre élu au Conseil Scientifique de l'Université Louis Pasteur (collège des personnels enseignants non titulaires d'un doctorat) (2005/06)
- membre élu au Conseil d'Administration de l'Ecole Doctorale Vie et Santé (2005/06).
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Université Louis Pasteur
- Enseignant-chercheur
2002 - 2006
J'ai été allocataire-moniteur sous la direction du Dr Didier Rognan (Laboratoire de pharmacochimie UMR CNRS-ULP à la faculté de pharmacie, Université Louis Pasteur, Strasbourg - Equipe Bioinformatique du médicament http://bioinfo-pharma.u-strasbg.fr)
Domaine de recherche :
Conception de médicaments in silico (drug design, CADD)
J'ai déterminé in silico des molécules d'intérêt thérapeutique et les ai optimisées. La technologie développée et validée (le criblage virtuel inverse) et aujourd'hui utilisée par la société Idealp Pharma, permet de faire de proposer un profil de sélectivté pour la molécule étudiée ("ligand profiling"). J'ai construit et géré une librairie de protéines-cibles avec leur ligand. Lors de ces travaux, j'ai collaboré avec des chimistes.
Compétences en modélisation et chémoinformatique :
Environnements de travail : Unix, Linux, Windows
Docking (logiciels Gold, Glide, FlexX), criblage virtuel, interactions protéines-ligand
Modélisation moléculaire (Sybyl)
Analyse de fichier PDB
Programmation en langage perl
Publications :
* Guichard G, Léna G, Boeglin J, Muller P, Boilard E, Lambeau G, Rognan D, Didierjean C. (2009) 1,3,5-Triazepan-2,6-diones as conformationally constrained dipeptide mimetics. In silico guided identification of sPLA2 inhibitors. Adv Exp Med Biol. 2009;611:201-2
* Muller P, Lena G, Boilard E, Bezzine S, Lambeau G, Guichard G, Rognan D. (2006) In Silico-Guided Target Identification of a Scaffold-Focused Library: 1,3,5-Triazepan-2,6-diones as Novel Phospholipase A2 Inhibitors. J. Med. Chem., 49:6768-78.
* Kellenberger E, Muller P, Schalon C, Bret G, Foata N, Rognan D. (2006) Sc-PDB: an annotated database of Druggable Binding Sites from the Protein Data Bank. J. Chem. Inf. Model., 46:717-27.
* Kellenberger E, Rodrigo J, Muller P, Rognan D. (2004)
Comparative evaluation of eight docking tools for docking and virtual screening accuracy. Proteins, 57:225-42.
* Paul N, Kellenberger E, Bret G, Muller P, Rognan D. (2004) Recovering the true targets of specific ligands by virtual screening of the protein data bank. Proteins, 54:671-80.
Brevet :
Guichard G, Léna G, Muller P, Rognan D, Boilard E, Lambeau G. (2006) Compositions and methods for the inhibition of phospholipase A2. Patent WO2007074169, ImmuPharma.
Thèses :
* Comparaison de trois nouveaux logiciels de docking dans le cadre du criblage virtuel, mémoire de diplôme d’état de Docteur en Pharmacie, 2002
* Criblage virtuel inverse : validation et applications, thèse de doctorat en sciences pharmaceutiques, 2006
Communication :
Muller, P., Lena, G., Bezzine, S., Boilard, E., Lazdunski, M., Lambeau, G., Guichard, G. and Rognan, D. In silico-guided target identification for a new molecular scaffold.
(2005) First German Conference on Chemoinformatics, 19. CIC-Workshop, Goslar, Germany.
(2006) Workshop Chemoinformatics in Europe : research and Teaching, Obernai, France. Prix “J. Gasteiger” du meilleur poster.
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Centre de Pharmacovigilance de Strasbourg
- Externe en pharmacie
2001 - 2002
Documentation des effets indésirables et recherche bibliographique. Suivi des dossiers, contacts avec des médecins.
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EPSAN
- Préparateur en pharmacie
2001 - 2001
Pharmacie de l'Etablissement Public de Santé Alsace-Nord (EPSAN), à Hoerdt.
Fonctions de préparateur (2 mois) : préparation des ordonnances, gestion du stock de médicaments.
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OCP Répartition
- Chauffeur-magasinier
SAINT OUEN
2001 - 2002
Job étudiant, tous les samedi.
Une tournée de 240 km pour livrer les médicaments dans les pharmacies, avant leur ouverture.
Puis des responsabilités de chef de quai (contrôle des commandes, préparation des caisses pour le lundi, respect de la chaîne du froid) pour terminer la journée :)
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WF entreprise
- Agent de propreté
1998 - 1998
Job d'été (un mois), ou comment rendre des studios fraîchement construits et peints au pistolet (y compris les vitres) comme ils devraient être : neufs !
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COOP
- Vacataire
1996 - 1997
Job d'été (un mois en 1996, et un mois en 1997), au département Boucherie-Charcuterie (production) de la COOP (chaîne alsacienne de supermarchés). Merguez, Knack et saucisse de foie n'ont plus de secrets pour moi :)
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Service Propreté de la CUS
- Eboueur
1995 - 1995
Mon premier job d'été (un mois), au service Propreté de la Communauté Urbaine de Strasbourg : éboueur. Mémorable !
