Rachel LEGENDRE

Paris

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En résumé

Mes compétences :
Génomique
Bio-informatique
NGS
Python Programming
AWK
Bash
Epigenomics
Transcriptomics

Institut Pasteur - Bioinformatics Engineer
Paris 2015 - maintenant In charge of the bioinformatics analyses for Transcriptomic and Epigenetic Platform.
Université Paris-Sud - Ingénieur d'étude en bioinformatique
Orsay 2012 - 2015 Mission principale : Développement d'outils pour l'analyse de données RIBO-seq

Autres :
* Analyses de données NGS : RNA-seq, assemblages (de novo et sur référence), recherche de variants (SNP, insertions/délétions, variants structuraux)

* Analyses statistiques : Expression différentielle avec R et Bioconductor, statistiques de base avec R ou Scipy (python)

* Développements : Python/Perl et dérivés (Bioperl, API Ensembl, Biopython, MatPlotLib) ;

* Galaxy : Installation et gestion d'une version locale, ajout d'outils (ToolShed et développement d'outils à façon)

* Travail collaboratif : Subversion, Trac, Eclipse KDE
INRA - Apprentie en Bioinformatique
Paris 2010 - 2012 * Développement d'un pipeline de détection et d'analyse de micro-ARN (Perl, Bash, Awk) ;
* Recherche et annotation fonctionnelle de SNP (Samtools, GATK, outils EnsEmbl) ;
* Configuration d'une base Biomart locale et intégration des données.
Laboratoire de Biologie Neuro-Vasculaire Intégrée (Université Angers) - Stagiaire
2010 - 2010 Modélisation in silico du récepteur de la thyrotrophine (TSH)
Laboratoire LITIS - EA - Stagiaire
2009 - 2009 Recherche de régions promotrices in silico du gène SigX chez Pseudomonas

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