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Romy CHEN MIN TAO

PARIS

En résumé

Spécialisations : Bio-Informatique Recherche

* Expériences professionnelles :
Analyses de données NGS
Etude de l'épigénétique et épigénome (ChIP-seq, RNA-seq, RIP-seq, ATAC-seq)
Analyse CGH
Étude en cancérologie et routine en médecine personnalisée

* Stages : 3 stages de plus de 3 mois
Analyses statistiques,
Données protèomiqes,
Modèlisation structurale (Modeller),
Construction de base de données,
Classification structurale.

Mes compétences :
Bioinformatique
Python
R
C
SQL
BASH
JAVA
Html/css
PHP
Linux/UNIX
Biostatistiques

Entreprises

  • Laboratoire d'épigénétique du cancer - PhD student

    2015 - maintenant Analyse de l'épigénome et l'épi-transcriptome dans le cadre du cancer

  • Gustave Roussy - IE Bioinformatique

    Villejuif 2014 - 2015 sur la plateforme Bioinformatique :
    - Médecine Personnalisée en routine (analyse de profils CGH pour les essais MOSCATO, PathMol, et SAFIR02)
    - Développement de pipeline de détection de Copy Number Variant (CGH, Whole Exome Sequensing)
    - Réalisation de projets de recherche (souvent basé sur la recherche de CNV)
    - Mise en place d'une structure d'organisation des données dans le cadre de traçabilité dans les essaies cliniques

  • IBENS (Institut de Biologie de l'Ecole Normale Supérieur) - IE Bioinformatique

    2012 - 2013 Etudes épigénétiques et épigénomiques sur les plantes modèle Arabidopsis
    * Analyse de données NGS et de l'épigénome sur trois espèces à différentes distances évolutives afin de mieux comprendre les phénomènes épigénétiques et d'aider à l'annotation de l'une d'entre elle.
    * Mise en place et mise à jour d'outils informatique pour l'analyse et/ou la visualisation des résultats (en R, bash, python, perl, ...)

  • Institut National de transfusion Sanguine (INTS) - Stagiaire

    2012 - 2012 Les Unités Protéique sont définit comme étant des fragment compacts d'une structure globale et tridimensionnelle d'une protéines. Le premier objectif a donc été de mieux caractériser ces fragments afin de comprendre leur importance dans la structuration des protéines. Puis ayant observé des similarités entre les Unités Protéiques obtenu à partir d'un jeu de structures protéiques filtré au niveaux de la superfamille de repliement, une classification a été efectué. Enfin cette étude a permit de mesurer le potentiel descriptif des Unités Protéiques de la structure 3D des protéines. Plusieurs outils et algorithme ont été testé MCL, DBSCAN, CHAMELEON, ... .

  • INRA (Institut National de la Recherche Agronomique) - Stagiaire

    Paris 2011 - 2011 Etude structurale de la famille de protéines Laccases et propositions de trois modèles structuraux de Laccases végétales.
    Analyse évoltive
    Construction d'une base de données

  • Institut de minéralogie et de physique des milieux condensés (IMPMC) - Stagiaire (temps partiel)

    2010 - 2010 Stage Bio-informatique, Analyse de petites protéines de choc thermique (sHSP), à temps. Construction et analyse d’une base de données de SwissProt et Tremble, répertoriant les données physico-chimique et séquentiels
    (séquences nucléiques et protéiques) des sHSP chez les vertébrés. Analyses statistiques (tests statistiques, NNR, régression logistique, validation croisée) dans le but de caractériser les différentes sHSP.

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