Menu

Sami ELLOUZE

CLAMART

En résumé

Une première expérience de stage à Nanobiotix m’a permis de m’impliquer dans un projet biotechnologique. Ce projet consistait à caractériser l’internalisation des nanoparticules dans des cellules cancéreuses par magnétophorèse, puis de tester l’effet destructeur des nanoparticules lors de l’application d’un champ magnétique. Des compétences en chimie, en physique et en biologie ont donc été nécessaire à la réalisation de ce projet de recherche qui dès lors ont fait partie du reste de ma formation. Par la suite, la préparation au concours agronomie et vétérinaire m’a permis d’intégrer l’UTC (admis également à AgroParisTech) et d’obtenir mon diplôme d’ingénieur génie biologique.
Au cours de mon cursus d’ingénierie, de nombreuses unités de valeur ont renforcé et stimulé mon intérêt pour des approches pluridisciplinaires. Un stage au Laboratoire National de Référence, le LABERCA, m’a permis d’élargir mon domaine de compétence à l’approche métabolomique par spectrométrie de masse. J’ai aussi pu parfaire mes compétences en communication, en approche qualité et acquérir un savoir-faire en chimie analytique. Afin de compléter mon parcours, un stage ingénieur à l’INSERM a étendu mon savoir-faire à des domaines émergents. En effet, la bio-informatique est l’un des éléments clés dans la compréhension des données génomiques, tissant des liens plus que nécessaires entre tous les interfaces auxquels je me suis consacré durant mes études. Cet organisme m’a également permis de poursuivre mes travaux en m’offrant un
poste d’ingénieur d’étude que j’occupe actuellement.

Mes compétences :
Microsoft Word
Microsoft PowerPoint
Microsoft Excel
Microarrays
Linux
HPLC
GC-MS
Recherche
R&D
Gestion de projet
Rigueur
Innovation
Spectrométrie de masse
Bio-informatique
Nanoparticules
Microsoft Project
Biologie cellulaire
Biologie moléculaire
Next Generation Sequencing
ChIP-seq
RNA-seq

Entreprises

  • Institut de Recherche en Cancérologie - Ingénieur

    2014 - maintenant Analyse des données NGS issues du ChIP-seq sur des cellules F9, HP1b et HP1g dans les conditions de différentiation induite à l'acide rétinoïque. Ce projet s'est essentiellement focalisé sur le rôle des protéines HP1 dans la régulation de l'expression des gènes.

    Ce projet a donc fait appel à la construction d'un workflow spécifique ChIP-seq HP1 afin d'extraire l'information permettant de conclure quant à l’éventuel rôle de ces protéines dans la régulation de l'expression des gènes.
  • Institut de Recherche en Cancérologie - Ingénieur stagiaire

    2013 - 2014 Afin d’appréhender les fonctions des protéines HP1 à l’échelle du génome, nous avons initié l’identification des sites de fixation des HP1 par immuno-precipitation de la chromatine suivie d’un séquençage à au débit (ChIP-seq), la construction d'un workflow NGS permettant d'extraire l'information tenant compte des spécificités propres aux HP1, enfin le projet réalisé a permis de valider les données des analyses décrites ci-dessus et de caractériser l’expression et la structure chromatinienne des cibles des HP1 dans différentes conditions physio-pathologiques, incluant la différenciation cellulaire et la réponse à différents stress cellulaires. Ce projet a fait appel à des approches allant de la bioinformatique, à la biologie cellulaire et à la biologie moléculaire.
  • UTC - Assistant ingénieur

    2013 - 2013 Mise au point de l'expression de scFv solubles à partir du vecteur phagique pAK100 - 1 mois
    WesternBlot - Extraction plasmidique - Transformation bactérienne - Induction d'expression -
    Extraction de protéines recombinantes.
  • Mission Haïti-Sis - Mission Ingénierie recherche

    2012 - 2012 Dans le cadre de la poursuite du projet MASH dont l'étude de faisabilité a été précédemment menée, une partie des missions ont été réalisées. Ces missions consistaient à réaliser un repérage des sources d'origine souterraine, et de réaliser des prélèvements ainsi que des analyses d'échantillons d'eau. Une fois les premières analyses faites, les échantillons ont été conditionnés et expédiés à l'IFPen à Rueil-Malmaison pour des analyses plus fines de leur composition.
  • LABERCA - Stage assistant ingénieur

    Lyon 2011 - 2012 Campylobacter, un agent de zoonose, est à l’origine de la majorité des entérites aigües dans les pays industrialisés. Il a été placé sous surveillance par les états membres de l’Union Européenne. Le sujet de notre étude s’inscrit dans ce contexte. En effet, Campylobacter est une bactérie pathogène qui peut contaminer des matrices liquides ou carnées. Différentes techniques d’identification et de quantification de Campylobacter existent afin de prévenir la mise sur le marché de denrées contaminées ; elles présentent toutefois des limites et notamment une sensibilité qui n’atteint pas les seuils induisant une pathologie chez l’Homme. Les approches émergentes non ciblées de type métabolomique, basées sur des approches différentielles (comparatives), ont pour but principal l’identification de biomarqueurs relatifs à un facteur donné. L’objectif de ce stage, réalisé en partenariat entre deux unités d’Oniris (le LABERCA et SECALIM) a été d’étudier la faisabilité de l’une de ces approches – la métabolomique – en vue de détecter des candidats marqueurs sensibles et spécifiques d’une contamination de viandes de porc par Campylobacter. Un travail de mise au point d’un protocole de préparation des échantillons a tout d’abord été réalisé. Des empreintes métaboliques ont ensuite été acquises par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse haute résolution sur des viandes contaminées ou non par Campylobacter. Un important travail de retraitement des données (étude comparative) a été réalisé afin de rechercher un ou plusieurs métabolites signant la présence de Campylobacter sur matrice carnée. Les résultats obtenus par l’approche chromatographie liquide, bien que permettant l’accès à différentes familles de métabolites polaires de Campylobacter, n’ont pas permis de mettre en évidence de marqueurs d’une contamination. Une approche alternative de prise d’empreinte par chromatographie gazeuse demande à être investiguée puisqu’elle permettra l’accès à une fraction différente du métabolome. Nous avons participé au développement de cette approche en mettant au point une réaction de dérivation des échantillons. Les empreintes sont actuellement en cours d’acquisition et le traitement des données permettra de déterminer si la chromatographie gazeuse permet l’accès à une information plus riche en vue de répondre à la problématique.
  • Nanobiotix - Stagiaire assistant ingénieur

    PARIS 2008 - 2008 Stage à Nanobiotix : startup dans les domaines des biotechnologies et plus particulièrement dans la recherche appliquée en cancérologie. « Setting experiment construction for the characterization of nanoparticles (NPS) ».

    Ce projet consistait en la caractérisation des nanoparticules magnétiques sur un plan physique, chimique (stabilité des solutions de nanoparticules, DLS, potentiel Zêta) et sur un plan biologique impliquant une étude de l'internalisation des Nps dans des cellules en culture ainsi qu'une caractérisation de l'effet toxique des nanoparticules sous application d'un champs magnétique.

Formations

  • IRCM

    Montpellier 2013 - 2013 Formation NGS - Workflow ChIP-seq - RNA-seq - Microarray.
  • Université De Technologie De Compiègne (UTC) (Compiegne)

    Compiegne 2010 - 2014 Diplôme d'ingénieur Génie Biologique - Conception et Innovation
  • Université Paris Sud

    Orsay 2008 - 2010 L2 BCST - Prepa Agro/Veto

    Licence Biologie et Préparation aux concours Agro/Véto - Admis à AgroParisTech.
  • Université Paris Sud

    Orsay 2007 - 2008 Préparation aux Cursus Scientifiques
  • Lycée Sophie Barat

    Chatenay Malabry 2005 - 2007 Baccalaureate Degree

    Baccalauréat Science et Technique de Laboratoire - Biochimie génie Biologique.

Réseau

Annuaire des membres :