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Sébastien BRIOIS

Guyancourt

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En résumé

Mes compétences :
Python
Django
Bioinformatique
Biomart
JQuery
CSS
Perl
Solr
Elasticsearch
MongoDB
Génomique fonctionnelle

Entreprises

  • Syngenta Seeds - Bioinformaticien

    Guyancourt 2012 - maintenant Equipe Génomique comparative

    Principales missions:

    1- Conception et développement d'un moteur de recherche + application web:
    * recherche de gènes à partir de mot-clés décrivant le phénotype recherché.
    * données centrées sur des gènes (partageant le même identifiant de gène)
    * moteur de recherche évolutif, basé sur les technologies BigData (mongodb)
    * type de données intégrées:
    * position physique des gènes sur le génome
    * variants, marqueurs, QTL
    * données d'expression
    * données de pathways (réactions enzymatiques)
    * littérature: pubmed, uniprot, interpro, gene ontology
    * gènes orthologues (prédits par phylogénie, best blast mutual hit, synténie, orthomcl)
    Je suis en charge de: conception, développement, communication

    2- Maintenance et évolution d'une application web pour l'analyse phylogénétique et l'annotation automatique de différentes espèces de plante.
    * prédiction d'orthologues
    * utilisation d'un cluster de calcul (type SGE)
    * mise en place d'une instance biomart pour le reporting,
    * utilisation de galaxy pour la distribution et l'exécution de scripts spécifiques.
    * utilisation d'interproscan, quickgo (gene ontology), blast, mcl, orthocluster (synteny), orthomcl, phyml, trimal, mafft
    Je suis en charge de: maintenance, développement, communication

    Techno utilisées: python, mongodb, django, nodejs, angularjs, elasticsearch, solr

  • CNRS - LBCMCP Toulouse - Bioinformaticien

    2010 - 2012 Analyse de données de chip-chip et chip-seq sur les thématiques suivantes:
    - étude de la chromatine
    - étude des transcrits sens et anti-sens
    - cassures double brin de l'ADN

    Technologies utilisées: Qt/C++

  • Sanger Institute - Bioinformactics software developer

    2009 - 2010 Working in the bioinformatics team 87 on the High Throughput Gene Targeting (HTGT) project.
    http://www.sanger.ac.uk/Teams/Team87/

    Technologies used: Ruby on Rails, JQuery, Perl, Biomart

  • Sibio - Développeur Web

    2007 - 2009 Sibio : société éditrice de LIMS/ELN et autres logiciels pour les laboratoires scientifiques.
    Poste occupé : Développeur web Django/Jquery (projet LIMS).

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