1- Conception et développement d'un moteur de recherche + application web:
* recherche de gènes à partir de mot-clés décrivant le phénotype recherché.
* données centrées sur des gènes (partageant le même identifiant de gène)
* moteur de recherche évolutif, basé sur les technologies BigData (mongodb)
* type de données intégrées:
* position physique des gènes sur le génome
* variants, marqueurs, QTL
* données d'expression
* données de pathways (réactions enzymatiques)
* littérature: pubmed, uniprot, interpro, gene ontology
* gènes orthologues (prédits par phylogénie, best blast mutual hit, synténie, orthomcl)
Je suis en charge de: conception, développement, communication
2- Maintenance et évolution d'une application web pour l'analyse phylogénétique et l'annotation automatique de différentes espèces de plante.
* prédiction d'orthologues
* utilisation d'un cluster de calcul (type SGE)
* mise en place d'une instance biomart pour le reporting,
* utilisation de galaxy pour la distribution et l'exécution de scripts spécifiques.
* utilisation d'interproscan, quickgo (gene ontology), blast, mcl, orthocluster (synteny), orthomcl, phyml, trimal, mafft
Je suis en charge de: maintenance, développement, communication
2010 - 2012Analyse de données de chip-chip et chip-seq sur les thématiques suivantes:
- étude de la chromatine
- étude des transcrits sens et anti-sens
- cassures double brin de l'ADN
Technologies utilisées: Qt/C++
Sanger Institute
- Bioinformactics software developer
2009 - 2010Working in the bioinformatics team 87 on the High Throughput Gene Targeting (HTGT) project.
http://www.sanger.ac.uk/Teams/Team87/
Technologies used: Ruby on Rails, JQuery, Perl, Biomart
Sibio
- Développeur Web
2007 - 2009Sibio : société éditrice de LIMS/ELN et autres logiciels pour les laboratoires scientifiques.
Poste occupé : Développeur web Django/Jquery (projet LIMS).
