Universit& McGill
- Chercheur postdoctoral
2008 - 2010
Pour ce premier pot-doc, j’ai choisi d’étudier comment les variations génétiques et les mécanismes épigénétiques pouvaient interagir pour réguler l’expression génique.
Les variations dans l’expression des gènes entre individus peuvent induire des différences dans la susceptibilité aux maladies complexes. Comprendre les mécanismes génétiques affectant la régulation génique est donc essentiel pour appréhender les pathologies humaines. Comme l’expression des gènes est modulée par les facteurs génétiques/épigénétiques, les interactions entre ces 2 types de facteurs doivent être pris en compte pour comprendre les mécanismes moléculaires des maladies humaines.
Je me suis principalement intéressée à un locus comprenant 4 gènes impliqués dans plusieurs maladies complexes humaines (dont l’asthme et le diabète).
Nous avons pu mettre en évidence des interactions non synergiques entre les variations génétiques et épigénétiques et plus particulièrement entre des activités activatrices et la méthylation de l’ADN.
Nous avons également montrer in vivo qu’un des variants génétiques identifié grâce à notre analyse modifie la liaison de “CCCTC factor” (CTCF), une protéine connue pour son rôle dans la régulation génique. Cette protéine est non seulement impliquée dans la régulation transcriptionnelle mais est aussi importante pour l’organisation 3D de la chromatine. Ce premier post-doc m’a donc conduit à m’intéresser au rôle de l’organisation 3D de la chromatine dans la régulation génique.
Publications:
1- Interaction between genetic and epigenetic variation defines gene expression patterns at the asthma-associated locus 17q12-q21 in lymphoblastoid cell lines
Berlivet S, Moussette S, Ouimet M, Verlaan DJ, Koka V, Al Tuwaijri A, Kwan T, Sinnett D, Pastinen T, Naumova AK.
Hum Genet. 2012 Jul;131(7):1161-71.
2- Allele-specific chromatin remodeling in the ZPBP2/GSDMB/ORMDL3 locus associated with the risk of asthma and autoimmune disease.
Verlaan DJ, Berlivet S, Hunninghake GM, Madore AM, Larivière M, Moussette S, Grundberg E, Kwan T, Ouimet M, Ge B, Hoberman R, Swiatek M, Dias J, Lam KC, Koka V, Harmsen E, Soto-Quiros M, Avila L, Celedón JC, Weiss ST, Dewar K, Sinnett D, Laprise C, Raby BA, Pastinen T, Naumova AK.
Am J Hum Genet. 2009 Sep;85(3):377-93.
Autres publications:
1- Defective imprint resetting in carriers of Robertsonian translocation Rb (8.12)
Saferali A, Berlivet S, Schimenti J, Bartolomei MS, Taketo T, Naumova AK.
Mamm Genome. 2010 Aug;21(7-8):377-87. Epub 2010 Jun 25.
2-Cell culture-induced aberrant methylation of the imprinted IG DMR in human lymphoblastoid cell lines
Saferali A, Grundberg E, Berlivet S, Beauchemin H, Morcos L, Polychronakos C, Pastinen T, Graham J, McNeney B, Naumova AK.
Commissariat à l'Energie Atomique
- Doctorant
2003 - 2008
Pendant mon doctorat, je me suis intéressée à différents mécanismes épigénétiques de la régulation génique chez la souris. Dans un premier temps, j’ai participé à la construction d’un vecteur pour utiliser l’ARN interférence en cellules souche de souris. Cet outil a été utilisé pour mettre en évidence le rôle du facteur de remodelage de la chromatine CAF-1 dans la mise en place de l’hétérochromatine au cours du développement précoce chez la souris. Dans un second temps, j’ai étudié le rôle de la formation de l’hétérochromatine dans la régulation du gène empreint Necdin.
Publications:
1- Loss-of-function studies in mouse embryonic stem cells using the pHYPER shRNA plasmid vector
Berlivet S, Houlard M, Gérard M.
Methods Mol Biol. 2010;650:85-100.
2- pHYPER, a shRNA vector for high-efficiency RNA interference in embryonic stem cells
Berlivet S, Guiraud V, Houlard M, Gérard M.
Biotechniques. 2007 Jun;42(6):738, 740-3.
3- CAF-1 is essential for heterochromatin organization in pluripotent embryonic cells
Houlard M, Berlivet S, Probst AV, Quivy JP, Héry P, Almouzni G, Gérard M.
PLoS Genet. 2006 Nov 3;2(11):e181. Epub 2006 Sep 11.
