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Inserm
- Chercheur (Centre International de Recherche en Infectiologie, U1111)
PARIS 13
2009 - maintenant
Projets de Recherche :
- Développement d’une méthode de transduction efficace des cellules dendritiques par un lentivecteur dérivé du VIH-1 exprimant une forme modifiée de Vpx : application potentielle en thérapie génique.
- Analyse du transcriptome de macrophages infectés par les virus VIH-1 et VIH-2 : Identification des réseaux géniques impliqués dans les différences de pathogénicité.
- Etude du rôle de Vpr dans l’infection des cellules myéloïdes par VIH-1 par l’analyse du transcriptome et de l’exome de macrophages infectés par le virus sauvage et déficient pour Vpr.
- Etude des modifications du transcriptome induites par la transduction de la protéine virale Tax d’HTLV-I, II et III (collaboration).
Compétences techniques :
- Biologie Moléculaire : Extraction d’ARN, d’ADN génomique et plasmidique ; Clonage moléculaire ; Mutagenèse dirigée ; PCR et RT-PCR classique ; RT-PCR en temps réel (technologie SYBR®Green).
- Biologie cellulaire : Purification des cellules mononucléées du sang sur gradient de densité (Ficoll®, Percoll®) et purification des monocytes par sélection négative ; Culture cellulaire : lignées humaines (HEK-293T, HeLa, A549, Jurkat, U937), cellules primaires humaines (lymphocytes, différenciation des monocytes en macrophages et cellules dendritiques) ; Manipulation en laboratoire de niveau 3 de sécurité biologique (BSL3) ; Etablissement de lignées stables par surexpression génique (vecteurs lentiviraux) ; Cytométrie en Flux : marquage de surface et intracellulaire, simple et multi-marquage (8 couleurs), FACSCalibur (logiciel CellQuest) et FACSCantoII (logiciel DIVA).
- Virologie : Production et purification de lentivecteurs dérivés du VIH-1, VIH-2 et SIV ; Titration virale par mesure de l’activité exogène de la reverse transcriptase par incorporation d’α32P-dTTP ; Amplification de souches primaires du VIH-1, VIH-2 et SIV (travail en BSL3) ; Transduction lentivirale de cellules myéloïdes primaires (macrophages et cellules dendritiques) ; Infection de cellules myéloïdes et lymphoïdes primaires par des virus réplicatifs VIH-1, VIH-2 et SIV (clones proviraux et souches primaires) (BSL3).
- Biochimie : Western Blot ; ELISA ; Dosage de cytokines en multiplex (technologie Luminex).
- Bioinformatique : Analyse du transcriptome (puce Affymetrix GeneChip® Human Genome U133plus2.0) : classification hiérarchique (Cluster et TreeView) ; base de données d’ontologie (DAVID, BINGO) et d’interaction protéique (STRING…) ; analyse fonctionnelle et construction de réseaux d’interaction (Ingenuity Pathway Analysis, Cytoscape).
Analyse de l’exome (puce Affymetrix GeneChip® Human Exon 1.0ST).
Publications scientifiques:
- Evidence for a different susceptibility of primate lentiviruses to type I interferons.
Cordeil S, Nguyen XN, Berger G, Durand S, Ainouze M, Cimarelli A.
Journal of Virology. 2013 Mar;87(5):2587-96.
- Tailored HIV-1 vectors for genetic modification of primary human dendritic cells and monocytes.
Durand S, Nguyen XN, Turpin J, Cordeil S, Nazaret N, Croze S, Mahieux R, Lachuer J, Legras-Lachuer C, Cimarelli A.
Journal of Virology. 2013 Jan;87(1):234-42.
- The transcription profile of Tax-3 is more similar to Tax-1 than Tax-2: insights into HTLV-3 potential leukemogenic properties.
Chevalier SA, Durand S, Dasgupta A, Radonovich M, Cimarelli A, Brady JN, Mahieux R, Pise-Masison CA.
PLoS One. 2012;7(7):e41003.
- APOBEC3A is a specific inhibitor of the early phases of HIV-1 infection in myeloid cells.
Berger G, Durand S, Fargier G, Nguyen XN, Cordeil S, Bouaziz S, Muriaux D, Darlix JL and Cimarelli A.
PLoS Pathogens. 2011 Sep;7(9):e1002221.
- A simple, versatile and efficient method to genetically modify human monocyte-derived dendritic cells with HIV-1-derived lentiviral vectors.
Berger G, Durand S, Goujon C, Nguyen XN, Cordeil S, Darlix JL and Cimarelli A.
Nature Protocols. 2011 Jun; 6(6):806-16.
- The inside out of lentiviral vectors. (REVIEW)
Durand S and Cimarelli A.
Viruses. 2011 Feb; 3(2):132-59
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Hospices Civils de Lyon
- Attaché Scientifique (Hôpital Edouard Herriot, Fédération de Biochimie)
Lyon
2008 - 2009
Impliquée dans le Programme Hospitalier de Recherche Clinique national 2006 intitulé « Evaluation des performances d’un outil de diagnostic moléculaire des cancers thyroïdiens sur matériel de cytoponction : étude prospective », coordonné par le Pr. B. ROUSSET, ma mission, en continuité avec mon doctorat, visait :
À établir les protocoles d’analyse du niveau d’expression des gènes marqueurs de tumeurs malignes de la thyroïde par RT-PCR quantitative (transfert de savoir-faire) : mise en place des protocoles d'extraction/purification des ARN et de l'analyse du niveau d'expression de gènes marqueurs de malignité sur des biopsies cellulaires de patients atteints de nodules thyroïdiens.
À interagir avec l’équipe de biostatisticiens du Laboratoire Biostatistique-Santé (UMR CNRS 5558, Pr. P. ROY) pour l’analyse des données d’expression génique d’une trentaine de gènes marqueurs, obtenues par RT-PCR quantitative sur près de cent cinquante échantillons durant mon doctorat et l’identification de la meilleure combinaison de gènes, capable de prédire la malignité d’un nouvel échantillon.
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Université Claude Bernard Lyon 1
- Doctorant (Allocataire de Recherche)
Villeurbanne cedex
2003 - 2008
Thèse soutenue le 9 juillet 2008 (Félicitations du jury) et supervisée par le Pr. Bernard ROUSSET, PU/PH, INSERM U664, Faculté de Médecine Laennec, 7, rue Guillaume Paradin, 69008 Lyon.
Titre :
« Conception et développement d’un test de dépistage des carcinomes différenciés de la thyroïde basé sur l’analyse du transcriptome sur matériel de cytoponction ».
Résumé : Les profils d’expression génique ont été obtenus à partir de l’analyse de tissus thyroïdiens normaux, bénins et malins sur puce à ADN. Des « classifieurs » de tumeur ont été générés grâce à un algorithme de prédiction et leurs performances ont été évaluées sur des échantillons de diagnostic inconnu. Après validation des différences de niveaux d’expression de ces gènes-marqueurs, le test moléculaire, établi sur puce à ADN, a été transféré à la PCR en temps réel, mieux adaptée à la pratique clinique.
Compétences techniques :
- Biologie Moléculaire : Extraction d’ARN, d’ADN génomique et plasmidique; Amplification des ARNm ; Transcription in vitro ; Clonage moléculaire ; PCR et RT-PCR classique ; RT-PCR en temps réel (technologie SYBR®Green) ; Puce à ADN (macroarray) sur verre et nylon : marquage fluorescent (Cy3-Cy5) et marquage radioactif (α33P-dCTP) des sondes.
- Biologie cellulaire : Culture cellulaire : lignées humaines (HeLa, B-CPAP), de rat (FRTL-5) ; Transfection transitoire de vecteur d’expression et de siRNA.
- Bioinformatique : Analyse du transcriptome : traitement d’images (ImageGauge, ArrayGauge), statistique (SAM), classification hiérarchique (Cluster, TreeView), construction de modèles prédictifs (GeneCluster 2.0), analyse fonctionnelle (FatiGO, GenMAPP).
Activité d’enseignement :
Stage d’initiation à la Recherche en Biologie Moléculaire et Cellulaire dans le cadre du Master M1 « Recherche Biomédicale » de l’Unité d’Enseignement RB 25 (PCEM, DCEM). Encadrement des étudiants lors des sessions de travaux pratiques 2005 (5j), 2006 (5j) et 2008 (10j). Coordonné par le Pr. B. ROUSSET, Faculté de Médecine Laennec, UCBL.
Publications scientifiques:
- Molecular characteristics of papillary thyroid carcinomas without BRAF mutation or RET/PTC rearrangement: relationship with clinicopathological features.
Durand S, Ferraro-Peyret C, Joufre M, Chave A, Borzon-Chazot F and Rousset B.
Endocrine Related Cancer. 2009 Jun; 16(2):467-81.
- Evaluation of gene expression profiles in thyroid nodule biopsy material to diagnose thyroid cancer.
Durand S, Ferraro-Peyret C, Selmi-Ruby S, Paulin C, El Atifi M, Berger F, Berger-Dutrieux N, Decaussin M, Peix JL, Bournaud C, Orgiazzi J, Borzon-Chazot F and Rousset B.
The Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism. 2008 Apr; 93(4):1195-202.
