CNRS & Station Biologique de Roscoff
- Ingénieur d’études en bio-analyse
2016 - 2018
Projets collaboratifs:
- Construction et mise à jour de la banque transcriptomique chez les Phaeophyceae et Rodophyceae ; Recherche des éléments transposables des Ectocarpus (4 sous-projets de l'IDEALG P.I.A : Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins Laboratoire UMR8227 & ABiMS Station Biologique de Roscoff)
- Identification des gènes dont l’expression est modulée par le gavage et/ou présentant des différences d’expression entre 4 types génétiques chez le canard Anas platyrhynchos, Cairina Moscata et leur deux hybrides réciproques (DLiverS AIP Bio-ressources: Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage PEGASE INRA Centre de Rennes & ABiMS Station Biologique de Roscoff)
- Construction d'un transcriptome de référence du Quercus robur; réalisation des analyses en aval afin d'identifier des gènes candidats impliqués dans la réponse à la sècheresse (TRANS-C3: IMBE - UMR CNRS 7263 / IRD 237Equipe Diversité et Fonctionnement & ABiMS Station Biologique de Roscoff)
- Construction de transcriptomes de protistes marins (sous-projet du TARA Ocean EXILIR Excellerate: Station Biologique de Roscoff)
- Etude du transcriptome du polychaete Sabellaria alveolata afin de comprendre les mécanismes d’adaptation et de réponse à des gradients de température, et également les gènes impliqués dans la formation des bio-colles (Laboratoire d’Ecologie Benthique Cotiere Ifremer & ABiMS Station Biologique de Roscoff)
- Identification et clustering des orthogroupes chez 6 espèces de Mucor (participation au projet de la thèse "Caractéristiques génomiques du genre fongique Mucor et évolution adaptative liée à différents modes et conditions de vie au sein du genre" par Annie Lebreton)
- Assemblage avec le génome de référence et analyse différentielle chez différentes échantillons de Pseudomonas fluorescens (participation à un projet de thèse)
Réalisations: analyses des données transcriptomiques et génomiques
- contrôle qualité et nettoyage des données
- assemblage avec et sans (de novo) génome de référence
- évaluation de la qualité des transcriptomes assemblés
- annotations fonctionnelles
- alignements et estimation de l'abondance
- analyses différentielles
- identification des contaminants
- détection des éléments transposables
- suivi des données publiques et construction de banques de données ( Phaeophyceae, Rodophyceae et protistes marins)
Publications:
- Liu, X., Hérault, F., Diot, C. et al. Development of a relevant strategy using de novo transcriptome assembly method for transcriptome comparisons between Muscovy and common duck species and their reciprocal inter-specific mule and hinny hybrids fed ad libitum and overfed. BMC Genomics 21, 687 (2020). https://doi.org/10.1186/s12864-020-07099-4
- Mevy JP, Loriod B, Liu X, Corre E, Torres M, Büttner M, Haguenauer A, Reiter IM, Fernandez C, Gauquelin T. Response of Downy Oak (Quercus pubescens Willd.) to Climate Change: Transcriptome Assembly, Differential Gene Analysis and Targeted Metabolomics. Plants (Basel). 2020 Sep 4;9(9):E1149. doi: 10.3390/plants9091149. PMID: 32899727
- Nègre, D.; Aite, M.; Belcour, A.; Frioux, C.; Brillet-Guéguen, L.; Liu, X.; Bordron, P.; Godfroy, O.; Lipinska, A.P.; Leblanc, C.; Siegel, A.; Dittami, S.M.; Corre, E.; Markov, G.V. Genome–Scale Metabolic Networks Shed Light on the Carotenoid Biosynthesis Pathway in the Brown Algae Saccharina japonica and Cladosiphon okamuranus. Antioxidants 2019, 8, 564.
- Simon M. Dittami, Erwan Corre, Loraine Brillet-Gueguen, Noe Pontoizeau, Meziane Aite, Komlan Avia, Christophe Caron, Chung Hyun Cho, Jonas Collen, Alexandre Cormier, Ludovic Delage, Sylvie Doubleau, Clemence Frioux, Angelique Gobet, Irene Gonzalez-Navarrete, Agnes Groisillier, Cecile Herve, Didier Jollivet, Hetty KleinJan, Catherine Leblanc, Agnieszka P. Lipinska, Xi Liu, Dominique Marie, Gabriel V. Markov, Andre E. Minoche, Misharl Monsoor, Pierre Pericard, Marie-Mathilde Perrineau, Akira F. Peters, Anne Siegel, Amandine Simeon, Camille Trottier, Hwan So Yoon, Heinz Himmelbauer, Catherine Boyen, Thierry Tonon (2020). The genome of Ectocarpus subulatus – A highly stress-tolerant brown alga. Mar. Genomics 11:100740. doi: 10.1016/j.margen.2020.100740 .
- Xi Liu, Frédéric Hérault, Christian Diot, Erwan Corre. Gene expression analysis of duck liver steatosis from hybrid and parental species. Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (Jobim), Jul 2018, Marseille, France. 2018. ⟨hal-01842089⟩
- Xi Liu, Béatrice Loriod, Stefano Caffarri, Erwan Corre, Jean-Philippe Mevy. TRANS-C³ - The Transcriptome of downy oak (Quercus pubescens Willd.) in Response to Climate Change. Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2018, Marseille, France. ⟨hal-01857993⟩
Activités:
- formatrice de la 5ème à la 7ème édition de l'Ecole AVIESAN
- formatrice de la plateforme ABiMS (RNAseq avec Galaxy): 2017 et 2018
