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Cathy PHILIPPE

Villejuif

En résumé

Ingénieure de Recherche en Bioinformatique, je travaille actuellement à l'Institut Gustave Roussy, pour le département de Pédiatie, dans l'Unité de Génomique Fonctionnelle.

J'analyse les différents projets de génomique du département en recherche translationnelle (transcriptome, CGH, Reverse Phase Protein Analysis). Mes différentes expériences m'ont permis d'acquérir une bonne maîtrise de R, Java, C/C++ et de Perl (avec quelques utilisations du module BioPerl). D'autre part, je connais bien les environnements UNIX/Linux et je possède également une expérience de développement sous Windows.

De formation initiale pluridisciplinaire, je m'attache établir le meilleur contact possible avec les différents acteurs d'un projet, ce qui me motive particulièrement et me parait indispensable au déroulement d'un projet de génomique appliqué à la recherche médicale.

Mes compétences :
Bio-informatique
Bioanalyse
Bioinformatique
Biostatistiques

Entreprises

  • Institut Gustave Roussy - Ingénieure Analyse génomique

    Villejuif 2009 - maintenant Rattachée à l'équipe Pharmacologie et cancers de l'enfant de l'UPRES EA 3535 depuis mars 2009, j'analyse les projets de l'équipe en génomique fonctionnelle et structurelle, qui ont pour but de mieux caractériser les cancers de l'enfant et de trouver de nouvelles cibles thérapeutiques. Je travaille actuellement sur le projet Gliomes Malins, à déterminer des sous-groupes de maladies et à les caractériser sur le plan fonctionnel.

  • Commissariat à l'Energie Atomique - Ingénieure Analyse du transcriptome

    2006 - 2009 Rattachée à la plate-forme transcriptome du CEA, située au Génopole d'Evry dans le Service de Génomique Fonctionnel, Laboratoire d'Exploration Fonctionnelle des Génomes, j'ai analysé les projets réalisés en prestation de services pour d'autres laboratoires ainsi que les projets propres du labo, plus propices à des développements en analyse. Sous la direction de Vincent Frouin et de Xavier Gidrol, j'ai travaillé à la mise en place de procédures d'analyse en R, dans le cadre d'un environnement de développement en Java, développé dans le labo. J'ai eu l'occasion de travailler sur de nombreux projets aux plans expérimentaux très différents et non triviaux, comme les cinétiques et les "ranges" de doses. Malgré le bilan très positif de cette expérience, le recrutement en CDI prévu n'a pu se faire, pour des raisons conjoncturelles.

  • URGI, INRA - Ingénieur de recherche en bioinformatique

    2005 - 2005 Créée en 2002, l'Unité de Recherche Génomique-Info (URGI) de l'Institut National de Recherche Agronomique (INRA) est un laboratoire de bioinformatique qui développe et héberge un système d'information dédié à la recherche en génétique des plantes.
    Le laboratoire fournit des services allant de la conception de bases de données au support à l'annotation de génomes, en passant par l'ingénierie et l'hébergement de logiciels, ainsi que l'intégration de données et l'analyse bioinformatique. Les différents domaines scientifiques couverts sont la génétique, la génomique, la transcriptomique, la protéomique et les données de polymorphisme, à travers une approche intégrative. Le champ biologique comprend les plantes modèles comme l'arabette, les plantes cultivées, comme le riz, le blé ou la tomate, ainsi que leurs parasites, comme les champignons ou les pucerons.
    Mandatée par Génoplante pour maintenir sa plate-forme bioinformatique, l'URGI travaille en étroite collaboration avec différents partenaires de l'INRA, du CIRAD, du CNRS, de l'IRD, Biogemma et Bayer CropScience.

    Au poste d'ingénieur de recherche en bioinformatique et bioanalyse, j'ai réalisé un outil d'analyse du transcriptome en R, réalisant une description qualitative des données, la normalisation et l'analyse proprement dite. L'utilisateur peut choisir les méthodes qu'il désire appliquer à ses données. D'autre part, j'ai réalisé une veille technologique sur les outils d'annotation fonctionnelle, notamment ceux utilisant la Gene Ontology. Enfin, j'ai participé au développement en Java (Strust, JSP) de l'application BioFloWeb, permettant de lancer une suite webservices sur différents serveurs et d'en récupérer les résultats.

Formations

Pas de formation renseignée

Réseau

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