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Elodie CHOQUE

BORDEAUX

En résumé

Je suis docteur en génétique moléculaire et ingénieure agronome spécialisée en biotechnologies. Cette double compétence me permet d'être à la fois extrêmement précise dans les tâches qui peuvent m'être confié et suffisamment polyvalente pour pouvoir m'adapter à un grand nombre de situations (changement de sujet de recherche, gestion de projet, encadrement de personnels, enseignements).

Durant ma thèse, j’ai appliqué des techniques standards de biologie moléculaire pour déterminer le rôle de trois ORFs putativement impliqués dans les étapes précoces de la biogenèse du ribosome chez Saccharomyces cerevisiae. J’ai ainsi pu établir un schéma plus précis des premières étapes d'assemblages co-transcriptionnelles du pré-ribosme aujourd'hui publié (Choque et al., RNA Biology, 2011). Durant mon doctorat, j'ai de plus pris une charge d'enseignement à l'INP-ENSAT où j'ai enseigné le microbiologie à un niveau Bac+3.

Après mon doctorat, j'ai souhaité acquérir une expérience entrepreneuriale. J'ai donc été engagé par l'association Vaincre la Mucoviscidose afin de cartographier l’ensemble des expertises techniques scientifiques françaises. Ce travail fut, en partie, basé sur une analyse bibliographique de plus de 800 articles scientifiques. A partir de cette analyse, j’ai construit une base de données répertoriant l’ensemble des informations qui pourrait être utile à la communauté scientifique en mucoviscidose. Puis, j’ai actualisé ces données par une enquête téléphonique / courriel auprès des 150 chercheurs répertoriés qui m’a aussi permis de cibler les attentes des futurs utilisateurs. Cette mission m’a permis de maîtriser l’ensemble des étapes nécessaires au montage et à la gestion de projets depuis la rédaction d’un cahier des charges jusqu’à la réalisation d’un projet de même que la gestion coûts/délais/qualité d’une mission.

Actuellement Assistante Temporaire Enseignement Recherche (ATER), j'enseigne la microbiologie alimentaire, le génie fermentaire et l'enzymologie à l'INP-ENSAT pour des niveaux Bac + 3 à Bac + 5. Parallèlement, au sein du Laboratoire de Génie Chimique (LGC), j'utilise l'ensemble de mes compétences scientifiques afin de caractériser différentes voies de biosynthèses de métabolites secondaires chez Aspergillus niger, un champignon filamenteux d’intérêt industriel.

Mes compétences :
Pack Office (Word, Excel, PowerPoint, Outlook)
Clonage levures et bactéries
Préparation d’échantillon pour séquençage haut deb
Microscopie (fluorescence et électronique)
Gestionnaire de base de données (Access, mySQL/PHP
Northern Blot ; Western Blot ; Southern Blot
Génotypage SNP
Génétique
Ordonnancement et gestion de projet (GANTT)
Extraction (ADN, ARN et Protéines)
Marquage Pulse-Chase
Logiciel d’analyse statistique (R)
PCR RTPCR q PCR
Purification de complexes protéiques
Algorithmique et Programmation (PERL et Matlab)
Immunoprécipitation
Microarrays (Affymétrix)
Bioinformatique
Gradient de sédimentation
HPLC
Électrochimie
Biochimie alimentaire
Microbiologie

Entreprises

  • Laboratoire de Génie Chimique - Post-Doctorante

    2014 - maintenant Optimisation des processus d’extraction et détermination de la voie de biosynthèse des Naphtho-Gamma-Pyrones, métabolites secondaires d’intérêt industriel produits par Aspergillus niger.
    Optimisation de la production et de l’extraction de molécules bioactives ; valorisation industrielle; caractérisation de leur capacité antioxydante ; détermination de leur voie de biosynthèse.
  • INP-ENSAT - Assistante Temporaire Enseignement Recherche (ATER)

    2013 - 2014 Enseignant-chercheur non titulaire.
    Sujet de recherche : la voie de biosynthèse de métabolites secondaires chez Aspergillus niger
    Enseignement : microbiologie alimentaire, génie fermentaire, enzymologie
  • Vaincre la Mucoviscidose - Chargée de Mission Scientifique

    2012 - 2013 Création d’une base de données Access à partir d’une étude bibliographique (800 articles scientifiques), transfert de la base de données sous langage PHP/MySQL, rôle d’interface entre le département recherche et le service informatique de l’association pour la mise en place d’une plateforme Internet à partir de cette base de données (plateforme disponible en ligne le 30 septembre 2013)
  • LBME, INRA, Toulouse - Doctorante

    2008 - 2012 Utilisation de techniques standards de biologie moléculaire et de génétique pour la caractérisation fonctionnelle de 3 ORFs potentiellement impliqués dans la biogenèse du ribosome.
  • Université du Minnesota, Minneapolis, USA - Stagiaire

    2007 - 2007 Création d’un programme PERL basé sur l’alignement de séquences ADN pour la cartographie de marqueurs SNP ou SSR et la conception automatique d’amorces PCR dans la région encadrant chacun de ces marqueurs (ce programme est utilisé dans différents laboratoires).
    Vérification de ce programme par l’alignement de séquence de 96 espèces de soja au niveau de la région contenant le gène de résistance à Soybean Cyst Nematode, amplification des marqueurs par PCR, séquençage par la technique de Sequenom MassArray et détermination d’haplotypes.
  • LIPM, CNRS-INRA, Toulouse - Stagiaire M2R

    2007 - 2008 Insertion du plasmide symbiotique de Cupriavidus twainensis chez la bactérie phytopathogène Ralstonia solanacearum, sélection d’un clone capable de former des nodules sur les racines de Mimosa pudica, caractérisation moléculaire du clone par séquençage haut débit (Nimblegen et Roche 454) puis analyse de données, caractérisation phénotypique par microscopie de fluorescence.

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