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Emmanuel BOUILHOL

BORDEAUX

En résumé

Ingénieur Bioinformaticien

Mes compétences :
Java
DICOM
Python
MATLAB
GNU/Linux
JavaScript
MySQL
PHP
Bash
Base de données
C
Perl
PostgreSQL
NetBeans
Ontology
Image processing
OBO
SPARQL
Microsoft Windows
JQuery
Bioinformatics
Machine Learning

Entreprises

  • Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) - Ingénieur en analyse de données biologiques

    2015 - 2018
  • BioMérieux - Ingénieur Bioinformaticien

    MARCY-L'ETOILE 2014 - 2014 - Modélisation de données biologiques (modèle sémantique)
    - Récuperation, organisation et insertion des données dans une base de connaissance (Perl, SPARQL)
    - bio-curation, bibliographie
  • BioMérieux - Stagiaire R & D

    MARCY-L'ETOILE 2014 - 2014 - Pipeline d'annotation de séquences (Perl, Bash)
    - Analyse statistique descriptive de sources de données (R)
    - Parsing et Alignement de méta-données (pattern matching)
    - Conception et utilisation de modèle de données (Ontologies)
    - Inclusion et requetages de données sémantiques (Web sémantique, SPARQL)
    - Outils : Protégé, Logiciels Corporate de gestion de documents et de projets, Logiciel de suivi de version, Blast, cd-hit, IDE Linux, Open-Link Virtuoso
  • CHU Poitiers - Stagiaire Ingenierie Biomédicale

    Poitiers 2013 - 2013 -- Base de données et interface de bibliométrie et économétrie (SQL, PHP, HTML, JQuery, Ajax)
    -- Détection d’électrodes de neuro-stimulation médullaire sur images médicales (Java)
  • Xlim-SIC & La Roche-Posay - Stagiaire

    2012 - 2012 -- Mise en place de protocoles d'acquisition de photographies dermatologiques
    -- Détection de plaques de Psoriasis sur photographie dermatologiques (MatLAB, Python)
    -- Détection de Mire et algorithme de calibration couleur (MatLAB, Python)
  • Centre hospitalier régional universitaire de Lille - Stagiaire Ingénierie Biomédicale

    Lille 2011 - 2011 -Mise en place et administration d'une base de données d'images DICOM
    -Développement d'une interface d'administration de la base de données
    -Développement d'outils de tractographie, orientation et suivi des fibres neuronales

Formations

  • CBIB

    Bordeaux 2018 - maintenant PhD student
  • Université Poitiers GPHY

    Poitiers 2013 - 2014 Master 2 Génie Physiologique et Informatique option Imagerie

    -- Informatique : Programmation Androïd, J2EE, Administration Oracle, Data Mining
    -- Biologie : Formation aux NGS (Next generation sequencing)
    -- Imagerie : OpenCV, OpenGL, InPainting
    -- Divers : Marketing, Sécurité & réseaux, Création d'une entreprise

    -- Projet : Développement d'une application pour LeapMotion (JavaScript)
  • Université Poitiers GPHY

    Poitiers 2012 - 2013 Master 1 Génie Physiologie et Informatique option Imagerie

    --Biologie : Omics, imagerie médicale (IRM, TEP, Echographies...), imagerie du petit animal (Microscopie confocale, biphotonique, GFP...)
    --Informatique : POO (Java, C++), IHM (Java)
    -- Imagerie : Quantification couleur, espace colorimétriques, Segmentation & Détection (Régions, contour...)
    -- Projet : Analyses de textures de peaux en vue de corréler une peau lésée et un type de Psoriasis
  • Université Poitiers

    Poitiers 2011 - 2012 Licence

    Génie Physiologique, Biotechnologique et Informatique, Université de
    Poitiers (86), Option Biotechnologie et Imagerie.
  • Université Clermont 1 Auvergne

    Clermont Ferrand 2009 - 2011 DUT Génie Biologique option Bioinformatique

    --Informatique : C, Perl, MySQL, PHP, Bash, Java, VB
    --Biologie : Génomique, protéomique, Biologie cellulaire, Physiologie animale & végétale
    -- Outils d'analyse : Gap4, PreGap4, Blast, ORFinder...
  • Université Clermont 1 Auvergne

    Clermont Ferrand 2007 - 2009

Réseau