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Francois BARTOLO

toulouse

En résumé

Mes compétences :
Data mining
Génomique
HTML
Métabolomique
Modélisation
Transcriptomique
Perl Programming
Python Programming
Prism
Personal Home Page
MySQL
Microsoft Office
Linux
JavaScript
Java
Cascading Style Sheets
C++
R
Biotechnologies
R&D
Gestion de projet

Entreprises

  • Methodomics - Bioinformaticien et Biostatisticien

    toulouse 2016 - 2018 Ma mission est d' aider à analyser la complexité des données biologiques grâce aux outils mathématiques et informatiques: mieux comprendre le vivant pour mieux produire, mieux prévoir, mieux soigner.

    Je travaille sur toutes les données du vivant, la biologie au sens large incluant les données biomédicales à grande échelle (Génomique, Transcriptomique, Métabolomique, Protéomique) ainsi que des questionnaires ou des données acquises par des smartphones. La démarche de ma société s'ancre dans des problématiques de recherche clinique à forte composante de biologie moléculaire. Ces problématiques constituent un paradigme pour l'analyse des données suscitées par l'explosion des connaissances biologiques.

    Mes missions sont de :
    1. Fournir une expertise methodologique dans la conduite de projets scientifiques.
    2. Permettre d'externaliser l'analyse statistique de données.
    3. Former et sensibiliser aux nouvelles dimensions d'analyse des données biologiques
  • INSA de Toulouse - BIOINFORMATICIEN et BIOSTATICIEN

    2015 - 2016 Je travaille en tant qu'ingénieur d'étude au sein de l’équipe « Statistique et Probabilités » à l'Institut de Mathématiques de Toulouse sous la direction de S. Dejean et de P. Besse. J’effectue actuellement une l’analyse de données multi-omiques dans le but de déterminer les gènes d’intérêt impliqués dans certaines voies métaboliques chez Escherichia Coli. Les analyses statistiques PLS, sPLS-DA et PCA sont utilisées pour une étude intégrative des données transcriptomiques, métabolomiques et fluxiomiques. En complément, j’effectue également des analyses transcriptomiques standards pour étudier l’expression de gènes lors d'ajout ou de suppression de voies métaboliques chez Escherichia Coli.
    De plus, je participe aussi à une collaboration sur le projet mixOmics. MixOmics est un package R spécialisé dans l’intégration de données. Dans un premier temps, j’ai contribué au développement de mixMC, un module intégrant mixOmics pour l’analyse de données méta-génomiques. Cette collaboration m’a amené à travailler 3 mois avec le Dr K-A. Lê Cao lors d'un séjour au sein du Translational Research Institute à Brisbane (Australie). J'ai effectué une amélioration de l'ensemble des représentations graphiques de ce package (par exemple, intégration des packages ggplot2, lattice…). J’ai aussi ajouté des fonctions graphiques à ce package, telles que des biplots. Actuellement je travaille à réduire le temps de calcul grâce à une optimisation séquentielle, et une parallélisation, ainsi qu’une optimisation de la gestion de la RAM.
    Je participe à la conception et j’interviens lors de plusieurs formations présentant et expliquant le package mixOmics, notamment au sein des laboratoires de l’INRA et Nantes. Ces formations permettent d’introduire les concepts fondamentaux de l’analyse statistique multivariée ainsi que de présenter les méthodes multivariées innovantes pour l’exploration et l’intégration de données omiques.
  • BIOASTER - BIOINFORMATICIEN

    2014 - 2014 Mise en place d’un pipeline de traitement de données de Métagénomique.

    -Génération de données simulées de différents types (BEAR, GemSim, Grinder, ...)

    -Test de différents programmes d’analyse métagénomique (70 programmes testés)

    -Connaissance des outils de partage et de gestion des versions (OwnCloud, Bazaar, ...)
  • CNRS - Ingénieur d'étude

    Paris 2012 - 2014 (18 mois) : ingénieur d'étude au Pôle Rhône-Alpes de Bioinformatique (Laboratoire de
    Biométrie et Biologie Évolutive - CNRS UMR5558, Lyon), sous la direction du Dr G.Perrière.
    Mise en place d'un pipeline de traitement de données de Métatranscriptomique.

    -Utilisation d'un cluster de calcul (soumission de jobs Torque/PBS)
    -Mise en place d'un pipeline (Perl (Bioperl), Shell, ...)
    -Analyse des données métagénomiques/NGS (CD-HIT, SortMeRNA, BLAST, Pplacer, Infernal, ...)
    -Connaissance des outils de partage (SVN, Redmine)
    -Connaissance des gestionnaires de workflow bioinformatiques (Galaxy, ...)
  • Centre de Biologie du Développement de Toulouse - Stage de Master

    2011 - 2012 UMR5547, sous la direction des Dr D. Arvanitis et Dr A. DAVY.
    Analyse bio-informatique de la famille des Eph/Ephrines

    -utilisation de logiciels d'analyse de facteurs de transcription (PICTAR, TargetScan, ...)
    -analyse statistique de puces transcriptomiques (R(limma,ade4, ...), GSEA, FuncAssociate, ...)
  • CNRS - Stage de Master

    Paris 2010 - 2010 1 au S.P.C.M.I.B. de Toulouse - CNRS UMR 5068, sous la direction du
    Dr S. Balayssac.
    Approche par RMN métabolomique des altérations métaboliques mitochondriales impliquées dans la
    chimiorésistance du mélanome

    -analyse statistique (analyse différentielle des variations des acides aminés) (R, SIMCA,...)

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