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François EHRENMANN

PESSAC

En résumé

Ingénieur bioinformaticien / Administrateur de systèmes d'information / Gestionnaire de bases de données, INRA / UMR BioGeCo.

Titulaire d’un DESS en Bioinformatique et d'un DEA de chimie des biomolécules, je suis actuellement en poste à l'UMR 1202 BIOGECO - INRA / Université Bordeaux 1 en tant qu'informaticien/Bio-informaticien.

Je possède une bonne expérience en bio-informatique (analyse, assemblage, calcul), en administration des systèmes d'information, en développement Web ainsi qu'en administration de bases de données. Je suis très attaché au travail en équipe pluridisciplinaire (biologie, chimie et informatique).

Mes compétences :
Logiciel libre
Javascript
Programmation
Informatique
Bioinformatique
Python
PERL
Qualité
PHP
PostgreSQL
Linux
Ruby on Rails
MySQL
UNIX
Assurance qualité
Veille technologique

Entreprises

  • INRA / UMR BioGeCo - Administrateur de systèmes d'information / Bases de données

    2011 - maintenant - Gestion, développement et maintenance d' applications web / bases de données de l'unité et dans le cadre du réseau européen EVOLTREE (QuercusPortal, QuercusMap, CMap, ESTs, SNP, SSRs, (GD)² et FossilMap).
    - Développement d'un Système d'Informations (SI) de bases interopérables couvrants différents champs (génétique, génomique, écologie).
    - Pérennisation du réseau EVOLTREE.
    - Interactions avec les bases de données développées par l'URGI (unité de recherche Génomique-Info).
    - Bio-informatique (analyse de séquences, assemblages, cluster de calcul, Galaxy)
    - Administrateur bases de données
    - Interfaçage GIS/Bases de données (QGis, PostgresqL)

  • IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system® - Ingénieur Bioinformaticien

    2006 - 2011 Gestion des flux d’information, traitement informatique et expertise biologique en immunogénétique pour le système d’information IMGT, the international ImMunoGeneTics information system® (http://www.imgt.org), Laboratoire d’ImmunoGénétique Moléculaire (LIGM), sous la direction des Professeurs. M.-P. et G. Lefranc, Institut de Génétique Humaine de Montpellier, UPR 1142.

    Réception électronique et traitement informatique des séquences protéiques d’immunoglobulines (IG) et de récepteurs des cellules T (TR) en provenance de la Protein Data Bank: expertise et affectation de mots clés issus des concepts de IMGT-ONTOLOGY aux nouvelles séquences protéiques, contrôle et correction des mises à jour, utilisation de programmes Perl/cgi et des SGBD Sybase et Mysql.
    Analyse 2D des séquences d'anticorps monoclonaux à visée thérapeutique et des protéines de fusion provenant de INN/WHO.
    Annotation des séquences protéiques: comparaison et alignement des séquences pour l’identification et caractérisation des chaînes, recherche et identification des gènes à l’aide des outils : BLAST, FASTA, ALIGN, détermination des liaisons chimiques entre résidus à l'aide des outils : STRIDE et analyse des contacts interatomiques.
    Supervision et contrôle de l’annotation automatique des séquences protéiques (Perl).
    Intégration des annotations dans les tables de la base de données IMGT/3Dstructure-DB, à l’aide de programmes Perl.
    Développement et maintenance de la base de données IMGT/Primer-DB fournissant une information standardisée sur les oligonucléotides ou primers des immunoglobulines et des récepteurs des cellules T.
    Création et implémentation d’outils (bio)informatiques : Automatisation tâches, interfaces Web de consultation, outils d’alignements de séquences, BLAST.

  • Clarisys informatique - Analyste développeur

    Toulouse 2005 - 2006 Développement d’une gamme de progiciels et de services informatiques à destination des laboratoires d’analyses médicales.
    Développement de CLARILAB, système de gestion de laboratoires (SGL) 100% Linux réalisé en étroite collaboration avec des biologistes.
    Utilisation de Qt, bibliothèque logicielle orientée objet développé en C++ (interface graphique QtDesigner, accès aux données, connexions réseaux, XML, langage Python) – Tests logiciels.

  • MEDIAPOST - Ingénieur développement

    Paris 2001 - 2004 Médiapost, spécialiste de la publicité en boîte à lettres.
    Développement d'applications L4G (Powerbuilder), de scripts shells et de scripts sql dans le cadre des tournées postales et de l'affectation d'agents.

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