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Laetitia BOURGEADE

BORDEAUX

En résumé

Après deux années en classes préparatoires aux cours desquelles j'ai découvert l'informatique je me suis tournée vers la bioinformatique, un domaine qui permet de conjuguer deux disciplines que sont les sciences de la vie (plus particulièrement aujourd'hui la génomique) et l'informatique. C'est pourquoi je me suis tournée vers le master Bioinformatique de l'université de Bordeaux et encore aujourd'hui vers un sujet de thèse interdisciplinaire. Ainsi mon travail actuel porte entre autres sur la modélisation des structures secondaires arborescentes des séquences d'ARN et leurs comparaison afin de les clusteriser mais aussi sur l'identification et la caractérisation d'autres objets génomiques non codants que sont les pseudogènes (leurres pour les systèmes d'annotation automatique mais aussi leurres fonctionnels).

Mes compétences :
Bio-informatique
Bioinformatique
Biologie
Génomique
Gestion de projet
Informatique
Pipelines
Recherche

Entreprises

  • Institut Bergonié - Post-Doctorante

    BORDEAUX 2015 - maintenant Pour ce projet de post-doctorat dans le domaine de l'oncologie j'ai intégré l'équipe « Génétique et Biologie des Sarcomes » de l’Unité INSERM VINCO U916 dirigée par Frédéric Chibbon.
    Ce projet dont j'ai la charge s’intègre dans le programme international de séquençage des génomes tumoraux (ICGC-International Cancer Genome Consortium-). Il porte sur l’analyse du génome des leiomyosarcomes, cancer rare et très agressif. L’objectif de mon projet est de décrire, par l’analyse bioinformatique, l’ensemble des anomalies structurales de ces tumeurs et de tenter d’en déduire le(s) mécanisme(s) de formation par l’analyse fine des séquences bordant les points de cassure.

  • Université bordeaux 1-ENSEIRB MATMECA - Enseignante

    2011 - 2015 - 2011 à 2013 : initiation à l'informatique en L1 MISMI- Mathématique Informatique et Sciences de l'ingénieur.
    - 2011 à 2013 : méthodes et outils pour la biologie des systèmes-SGBD...- en master 1 Bioinforlatique
    - 2013 et 2014 : POO -Programmation Orientée Objet en Java- à l'INP en 2ème année d'informatique
    - 2013 : approches expérimentales en biologie-utilisation de R- en master 1 Bioinformatique
    - mise en place et suivi de projet en master 1 Bioinformatique
    -2014: environnement de travail-unix, bash, emacs, latex...-à l'INP en 1ère année d'informatique

  • INRIA - Stage de fin d'études

    Le Chesnay 2011 - 2011 Développement d'une méthode d'analyse de génomes et d'identification et caractérisation des pseudogènes aux sein des génomes bactériens du genre oenococcus. Mise en place d'une nomenclature des génomes bactériens en vue d'automatiser le pipeline d'identification et caractérisation des pseudogènes.

  • CBiB- centre de bioinformatique Bordelais - Développement d'un GUI pour MetaboFlux et ses manuels utilisateurs et développeurs.

    2010 - 2010

  • CNRS-CENBG - Analyse bioinformatique

    2009 - 2009

Formations

  • IUFM Aquitaine

    Merignac 2011 - 2014 Formation des doctorants à l'enseignement supérieur

  • LABRI BORDEAUX I - École Doctorale De Mathématiques Et Informatique (Bordeaux)

    Bordeaux 2011 - 2014 Doctorat (Bourse ministérielle)

    BioInformatique - Directeurs : J. Allali&E. Bon
    "Inférence des acteurs de la régulation des expressions géniques"
    L'objectif de ma thèse porte sur le développement, l’implémentation et l’expérimentation de méthodes de calculs permettant de détecter, caractériser, modéliser, comparer et clusteriser différentes familles d’éléments génomiques non-codants tels que les ARN et les pseudogènes.

  • Université Bordeaux 1 Sciences Et Technologies

    Talence 2009 - 2011 Master

  • Université Bordeaux 1 Sciences Et Technologies

    Talence 2008 - 2009

  • Lycée Michel Montaigne

    Bordeaux 2006 - 2008

Réseau

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