Ingénieur en bioinformatique, spécialisé dans l'analyse des données de séquençage à haut débit.
Reçue au concours d'ingénieur d'étude INRA 2011.
Mes compétences :
Bio-informatique
Bioinformatique
Génomique
NGS
Sequençage
Transcriptomique
Entreprises
INRA de Jouy en Josas Unité GABI équipe SIGENAE
- Ingenieur d'étude en bioinformatique
2012 - maintenantIngénieur d'étude en bioinformatique analyste et développeuse d'outils et de méthodes pour des projets de génomiques à haut débit sur les animaux d'élevage.
CEA- Genoscope d'Evry
- Ingénieur
2010 - 2011http://www.genoscope.cns.fr/spip/
Au sein du centre de séquençage de référence en France, j'ai intégré l'équipe d'analyse bioinformatique des séquence pour travailler sur l'assemblage de novo de grands génomes eucaryotes: colza, truite, café, truffe, palmier. J'ai également participer aux analyses préliminaires de l'analyse des métagénomes du projet TARA Ocean qui a pour ambition de séquencer la faune des océans du monde. Cette expérience m'a permis d'acquérir une expertise sur les différentes technologies de séquençage communément utilisé aujourd'hui: Roche 454, Solexa Illumina et Sanger.
Article:
The banana (Musa acuminata) genome and the evolution of monocotyledonous plants. Nature 488, 213–217 (09 August 2012) .
(http://www.nature.com/nature/journal/v488/n7410/full/nature11241.html )
Bioquanta
- Stagiaire ingénieur
Paris2009 - 2009Stage de 6 mois, en modélisatin moléculaire. Etude des changements de conformation d'un transporteur de neurotransmetteurs dans le but de créer un pharmacophore plus spécifique de ce transporteur
Utilisation des logiciels CHARMM, VMD et PYMOL
Plateforme transcriptome - ENS Paris
- Ingénieur développement
2009 - 2010Les puces à ADN ont révolutionné l'étude du génome et du transcriptome. Aujourd'hui, les nouvelles technologies de séquençage à haut débit permettent d'aller plus loin dans le débit et la précision de ces mêmes études. Elles apportent avec elles, de nouveaux challenges d'un point de vue analyses statistiques et bioinformatiques.
Au sein de la plateforme transcriptome de l'ENS, je suis chargée de tester et comparer les différents outils développés à ce jour pour analyser les données d'expérience de RNA-Seq utilisant ces technologies NGS. Ceci pour mettre en place un pipeline complet d'analyse impliquant le filtrage des séquences, l'alignement sur un génome de référence, l'identification de nouveaux transcrits, la mesure du niveau d'expression des transcrits, et l'analyse différentielle d'expression entre échantillon.
Articles:
1) Eoulsan: a cloud computing-based framework facilitating high throughput sequencing analyses . Bioinformatics (2012) 28 (11): 1542-1543. (http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/28/11/1542)
http://transcriptome.ens.fr/eoulsan/
2) RNA sequencing revealed novel actors of the acquisition of drug resistance in Candida albicans . BMC Genomics 2012, 13:396 (http://www.biomedcentral.com/1471-2164/13/396/abstract)
Université de Birmingham- équipe CSB (Centre of Biology System)
- Stagiaire
2008 - 2008stage de 3 mois durant la première année de master (dfeuxième année d'IUP)
analyse de la relation entre mutation corrélée de deux acides aminés et la distance qui les sépare, dans le but de l'utiliser pour améliorer les méthode de prédiction de structure protéique.
développement de script Python (utilisation des modules Biopython,Numpy,Matplot)
Université d'Aix Marseilles- équipe evolution biologique et modélisation
- Stagiaire
2007 - 2007stage de 3 mois de licence (première année d'IUP)
développement Java d'outils pour la plateforme phylogénomique FIGENIX
INRA (Institut National de Recherche en Agronomie) Tours
- Stagiaire
2006 - 2006stage de 3 mois lors de la deuxième année de DUT
Analyse phylogénomique des gènes orthologues des oogénésines de souris:
- repérage des gènes othologues hypothétiques de rat, chien, bovin sur un arbre phylogénétique
- étude en biologie humide de la spécificité d'expression des différents gènes sélectionnés (RT-PCR et southern blot)
- vérification de l'orthologie par l'étude des zones de synthénie
ENITIAA (Ecole Nationale d'Ingénieur des Techniques des Industries Agricoles et Alimentaires)
- Stagiaire
2005 - 2005stage de 4 semaines durant la première année de DUT au laboratoire LMAI(Laboratoire de Microbiologie Alimentaire etIndustrielle)
création d'une base de données de profils PCR et restriction enzymatique de bactéries
rédaction de protocole d'utilisation de traitement de sequences d'ADN et protéique via les outils disponible sur Internet