Maria BERNARD

En résumé

Entreprises

• INRA de Jouy en Josas Unité GABI équipe SIGENAE - Ingenieur d'étude en bioinformatique

  2012 - maintenant Ingénieur d'étude en bioinformatique analyste et développeuse d'outils et de méthodes pour des projets de génomiques à haut débit sur les animaux d'élevage.

• CEA- Genoscope d'Evry - Ingénieur

  2010 - 2011 http://www.genoscope.cns.fr/spip/
  Au sein du centre de séquençage de référence en France, j'ai intégré l'équipe d'analyse bioinformatique des séquence pour travailler sur l'assemblage de novo de grands génomes eucaryotes: colza, truite, café, truffe, palmier. J'ai également participer aux analyses préliminaires de l'analyse des métagénomes du projet TARA Ocean qui a pour ambition de séquencer la faune des océans du monde. Cette expérience m'a permis d'acquérir une expertise sur les différentes technologies de séquençage communément utilisé aujourd'hui: Roche 454, Solexa Illumina et Sanger.
  
  Article:
  The banana (Musa acuminata) genome and the evolution of monocotyledonous plants. Nature 488, 213–217 (09 August 2012) .
  (http://www.nature.com/nature/journal/v488/n7410/full/nature11241.html )

• Bioquanta - Stagiaire ingénieur

  Paris 2009 - 2009 Stage de 6 mois, en modélisatin moléculaire. Etude des changements de conformation d'un transporteur de neurotransmetteurs dans le but de créer un pharmacophore plus spécifique de ce transporteur
  Utilisation des logiciels CHARMM, VMD et PYMOL

• Plateforme transcriptome - ENS Paris - Ingénieur développement

  2009 - 2010 Les puces à ADN ont révolutionné l'étude du génome et du transcriptome. Aujourd'hui, les nouvelles technologies de séquençage à haut débit permettent d'aller plus loin dans le débit et la précision de ces mêmes études. Elles apportent avec elles, de nouveaux challenges d'un point de vue analyses statistiques et bioinformatiques.
  Au sein de la plateforme transcriptome de l'ENS, je suis chargée de tester et comparer les différents outils développés à ce jour pour analyser les données d'expérience de RNA-Seq utilisant ces technologies NGS. Ceci pour mettre en place un pipeline complet d'analyse impliquant le filtrage des séquences, l'alignement sur un génome de référence, l'identification de nouveaux transcrits, la mesure du niveau d'expression des transcrits, et l'analyse différentielle d'expression entre échantillon.
  
  Articles:
  1) Eoulsan: a cloud computing-based framework facilitating high throughput sequencing analyses . Bioinformatics (2012) 28 (11): 1542-1543. (http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/28/11/1542)
  http://transcriptome.ens.fr/eoulsan/
  
  2) RNA sequencing revealed novel actors of the acquisition of drug resistance in Candida albicans . BMC Genomics 2012, 13:396 (http://www.biomedcentral.com/1471-2164/13/396/abstract)

• Université de Birmingham- équipe CSB (Centre of Biology System) - Stagiaire

  2008 - 2008 stage de 3 mois durant la première année de master (dfeuxième année d'IUP)
  analyse de la relation entre mutation corrélée de deux acides aminés et la distance qui les sépare, dans le but de l'utiliser pour améliorer les méthode de prédiction de structure protéique.
  développement de script Python (utilisation des modules Biopython,Numpy,Matplot)

• Université d'Aix Marseilles- équipe evolution biologique et modélisation - Stagiaire

  2007 - 2007 stage de 3 mois de licence (première année d'IUP)
  développement Java d'outils pour la plateforme phylogénomique FIGENIX

• INRA (Institut National de Recherche en Agronomie) Tours - Stagiaire

  2006 - 2006 stage de 3 mois lors de la deuxième année de DUT
  Analyse phylogénomique des gènes orthologues des oogénésines de souris:
  - repérage des gènes othologues hypothétiques de rat, chien, bovin sur un arbre phylogénétique
  - étude en biologie humide de la spécificité d'expression des différents gènes sélectionnés (RT-PCR et southern blot)
  - vérification de l'orthologie par l'étude des zones de synthénie

• ENITIAA (Ecole Nationale d'Ingénieur des Techniques des Industries Agricoles et Alimentaires) - Stagiaire

  2005 - 2005 stage de 4 semaines durant la première année de DUT au laboratoire LMAI(Laboratoire de Microbiologie Alimentaire etIndustrielle)
  création d'une base de données de profils PCR et restriction enzymatique de bactéries
  rédaction de protocole d'utilisation de traitement de sequences d'ADN et protéique via les outils disponible sur Internet

Formations

• Université Evry Val D'Essonne

  Evry 2006 - 2009 génie biologique et informatique

• Institut Universitaire Professionnalisant IUT (Aurillac)

  Aurillac 2004 - 2006 bioinformatique
  
  génie biologique spécialité bioinformatique

Réseau

• Fabien DUPONT

• Karim BEKRI

• Mike MIKE MITTELHAM IMMOBILIER

• Olivier LEBRET

• Ophélie LUTTON (BREVOT)

• Pascal PUGNIERE

• Pierrick CRAVEUR

• Stéphane LE CROM

• Sylvain BONNEVAL

• Xavier KLOTZ