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Nicolas CAGNARD

LE PLESSIS ROBINSON

En résumé

MBE de Bioinformatique (EBI Ecole de Biologie Industrielle Cergy)
DEA Biologie de l’os et des articulations (mention A.B.) (Université Denis Diderot Paris VII)

Compétences :
- Gestion de projets bioinformatiques
- Développement d'outils d'analyse
- Analyse statistique de puces à ADN
- Création, programmation et gestion de bases de données
- Création et gestion de sites web

-Langages (Language R, PHP/Mysql, HTML/javascript, PERL, C/C++, Java)
-Outils informatiques (R/Bioconductor, Ingenuity, Genespring, Excel (VBA), SAS)
-Méthodes statistiques (Analyse de puces à ADN, Normalisations, Bootstrap, ANOVA, Clustering Hiérarchique, KNN, LSimpute)
-Outils Internet (Bases de données publiques, FASTA/BLAST, NCBI, EBI, Ensembl, etc..)
-OS (Linux, Windows)

Développement logiciel:
eVenn (v2.1.4) (Package R, Octobre 2011)
GExMap (v1.1.3) (Package R, Octobre 2011)
AnnotLists (v1.2) (Package R, Octobre 2011)

Publications scientifiques:
- Human CD14dim monocytes patrol and sense nucleic acids and viruses via TLR7 and TLR8 receptors.
Cros J et al. (Immunity. 2010)

- The transcription factor SRF regulates hematopoietic stem cells adhesion.
Ragu C et al. (Blood. 2010)

- IL-2 reverses established type 1 diabetes in NOD mice by a local effect on pancreatic regulatory T cells.
Grinberg-Bleyer Y et al. (J Exp Med. 2010)

- Gene expression profile in the salivary glands of primary Sjögren's syndrome patients before and after treatment with rituximab.
Devauchelle-Pensec V et al. (Arthritis Rheum. 2010)

- GExMap: An Intuitive Visual Tool to Detect and Analyze Genomic Distribution in Microarray-generated Lists of Differentially Expressed Genes.
Cagnard N et al. (J Proteomics Bioinform 2009)

- Comprehensive Linkage and Association Analyses Identify Haplotype, Near to the TNFSF15 Gene, Significantly Associated with Spondyloarthritis.
Zinovieva E et al. (PLoS Genet. 2009 June)

- The OTT-MAL fusion oncogene activates RBPJ-mediated transcription and induces acute megakaryoblastic leukemia in a knockin mouse model.
Mercher T et al. (J Clin Invest. 2009 April 1)

- Gene expression profiling provides insights into the pathways involved in solid pseudopapillary neoplasm of the pancreas.
Cavard C et al. (J Pathol. 2009 Jan 20)

- GExMap: An Intuitive Visual Tool to Detect and Analyze Genomic Distribution in Microarray-generated Lists of Differentially Expressed Genes.
Cagnard N et al. (Proteomics Bioinform 2009)

- FOXO1 regulates L-Selectin and a network of human T cell homing molecules downstream of phosphatidylinositol 3-kinase.
Fabre S et al. (J Immunol. 2008 Sep)

- CTLA-4 +49A/G and CT60 gene polymorphisms in primary Sjögren syndrome.
Gottenberg JE et al. (Arthritis Res Ther. 2007)

- Failure to confirm coxsackievirus infection in primary Sjögren's syndrome.
Gottenberg JE et al. (Arthritis Rheum. 2006 Jun)

- Activation of IFN pathways and plasmacytoid dendritic cell recruitment in target organs of primary Sjogren's syndrome.
Gottenberg JE et al. (P.N.A.S. 2006 Feb 21)

- Interleukin-32, CCL2, PF4F1 and GFD10 are the only cytokine/chemokine genes differentially expressed by in vitro cultured rheumatoid and osteoarthritis fibroblast-like synoviocytes.
Cagnard N et al. (Eur Cytokine Netw. 2005 Dec)

- DNA microarray allows molecular profiling of rheumatoid arthritis and identification of pathophysiological targets.
Devauchelle V et al. (Genes Immun. 2004 Dec)

Mes compétences :
Analyses statistiques
Bases de données
Bio-informatique
Bioinformatique
Développement
Gestion de projets
Programmation
Statistiques
Analyse statistique
Base de données
Gestion de projet

Entreprises

  • INSERM / Université Paris Descartes - Ingénieur d'études

    2007 - maintenant
  • INSTITUT COCHIN (INSERM U567) - Ingénieur Bioinformatique

    2002 - maintenant INSTITUT COCHIN (INSERM U567) (Dr G. Chiocchia)
    Analyse des données de puces à ADN et mise en place d’une plateforme d’étude statistique.

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