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Sébastien LETORT

Le Chesnay

En résumé

J'ai une formation de développeur que j'ai pu utiliser sur le projet Narcisse au sein du Lipm à l'Inra de Toulouse (perl,javascript,gestion données,graphique web,page web). J'ai également pu valoriser cette compétence sur le projet MoBiDiCC dans une unité mixte Inserm/CHRU à Brest (fouilles de données,analyse de graphe,test d'association) et dernièrement j'ai écrit quelques scripts permettant de faire la traçabilité en RDF sur la génération de données (python). J'aimerai avoir la charge de projet réalisable en moins d'un an où la qualité du développement (pour une facilité de relecture/utilisation) prime. Sans les maîtriser, je connais plein d'autres techno comme C++,Rcpp,docker,sql,nodejs,jquery,java pour les plus connues.

Mes compétences :
Bash Shell
Python Programming
Perl Programming
XHTML
AJAX
JavaScript
XML
API
C++
PostgreSQL
SQL
Apache Subversion
C Programming Language
Git
HTML
MySQL
SQLite

Entreprises

  • Inria - Développeur web

    Le Chesnay 2019 - maintenant Poursuite du projet allgo (https://allgo18.inria.fr/). Une plateforme de développement d'application. Le projet est en python3/Django, et repose sur la techno docker.
    Mise en place de métriques et de leur visualisation, d'un blog [Pelican] (automatisation de génération d'articles d'état du projet), intégration continue, écriture de test.

  • Cnrs - Bio-informaticien

    Paris 2015 - 2018 : bio-informaticien au sein de l'équipe GenScale, Cnrs, Irisa. -
    Projet Rapsodyn : détection de SNPs et assemblage de novo chez le colza.
    Utilisation des outils développés par l'équipe sur 29 cultivars.

    J'ai écrit différents scripts permettant d'étudier la variabilité structurale du génome au sein de l'espèce.
    Réalisation d'images Docker permettant de tracer l'exécution des assemblages à l'aide de l'ontologie PROV-O.
    Encadrement de stagiaires L2 et M2.

  • Cnrs - Bio-analyste

    Paris 2015 - 2018

  • CHRU Brest - Bio-informaticien

    2012 - 2015 : bio-informaticien au sein de l'équipe épidémiologie génétique, UMR1078, CHRU. - Brest.
    Développement d'un programme (MoBiDiCC) de recherche de motifs protéiques basé sur la construction d'un graphe pondéré à l'aide de données cas-témoins. Mise en place de simulations avec différents modèles pour comparer cette approche aux autres méthodes existantes.

    Traduction en CPP de certaines fonctions du package R OriginMineR. (RCPP)
    Comparaison de différents pipelines de traitement de données NGS.
    Analyse NGS (QC,filtres) sur le projet « Exomes Français », (FrEx ~500 exomes).
    Administration d'un serveur de calculs (~5 utilisateurs actifs).
    cours à des étudiants de master 2 sur dbSNP et TD sur NGS (logiciel IGV).

  • Inserm - Bio-informaticien

    PARIS 13 2010 - 2012 bio-informaticien au laboratoire Variation Génétique et Maladie
    Humaine (U946), INSERM, CEPH - Paris.
    Projet Mélanome Humain-Porc, projection des informations obtenues (GWAS) dans une espèce sur l'autre à l'aide du logiciel Narcisse.
    Projet TAGC, QC des données
    Soutien : Développement spécifiques de programmes et de scripts.
    Rédaction de documentation et suivi des utilisateurs.
    Veille sur dbSNP, HapMap, 1000G, EnsEMBL, Rfam. cours à des étudiants de master 2 sur dbSNP et HapMap.

  • Inra - Bio-informaticien

    Paris 2007 - 2010 bio-informaticien au LIPM/LGC, INRA d'Auzeville-Tolozan.
    Projet Narcisse, développement d'un navigateur de génome, spécialisé dans la comparaison des génomes. (PERL). Équipe de 5 personnes.
    Mise en conformité XHTML, intégration du logiciel Circos, restructuration du code existant, génération d'images (graphique, caryotype), intégration d'une bibliothèque JAVASCRIPT pour faciliter l'écriture de requêtes AJAX.
    Utilisation de l'API d'EnsEMBL. Écriture de scripts de validation de l'assemblage du génome porcin et d'intégration de données SNP.

    Mise en place de services internet biomoby permettant d'exploiter les données du projet hors du navigateur. Écriture de classes générant la description de programme au format mobyle (XML) (projet PlayMOBY).
    Utilisation des motifs de conception décorateur, fabrique et singleton.
    Veille technologique sur les tests unitaires et le JAVASCRIPT, formation donnée.

  • Université de Montréal - Informaticien

    2004 - 2005 Développement d'un logiciel concurrent de RnaMotif pour des séquences d'ARN. (C++). Travail essentiellement autonome.
    Migration de code C vers C++, ajout de nouvelles fonctionnalités.
    Intégration et extension du code de nrGrep (grep autorisant les erreurs).
    Écriture d'un schéma XML pour le descripteur de séquence.

  • Université De Montréal - Bio-informaticien

    2003 - 2003 bio-informaticien au département de biochimie de l'Université de Montréal, Québec (stage de DESS). Équipe de 5 personnes (anglophones). développement graphique pour PEPdb, une base de données d'ESTs.
    construction d'images (alignement de séquences, statistique) avec PHP.
    mise à jour de la base postgreSQL à l'aide de script PERL.

  • Chu Caen - Ingénieur

    Caen 2002 - 2002 assist. ingénieur, CHU de Caen (14), serv. médecine nucléaire (stage de maîtrise) fusion d'image TEP/TDM à l'aide d'outils libres ou gratuits.
    Application de concepts mathématiques pour le traitement d'image 3D :
    calcul de matrice de rotation.
    Utilisation de gimp, de R et de logiciels spécialisés afin de traiter et fusionner les images.

  • CSP - Développeur informatique

    Paris 2000 - 2000 développeur informatique pour CSP Cournon (63), une entreprise de transport migration d'une application VMS vers windows avec Windev.
    Constructions d'interface graphiques de saisie, lecture et de recherche de données.

Formations

  • Université Blaise Pascal

    Clermont Ferrand 2002 - 2003 Diplome d'Etudes Superieures Specialisees

    informatique pour la génomique - Clermont Ferrand (63)

Réseau

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