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Sébastien VIGNEAU

BOSTON

En résumé

Mes compétences :
Java
Perl
R
Python
Awk
Shell
HTML
CSS
Scheme
SQL
Rsem
Samtools
Galaxy
Bowtie
ImageJ
Volocity
Inkscape
Drupal
Wordpress
Biologie cellulaire
Embryologie de la souris
Biologie moléculaire
Infection par lentivirus
Transfection
Recombinaison homologue
EMSA
RFLP
Microscopie en épifluorescence
Microscopie confocale
Padlock probes
Hybridation in situ
RNA-seq
Immunoprécipitation de chromatine
Immunohistochimie
Interférence par ARN
Western blot
Hybridation in situ fluorescente
ChIP-seq
Différenciation de cellules souches embryonnaires
Différenciation de cellules cardiaques
Ubuntu Server
RT-PCR quantitative
Open Atrium
LibreOffice
MATLAB

Entreprises

  • Dana-Farber Cancer Institute (Boston) - Chercheur post-doctoral

    2013 - maintenant Étude de l'expression monoallélique sur les autosomes.

    Sous la direction du Dr. Alexander Gimelbrant, dans le laboratoire du Dr. Alexander Gimelbrant.
    Site internet: http://research4.dfci.harvard.edu/gimelbrantlab/Main.html
  • University of Pennsylvania School of Arts and Sciences (Philadelphia) - Chargé de travaux pratiques

    2012 - 2012 Conception d'une partie du cours BIOL425, écriture de l'examen final, participation à la notation et aide au bon déroulement de l'ensemble du cours.

    Ce cours, enseigné par le Prof. John Wagner, consiste en un projet guidé de recherche sur les liens entre épigénétique et longévité, utilisant la levure comme organisme modèle. Les étudiants y ont appris à conduire un projet de recherche indépendant en utilisant des techniques telles que le criblage génétique inverse, l'analyse de puces à ADN, le Western blot, le système de clonage Gateway et la RT-PCR quantitative en temps réel.
  • Penn Biotech Group (Philadelphia) - Vice-président Technologies de l'Information

    2009 - 2013 1. Consultant en étude de marché et stratégie de vente pour une entreprise de logiciel d'analyse de puces à ADN et pour une entreprise de logiciel médical (2009).

    2. Configuration et gestion d'un système informatique de gestion de projet basé sur Open Atrium/Drupal; coordination des communications internes (2009-2012).

    Site internet: http://www.pennbiotechgroup.com
  • University of Pennsylvania School of Medicine (Philadelphia) - Chercheur post-doctoral

    2008 - 2013 1. Génération de lignées cellulaires rapportrices par recombinaison homologue dans des cellules souches embryonnaires murines, dans le but de cribler des composés utiles au traitement du syndrome de Rett, en collaboration avec le laboratoire d'Antonio Bedalov au Fred Hutchinson Cancer Research Center à Seattle (crible en cours).

    2. Caractérisation des changements d'expression allélique soumise à l'empreinte parentale dans des embryons de souris déficients pour le régulateur transcriptionnel CTCF.

    3. Caractérisation de classes de sites de fixation du régulateur transcriptionnel CTCF fonctionnellement distinctes, grâce à l'utilisation d'approches bioinformatiques et biochimiques à l'échelle du génome, en collaboration avec le laboratoire de Sridhar Hannenhalli à l'University of Maryland (Essien, Vigneau et al, Genome Biol., 2009; Plasschaert, Vigneau et al, in revision for Nucleic Acids Res.).

    Sous la direction du Prof. Marisa Barolomei, dans le laboratoire du Prof. Marisa Bartolomei.
    Site internet: http://www.med.upenn.edu/apps/faculty/index.php/g20000320/p13534
  • Institut Pasteur (Paris) - Doctorant

    Paris 2003 - 2007 Caractérisation d'éléments contrôlant l'inactivation du chromosome X, au moyen de délétions ciblées dans des cellules souches embryonnaires murines (Vigneau et al, Proc Natl Acad Sci, 2006; Navarro et al, Epigenetics Chromatin, 2009).

    Sous la direction du Dr Philippe Clerc, au sein de l'unité de génétique moléculaire murine dirigée par le Prof. Philip Avner.
    Site internet: http://www.pasteur.fr/recherche/unites/Gmm/index-en.html
  • Ecole Normale Supérieure (Paris) - Stagiaire

    2002 - 2003 Caractérisation de l'identité et de la migration des cellules exprimant Dbx1 dans le cerveau embryonnaire de souris (Bielle et al, Nat Neurosci., 2005).

    Sous la direction du Dr. Alessandra Pierani, au sein de l'équipe Régionalisation du Cerveau dirigée par le Dr. Marion Wassef.
    Site internet: http://www.biologie.ens.fr/desnrnv
  • Centre de Biologie du Développement, Université Paul Sabatier (Toulouse) - Stagiaire

    2002 - 2002 Caractérisation des éléments régulateurs du gène msxB dans le poisson zèbre grâce à l'utilisation de transgènes rapporteurs.

    Sous la direction du Dr. Patrick Blader, au sein de l'équipe Contrôle de l'Identité Neuronale dirigée par le Dr. Patrick Blader.
    Site internet: http://www-cbd.ups-tlse.fr/cbd/equipes/equipe.php?lang=Fr&Equipe=blader
  • Biosentec (Toulouse) - Stagiaire

    2001 - 2001 Développement d'un biocapteur enzymatique de l'éthanol.

    Site internet: http://www.biosentec.fr
  • INRA (Toulouse) - Stagiaire

    2001 - 2001 Développement d'un système de complémentation fonctionnelle dans la légumineuse Medicago truncatula pour le clonage positionnel du gène DMI1.

    Sous la direction du Dr. Jean-Michel Ané, au sein de l'équipe Signaux Symbiotiques dirigée par le Prof. Jean Dénarié.
    Site internet: http://compact.jouy.inra.fr/compact/CONSULTER/INTER/externe/equipes/ecrans/441_5
  • CerCo-CNRS (Toulouse) - Stagiaire

    2000 - 2000 Modélisation de potentiels évoqués visuels mesurés par électroencéphalogramme.

    Sous la direction du Dr. Margot Taylor, au sein de l'équipe de Margot Taylor.
    Site internet: http://www.cerco.ups-tlse.fr/fr_vers/cerco_eng/index.php?url=presentation.htm
  • Alcatel Space (Toulouse) - Stagiaire

    1998 - 1998 Modélisation d'un élément de satellite par éléments finis.

    Service calcul.
    Site internet: http://www.thalesgroup.com/Markets/Space/Home

Formations

  • Conservatoire National Des Arts Et Métiers (Paris)

    Paris 2004 - 2007 Certificat de compétence, mention bien

    Programmation en shell Unix, scheme, java, sql, html, css.
    Algorithmique pour la bioinformatique.
    Biostatistiques.
    Analyse de séquences et structures protéiques.
  • Université Pierre Et Marie Curie (Paris VI) (Paris)

    Paris 2003 - 2007 Thèse, mention très honorable

    "Étude fonctionnelle de l'inactivation du chromosome X au moyen de délétions ciblées dans le centre d'inactivation du chromosome X murin."

    Sous la direction du Dr. Philippe Clerc, au sein de l'unité Génétique Moléculaire Murine dirigée par le Prof. Philip Avner à l'Institut Pasteur de Paris.
    Site internet: http://www.pasteur.fr/recherche/unites/Gmm/index-en.html
  • Université Pierre Et Marie Curie (Paris VI) (Paris)

    Paris 2002 - 2003 DEA (Master Recherche), mention bien

    Initiation aux techniques de laboratoire en embryologie (souris, poulet, grenouille, possion zèbre, drosophile, nématode, étoile de mer et oursin).
    Séminaires sur la polarité embryonnaire, les organisateurs et l'induction embryonnaires, le développement de la souris, la myogenèse, la chromatine, l'EvoDevo et les nouvelles méthodologies en biologie du développement.
  • Université Toulouse III - Paul Sabatier (Toulouse)

    Toulouse 2001 - 2002 Maîtrise (Master 1), mention bien

    Biologie moléculaire et cellulaire, génétique, biologie du développement, neurobiologie, bioinformatique.
  • Université Toulouse III - Paul Sabatier

    Toulouse 2000 - 2001 Licence, mention assez-bien

    Biologie moléculaire et cellulaire, génétique, biochimie, biophysique, biologie du développement, physiologie animale.

Réseau

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