Benjamin STUPFLER

En résumé

Entreprises

• Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IBMC) - Chercheur Post-doctoral

  2018 - maintenant L'objectif du projet est d'étudier les mécanismes moléculaire de la réplication virale du Virus d'Immunodéficience Humaine 1 (VIH-1), et plus spécifiquement les mécanismes d'action de la protéine virale Vif.

• Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC) - Chercheur

  2013 - 2016 Titre de la thèse :
  "Fonction des protéines BTG/Tob dans la désadénylation des ARN messagers eucaryotes", effectuée sous la direction de Dr. Bertrand SERAPHIN.
  
  Management de projet :
  - Mise au point et amélioration de protocoles
  - Analyse de résultats/données
  - Résolution de problèmes
  - Gestion de stocks
  - Gestion des coûts
  - Respect de délais
  - Présentations régulières et exhaustives en anglais de mes travaux devant mon équipe de recherche
  - Présentation synthétique de mes travaux en anglais et réponse en anglais aux questions de l'auditoire lors d'une conférence internationale (SifrARN, du 8 au 10 mars 2016 à Toulouse)
  - Rédaction scientifique (manuscrit de thèse de 200 pages récapitulant de manière synthétique le contexte bibliographique, la démarche scientifique, ainsi que les principaux résultats obtenus)
  
  Modèles biologiques :
  - Cellules cancéreuses humaines et embryonnaires (HeLa S3, HeLa W.S., MCF7, U2OS ; HEK293)
  - Bactérie (Escherichia coli)
  
  Compétences techniques :
  - Analyses in cellulo (transfections de cellules, co-immunoprécipitations de protéines, co-précipitations de protéines, western blot, Proximity Ligation assay (PLA), Fluorescence Activated Cell sorting (FACS), essais double-hybride, purifications d'extrait cellulaire, clonages, transformations bactériennes)
  - Analyses in vitro (synthèses d'ARN, essais de dégradation ARN, essais de traduction de rapporteur luciférase, PCR, RT-qPCR, Rapid Amplification of cDNA Ends-Poly(A) Tail Assay (RACE-PAT))
  - Microscopie optique et confocale
  
  Un article comprenant une partie de mes travaux a été publié le 25 février 2016 :
  "BTG2 bridges PABPC1 RNA-binding domains and CAF1 deadenylase to control cell proliferation."
  
  L'article est accessible au lien suivant : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26912148

• Institut de Biologie Moléculaire des Plantes (IBMP) - Chercheur

  2013 - 2013 Mon travail lors de ce CDD de 6 mois, supervisé par le Dr. Dominique GAGLIARDI, a consisté à mettre en œuvre des expériences afin d'étudier l'uridylation, un mécanisme moléculaire influant aussi bien la maturation et l'activité d'ARN non codants que la dégradation d'ARN codants et non codants.
  
  Management de projet :
  - Analyse de résultats/données
  - Résolution de problèmes
  - Respect de délais
  - Rédaction scientifique (manuscrit de 32 pages en français récapitulant brièvement le contexte bibliographique, et en détails la démarche scientifique et les principaux résultats obtenus)
  
  Modèle biologique :
  - Plante (Arabidopsis thaliana)
  
  Compétences techniques :
  - Analyses in vitro (Rapid Amplification of cDNA Ends (RACE)-PCR, RT-qPCR, PCR sur colonie bactérienne, clonages, transformations bactérienne)
  - Analyse macroscopique de la plante modèle Arabidopsis thaliana (étude de germination, étude de croissance, analyse phénotypique à l'aide du logiciel ImageJ)
  
  Mon travail a constitué une étape préliminaire à l'étude sur tout le transcriptome de l'uridylation des ARNm ainsi que de son rôle chez les plantes.
  Cette étude a fait l'objet d'un article, publié le 22 mars 2016 dans le journal Cell reports :
  "Uridylation and PABP Cooperate to Repair mRNA Deadenylated Ends in Arabidopsis."
  
  L'article est accessible au lien suivant : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26972004

• Institut Molekulare Botanik, Ulm, Allemagne - Chercheur

  2012 - 2012 Sous la supervision de Prof. Stefan BINDER, mon objectif a été de détecter des ARN messagers mitochondriaux présentant des extrémités 5' ou 3' inhabituelles dans divers écotypes de la plante modèle Arabidopsis thaliana.
  
  Management de projet :
  - Analyse de résultats/données
  - Résolution de problèmes
  - Rédaction scientifique (manuscrit de 23 pages en anglais récapitulant brièvement le contexte bibliographique, et en détails la démarche scientifique et les principaux résultats obtenus)
  
  Modèle biologique :
  - Plante (Arabidopsis thaliana)
  
  Compétences techniques :
  - Analyses in vitro (purification d'ARN, ligation ARN/ADN, synthèse d'ADN complémentaire, migration sur gel par electrophorèse, PCR/PCR sur colonie bactérienne, transformation bactérienne par électroporation)
  
  J'ai ainsi pu identifier et caractériser un défaut partiel d'épissage entre deux exons d'un transcrit mitochondrial dans un écotype d'Arabidopsis thaliana, aboutissant à l'accumulation d'un intermédiaire d'épissage. Ces résultats, couplés à des expériences de croisements génétiques, pourraient permettre d'identifier un nouveau facteur mitochondrial ou nucléaire responsable de l'épissage d'ARN messagers mitochondriaux.

Formations

• Université De Strasbourg (Strasbourg)

  Strasbourg 2013 - 2016 Docteur de Sciences de la Vie et de la Santé
  
  Thèse de doctorat effectuée à l'Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC) d'Illkirch, sous la direction du Dr. Bertrand SERAPHIN.
  Titre de la thèse : "Fonction des protéines BTG/Tob dans la désadénylation des ARN messagers eucaryotes"
  
  PhD performed at the Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC) in Illkirch, directed by Dr. Bertrand SERAP

• Polytech'Nice-Sophia

  Nice-Sophia Antipolis 2010 - 2013 Ingénieur en Biologie

• Lycée Jean Rostand

  Strasbourg 2008 - 2010 CPGE filière BCPST
  
  CPGE (Classes Préparatoires aux Grandes Écoles) filière BCPST (Biologie, Chimie, Physique, Sciences de la Terre)

Réseau

• Alexandre PALAGI

• Alexis WEIL

• Amélie CESSIEUX

• Benjamin MERLET

• Cécile CARVAJAL

• Kévin POIROT

• Kévin RUE

• Laura STREK

• Lauren MORIN

• Loïc GIROT