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Commissariat à l'Energie Atomique - Cadarache
- Ingénieur de recherche
2008 - maintenant
Ingénieur de Recherche
Laboratoire de bioénergétique cellulaire -CEA – Cadarache.
Etudes Structure/Fonction d’enzymes chélatants les métaux lourds.
Chef de service : Dr Pignol
Compétences techniques
Biologie moléculaire : clonage, design de protéines fusion, construction de mutant de délétion, complémentation, double- hybride bactérien, utilisation de banque génomique.
Biologie cellulaire : Cultures cellulaires de bactéries et de lignées humaines, Tests de mobilité.
Biochimie: Expression et purification de protéines. Localisation cellulaire de protéine et cinétique de localisation dans la membrane. Electrophorèses SDS-PAGE, Urea-PAGE et PAGE, Western blot. Etudes d’interaction protéine/protéine in vivo (co-purification d’affinité) et in vitro (pontage chimique). Développement de la méthode TAP chez E. coli.
Chromatographie: Chromatographie en phase liquide (HPLC, FPLC), Chromatographie en phase gazeuse, chromatographie sur couche mince.
Microscopie: Microscopie à fluorescence, localisation cellulaire, morphologie.
Protéomique: Spectromètres de masse Maldi-TOF (Autoflex Bruker) et MaldiTOF/TOF (Ultraflex Bruker), séquençage de novo (Biotools), robot ClinproTools de préparation des échantillons, programmation du robot, analyse statistique, bioinformatique liées à l’identification de protéines.
Publications
Gully D., Moinier D., Loiseau L., Bouveret E., 2003. New partners of acyl carrier protein detected in Escherichia coli by tandem affinity purification. FEBS Lett. 548. p. 90-96.
Gully D., Bouveret E., 2005. A protein interaction network for phospholipid synthesis uncovered by a variant of the Tandem Affinity Purification method in Escherichia coli. Proteomics. 6.
p. 282-293.
Gully D., Bouveret E., 2009. Supramolecular organisation of phospholipid synthesis in Escherichia coli. Soumis à Proteomics.
Gully D., Carlioz A., Dussert C., Schmit P. O., Romain S., Martin PM., Muracciole X., 2009. Clinical proteomics: a new sampling qualification protocol, the first essential step in translational research. Soumis à EJC.
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Assistance des hôpitaux de Mrseille
- Ingénieur de recherche
2006 - 2008
Ingénieur de Recherche Clinique en Protéomique
Laboratoire de transfert en oncologie biologique - AP-HM - Marseille
Plateforme de protéomique clinique
Thèmes du laboratoire : Recherche de Biomarqueurs diagnostiques, pronostiques et théranostiques en Cancérologie
Chef de Service : Prof. Martin Pierre Marie
Compétences techniques
Biologie moléculaire : clonage, design de protéines fusion, construction de mutant de délétion, complémentation, double- hybride bactérien, utilisation de banque génomique.
Biologie cellulaire : Cultures cellulaires de bactéries et de lignées humaines, Tests de mobilité.
Biochimie: Expression et purification de protéines. Localisation cellulaire de protéine et cinétique de localisation dans la membrane. Electrophorèses SDS-PAGE, Urea-PAGE et PAGE, Western blot. Etudes d’interaction protéine/protéine in vivo (co-purification d’affinité) et in vitro (pontage chimique). Développement de la méthode TAP chez E. coli.
Chromatographie: Chromatographie en phase liquide (HPLC, FPLC), Chromatographie en phase gazeuse, chromatographie sur couche mince.
Microscopie: Microscopie à fluorescence, localisation cellulaire, morphologie.
Protéomique: Spectromètres de masse Maldi-TOF (Autoflex Bruker) et MaldiTOF/TOF (Ultraflex Bruker), séquençage de novo (Biotools), robot ClinproTools de préparation des échantillons, programmation du robot, analyse statistique, bioinformatique liées à l’identification de protéines.
Encadrement d’étudiants
J’ai encadré trois étudiants lors de stages de six à huit semaines (BTS biotechnologies).
Publications
Gully D., Carlioz A., Dussert C., Schmit P. O., Romain S., Martin PM., Muracciole X., 2009. Clinical proteomics: a new sampling qualification protocol, the first essential step in translational research. Soumis à EJC.
Présentations professionnelles
Communications / Enseignement:
Juillet 2006, Congrès ‘Clinical Proteomics in Oncology’ – Dijon. Poster.
Juin 2006, Congrès Eurocancer 2006 - XXVIème Forum de Cancérologie – Paris;
Session : Recherche et pharmacologie clinique. Poster.
Rapports techniques :
Mars 2006, Standardisation des méthodes de traitement des échantillons du préfractionnement protéique à la cristallisation. Auteur principal.
Février 2006, Standardisation des méthodes de recueil des échantillons : du prélèvement à la cryoconservation. Co-auteur.
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CNRS
- PhD
Paris
2001 - 2005
PhD Student - Thésard en protéomique et lipidomique
Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Macromoléculaires - UPR 9027 - CNRS - Campus Joseph Aiguier - Marseille
Directrice de Thèse : Dr Bouveret Emmanuelle
Parrain de Thèse : Prof. Barras Frédéric
Compétences techniques
Biologie moléculaire : clonage, design de protéines fusion, construction de mutant de délétion, complémentation, double- hybride bactérien, utilisation de banque génomique.
Biologie cellulaire : Cultures cellulaires de bactéries et de lignées humaines, Tests de mobilité.
Biochimie: Expression et purification de protéines. Localisation cellulaire de protéine et cinétique de localisation dans la membrane. Electrophorèses SDS-PAGE, Urea-PAGE et PAGE, Western blot. Etudes d’interaction protéine/protéine in vivo (co-purification d’affinité) et in vitro (pontage chimique). Développement de la méthode TAP chez E. coli.
Chromatographie: Chromatographie en phase liquide (HPLC, FPLC), Chromatographie en phase gazeuse, chromatographie sur couche mince.
Microscopie: Microscopie à fluorescence, localisation cellulaire, morphologie.
Protéomique: Spectromètres de masse Maldi-TOF (Autoflex Bruker) et MaldiTOF/TOF (Ultraflex Bruker), séquençage de novo (Biotools), robot ClinproTools de préparation des échantillons, programmation du robot, analyse statistique, bioinformatique liées à l’identification de protéines.
Encadrement d’étudiants
Entre juin 2003 et décembre 2005, j’ai encadré cinq étudiants lors de stages de six à huit semaines (M1-biochimie, L3-biochimie et école d'ingénieur).
Publications
Gully D., Moinier D., Loiseau L., Bouveret E., 2003. New partners of acyl carrier protein detected in Escherichia coli by tandem affinity purification. FEBS Lett. 548. p. 90-96.
Gully D., Bouveret E., 2005. A protein interaction network for phospholipid synthesis uncovered by a variant of the Tandem Affinity Purification method in Escherichia coli. Proteomics. 6.
p. 282-293.
Présentations professionnelles
Communications / Enseignement:
Février 2005, Séminaire (M1 Biochimie, Aix-Marseille II).
Septembre 2004, Journées de l’école doctorale des sciences de la vie et de la santé (Aix-Marseille III). Communication et Poster.
Mai 2004, Congrès international de biochimie SFBBM. Marrakech, Maroc.
Mai 2004, Doctoriales en Provence, Baumes-en-provence, France. Poster.
Mars - Mai 2004, Encadrement de travaux pratiques (L3 Biochimie, Aix-Marseille II).
