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Emilie THOMAS

PARIS

En résumé

Thématiques : Cancer, génomique, classification, prédiction, survie, rechute, réponse au traitement.

Technologies : NGS, biopuces SNP haut débit, transcriptome, BAC CGH, miRNA. (illumina, affymetrix).

Pathologies étudiées : Hépatoblastome, mésothéliome, cancer des voies aérodigestives supérieures, du poumon, cortico-surrénales, glioblastome, cancer du sein.

Informatique : logiciel R, Perl, Fortran, Scilab.
Systèmes windows & unix
Connaissances en C/C++, java, html/css, php.

Publications :

Gene expression profiling identifies emerging oncogenic pathways operating in extranodal NK/T-cell lymphoma, nasal type.
Blood. 2010 Feb 11;115(6):1226-37. Epub 2009 Nov 30.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19965620

Regulation of insulin-like growth factor-mammalian target of rapamycin signaling by microRNA in childhood adrenocortical tumors.
Cancer Res. 2010 Jun 1;70(11):4666-75. Epub 2010 May 18.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20484036

Biological and clinical relevance of transcriptionnally active human papillomavirus (HPV) infection in oropharynx squamous cell carcinoma.
Int J Cancer. 2009 Sep 30
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19795456?ordinalpos=1&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_DefaultReportPanel.Pubmed_RVDocSum

Hepatic stem-like phenotype and interplay of Wnt/beta-catenin and Myc signaling in aggressive childhood liver cancer.
Cancer Cell. 2008 Dec 9;14(6):471-84.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=pubmed&cmd=DetailsSearch&term=19061838 [uid]

Prediction of future metastasis and molecular characterization of head and neck squamous-cell carcinoma based on transcriptome and genome analysis by microarrays.
Oncogene. 2008 Nov 20;27(51):6607-22. Epub 2008 Aug 4.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=pubmed&cmd=DetailsSearch&term=18679425 [uid]

Mes compétences :
Biologie
Biostatistiques
Chef de projet
Génomique
logiciel R
Mathématiques
Modélisation
Puces à ADN
Statistiques

Entreprises

  • Plateforme INCA - Synergie Lyon Cancer - Biostatisticienne

    2010 - maintenant

  • Ligue Nationale Contre le Cancer - Programme Cartes d'Identité des Tumeurs - Ingénieur de recherche - biostatistiques

    2005 - 2010 Bioanalyste :
    Conduite de l'analyse de projets sélectionnés sur une thématique cancer jusqu'à publication des résultats.
    Les projets sont menés en partenariat avec des équipes de scientifiques pluridisciplinaires (chercheurs, médecins, cliniciens, biologistes, bioinformaticiens...)
    - Elaborer une stratégie d'analyse adaptée aux objectifs
    - Concevoir si besoin de nouvelles méthodes d'analyse.
    - Realisation des bioanalyses.
    - Interactions avec les investigateurs du projet, présentation des résultats.
    - Rédaction du chapitre "Material & Methods" de l'article. Génération des tableaux et figures.

    Responsable des chaînes de traitement des puces dédiées à l'étude du génome (CGH-array et SNP haut débit -Illumina).
    - Etudes comparatives des technologie en vue d'une aide à la décision du choix technologique adapté à l'objectif.
    - Mise en place d'un controle qualité automatisé des données brutes, évaluation de l'influence des paramètres expérimentaux.
    - Etude bibliographique, implémentation, évaluation et complétion des méthodes de traitement des données brutes.
    - Conception et élaboration de nouvelles méthodes. Optimisation, algorithmique.
    - Réalisation d'outils dédiés à la visualisation exploratoire des données sur le génome.
    - Interactions avec les autres bioanalystes de l'équipe.

    Site du programme : http://cit.ligue-cancer.net/

  • CEA Marcoule/LCLT - Stagiaire DEA & DESS

    2004 - 2004 Stage de 6 mois au Laboratoire d'Etudes du Comportement à Long Terme des matériaux de conditionnement sous la direction d'Yves Minet.

    Simulation numérique de la cinétique d'altération en milieu acqueux d'une matrice de verre contenant des produits de fission nucléaire à haute durée de vie.
    - Prise en compte de phénomènes physico-chimiques complexe (Facteurs environnementaux, dissolution des éléments chimiques, rétroaction du pH)
    - Collaborations avec des chercheurs chimistes spécialistes de matériaux. Confrontation de la simulation numérique aux expériences réelles.
    - Mise en équation du problème et étude de la stabilité mathématique.
    - Réalisation d'un code de calcul en Fortran90.

  • Institut Géographique National - LAREG - Stagiaire

    2003 - 2003 Stage de 4 mois au sein du Laboratoire de Recherche en Géodésie sous la direction d'Olivier Jamet. Travail ayant fait l'objet d'une publication.

    Réalisation d'un algorithme linéaire de simulation du champ de potentiel gravitationnel d'un volume polyhédrique.
    - Etude bibliographique
    - Amélioration et optimisation de l'algorithme existant.

    O. Jamet, E. Thomas, A linear algorithm for computing the spherical harmonic coefficients of the gravitational potential from a constant density polyhedron, in Proceeddings of the 2nd International GOCE User Workshop, "GOCE, the geoid and oceanography", CNES (Ed.), 2004.

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