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Jean-Pierre DESVIGNES

Rueil-Malmaison

En résumé

Initialement formé pour les sciences du vivant (Licence Physiologie Neuroscience), j'ai décidé d'allier intérêt pour la biologie et passion de l'informatique, en réalisant un MASTER Bioinformatique.
Durant celui-ci j'ai acquis de nombreuses connaissances que ce soit dans le domaine de la génomique, l'informatique ou la bioinformatique. Durant ce Master j'ai acquis les compétences de base dans l'analyse de données biologiques, comme les puces à ADN et l'analyse de séquences.

A la fin de ce master j'ai réalisé un stage au sein de la société Murigenetics qui m'a permis de mettre à profit ma formation au langage JAVA. Durant ce stage j'étais en étroite collaboration avec les ingénieurs de recherche de la start-up.
Ensuite pendant près de 2 ans j'ai travaillé sur une plateforme de service de génomique (Plateforme Montpellier GenomiX). Le travail sur cette plateforme m'a donné l'opportunité d'être en contact avec de nombreux utilisateurs.
Lors de ces 2 années je me suis spécialisé dans l'analyse de données NGS.

Aujourd'hui je travaille au sein de l'unité de GENETIQUE MEDICALE ET GENOMIQUE FONCTIONNELLE à la faculté des sciences de la Timone à Marseille et plus particulièrement au sein de l'équipe Génétique et Bioinformatique du Pr Béroud. Mon travail repose sur 2 axes : le premier est la collaboration avec les autres équipes de recherches pour l'analyses de données (Exome, Genome, RNA-Seq, Chip-Seq), le second est le développement d'outils bioinformatique et de base de données.

https://www.researchgate.net/profile/Jean-Pierre_Desvignes

Mes compétences :
Bioinformatique
Java
Logiciel R
Perl
Analyse de données NGS
PostgreSQL
PHP
NetBeans
JavaScript
JQuery
Laravel
NGS Analysis
Bio-informatique

Entreprises

  • Astrazeneca - Intervenant

    Rueil-Malmaison 2018 - 2018 Intervenant en tant qu'orateur lors d'une journée de formation au NGS organisée par la société AstraZeneca
  • Astrazeneca - Intervenant

    Rueil-Malmaison 2017 - 2017 Intervenant en tant qu'orateur lors d'une journée de formation au NGS organisée par la société AstraZeneca
  • Aix Marseille Université - Ingénieur d'études en BIoinformatique

    Marseille 2011 - maintenant Mise en place et optimisation d'un Pipeline d'analyse d'exome et de génome.
    Analyse de données de Next Generation Sequencing (WES, WGS, RNA-Seq, ChIP-Seq, ATAC-Seq, Single Cell RNA-Seq).
    Développement d'un outil de prédiction du caractère pathogène d'un variant (http://umd-predictor.eu/).
    Développement d'un outil d'annotation et de filtration pour les biologistes et cliniciens. Cet outil a été présenté a de nombreux training et a été téléchargé + de 1000 fois représentant + de 50 pays différents. (https://varaft.eu)
    Développement de la base nationale des CNVs (bancco.fr) et de la base française des variants rare RDVD (rdvd.fr)
  • Plateforme Montpellier Genomix, Institut de genomique fonctionnelle, CNRS - Ingénieur d'études en Bioinformatique

    2009 - 2011 Activités :

    _Analyse de données :
    -Analyse d'une vingtaine de projets de puces à ADN :
    .normalisations
    .filtrages
    .tests statistiques
    .classification hiérarchique
    .rédaction des rapports de résultats.
    -Annotation de séquences
    -Annotation fonctionnelle (Gene Ontology)
    -Méta-analyses transcriptomiques

    _Développement d’outils d’analyse et de gestion de données.

    _Gestion de projets clients :
    -administrateur du gestionnaire de projets clients
    -administrateur du LIMS pour les puces à ADN (BASE)

    _Accompagnement des utilisateurs :
    -Aide pour l'analyse des données
    -Formation aux outils disponibles sur la plateforme
    -Dépôts des données dans Gene Expression Omnibus
    -Rédaction des matériels et méthodes.
    -Participation à la mise en place du système qualité (Norme ISO9001:2008)
  • Murigenetics - Bioinformaticien

    2008 - 2008 Stage fin de MASTER (6 mois)

    Développement d'outils de traçabilité et d'analyse en JAVA avec base de données MySQL.
  • Carrefour Grand Littoral Marseille, CDI Etudiant - Assitant de caisse, Roller

    2005 - 2009

Formations

Réseau

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