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Aix-Marseille Université
- Ingénieur de Recherche en analyse de données biologiques
Marseille
2014 - maintenant
Ma mission au sein de l'AMU se partage entre le CIML et du TAGC, deux laboratoires de recherche en biologie basés sur le campus de Luminy.
Au CIML, je travaille en lien direct avec les chercheurs en biologie et bio-informatique, au sein de la plateforme commune de bio-informatique sous la direction de Sébastien Jaeger. Nous aidons les chercheurs à mettre en place leurs projets requérant des analyses bio-informatiques et bio-statistiques, encadront les bio-informaticiens recrutés dans ces projets et participons aux analyses bio-informatique. De par ma formation de physicien théoricien, je m'interesse également aux interactions avec les biologistes visant au développement de modèles mathématiques cherchant à rendre compte du comportement biologique. Je participe aussi à des projets interdisciplinaires en relation avec des physiciens du Centre de Physique Théorique d'AMU.
Au TAGC, je travaille en relation étroite avec les chercheurs en bio-informatique et en biologie et j'intéragis également avec les ingénieurs de la plateforme IBiSA du laboratoire (TGML). Je participe aux divers projets du laboratoire requérant mes compétences et connaissance en mathématique et en modélisation, le laboratoire développant un approche méthodologique basée particulièrement sur la biologie des systèmes.
Dans les deux laboratoires, je participe aussi au développement d'applications logicielles (outils bio-informatiques, bases de données...) et à l'encadrement des étudiants. Je propose des formations aux statistiques employées en biologie aux chercheurs, ingénieurs et étudiants des deux centres.
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CIML
- Ingénieur de Recherche
Marseille
2012 - 2014
Activités:
- Traitement et analyse de données HTS (ChIP-seq, RNA-seq, Exome-seq...) issues de plusieurs projets des équipes du CIML.
- Participation aux analyses bio-informatiques concernant le rôle de la phosphorylation de la Tyrosine 1 du CTD de la polymerase de type II dans la transcription génétique (modèle murin).
- Participation aux analyses bio-informatiques concernant la dynamique des modules régulateurs (CIS modules) de la transcription génétique au cours de la differentiation des lymphocites T (modèle murin).
- Participation aux analyses bio-informatique concernant les origines génétiques du lymphome folliculaire B.
- Enseignement des statistiques en usage dans la recherche en biologie aux chercheurs, ingénieurs et doctorants du CIML et de l'Amidex Biotrail.
- Amélioration des services offerts par la plateforme bio-informatique locale : installation d'une grille de calcul (SGE) et d'un serveur Galaxy, gestion du parc de machine, gestion des zones de stockage.
- Amélioration des méthodes employés par les bio-informaticiens: méthode agile de gestion de projet, développement collaboratif et concurrentiel (SVN), gestionnaire de projet (Redmine), automatisation des taches (ant, workflow)...
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I2M - UMR 7373
- Ingénieur de Recherche
2012 - 2012
Activités:
- Développement d'un plugin pour l'application Cytoscape concernant la visualisation et l'analyse des partionnements de graphe d'interaction proteine-proteine. Voir:
Spinelli L., Gambette P., Chapple C., Robisson B., Baudot A., Garreta H., Tichit L., Guénoche A., Brun C., Clust&See: a Cytoscape plugin for the identification, visualization and manipulation of network clusters. Biosystems 2013
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0303264713001354
- Encadrement d'une étudiante de Master 2 sur le développement d'une application 3- tiers (Web/BDD) traitant des données relatives aux protéines “Moonlightning”.
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TAGC - INSERM U1090
- Ingénieur de Recherche
2011 - 2012
Au cours des 7 mois que j'ai passés au sein du TAGC, j'ai pu participer à deux projets:
* Le premier concernait la conception et le développement d'un nouvel outil d'analyse bio-informatique permettant l'étude de la relation entre facteurs de transcription par le biais de la conservation phylogénétique de leur motif de liaison. J'ai pu développer en python une solution complète qui donna de très bons résultats. Une publication scientifique est en cours d'écriture au sujet de cet outil.
* Le second projet concernait la réorganisation complete de l'architecture logicielle de GINsim, un outil d'analyse des réseaux de régulation génétique.(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16434137). Cet outil avait été développé par des équipes successives composées essentiellement d'étudiants en bio-informatique peu expérimentés. Il m'a été demandé de faire un audit sur son architecture logiciel, audit qui a débouché sur des propositions de réorganisation. Il m'a ensuite été possible de conduire la mise en oeuvre de ces solutions qui a permis de complètement remanier l'architecture afin de la rendre plus simple, plus flexible et plus abordable en lui redonnant une structure plus conforme aux recommandations en génie logiciel. J'ai aussi pu produire une documentation complète à destination des développeurs (actuels et futurs) afin de simplifier et de normaliser les développements et l'intégration de futures fonctionnalités.
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PhysioSoftware
- Directeur Recherche et Développement
2009 - 2009
Ma mission en tant que directeur de recherche et développement consistait à mener une petite équipe de développeur en vue de l'obtention d'un modèle numérique fonctionnel de la physiologie humaine. Ce modèle devait pouvoir être utilisé dans le cadre des serious games afin de rendre compte de manière réaliste du comportement physiologique dans diverses situations et divers environnements.
Cette mission comportait deux aspects.
Le premier consistait en un travail de recherche sur la compréhension des mécanismes physiologiques (respiration circulation sanguine, systèmes endocriniens, systèmes nerveux...) et la création d'un modèle fonctionnel multi-échelles (du niveau des organes à celui du meta-système) pouvant être simulé numériquement en temps réel.
Le second aspect de mon travail était la relation avec l'équipe de développement qui se faisait aussi bien au niveau technique (architecture logicielle, participation au développement...) que managérial (planning, gestion des ressources et du projet).
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BMC Software
- Developpeur/Mathématicien progiciel
Courbevoie
2003 - 2008
Dans le cadre du développement de logiciels devant gérer de grandes quantités d'information deux principaux problèmes se posent: le traitement de ces informations en vu de l'obtention du résultat désiré et la mise à disposition de ces informations à l'utilisateur.
Pour aborder et résoudre au mieux ces deux problèmes, il est possible d'exploiter des modèles utilisant des concepts mathématiques, aptes à rendre le développement des solutions à la fois simple, dynamique, évolutif et performant.
Que l'on parle de la théorie des graphes pour convenablement afficher un réseau d'information, des théories statistiques (Bayes, ...) pour évaluer des hypothèses ou des systèmes experts pour inférer des résultats, les mathématiques regorgent de solutions simplifiant et optimisant le developpement logiciel.
Mon travail chez BMC Software consistait à combiner mes capacités d'analyse et de modélisation utilisant les outils mathématiques avec les compétences de développement que j'ai acquises ainsi qu'avec celles de mes collègues pour proposer des solutions optimisées à des problèmes de traitement de l'information.
Les logiciels que nous développions sur le site d'Aix-en-Provence récupèrent une énorme quantité d'information sur les réseaux IP, informations provenant des machines en réseau, afin de permettre à l'utilisateur d'avoir une vue à la fois complète et concise de l'état de son réseau tant sur le plan de l’infrastructure (asset, connectique, architecture) que du flux de communications (physique et applicatif).
Les solutions apportées par mes travaux ont permis d'optimiser (parfois jusqu'à un facteur 100) et de simplifier le traitement de cette masse d'information.
La prise de conscience par mes employeurs des possibilités ainsi offertes les a poussé à m'inclure dans la conception et le développement d'un nouveau projet très innovant. Ce projet est aujourd'hui une réussite prenant de plus en plus d'importance au sein du produit tandis qu'un brevet fut déposé sur une partie des algorithmes qui furent développés (http://www.box.net/shared/l5dbgifb0l).
Parallèlement du fait de mes aptitudes pédagogiques et de mon expérience professionnelle, je fus fortement impliqué dans l'équipe de maintenance. Cette équipe avait pour objectif de traiter les situations en clientèle les plus critiques. Dans cette équipe, où la pression des clients était très importante, mes capacités d'analyse et mon sens du relationnel m'ont permis d'obtenir la résolution de nombreuses situations. Mes efforts et mon implication furent récompensés par deux "Awards" BMC Software.
Lettre de recommandation : http://www.box.net/shared/ttegbftfbn
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PTC (puis BMC Software)
- Ingénieur Maintenance Produit
2000 - 2003
La maintenance des produits est une fonction essentielle que tout éditeur de logiciel se doit d'offrir à ses clients. Il s'agit d'un secteur d'activité où l'objectif est de faire en sorte qu'un client ayant acheté le produit puisse convenablement le déployer sur son réseau puis l'exploiter de la manière la plus adéquate par rapport à son activité.
Désigné aux premiers niveaux sous le terme de "support technique", cette activité se partage, au plus haut niveau, entre le developpement (créer de nouvelles fonctionnalités dédiées, corriger des bugs), le consulting (être à l'écoute du client et lui offrir des solutions adaptées) et la relation clientèle (savoir gérer la position de la société face au client même dans les situations les plus délicates).
Les emplois que j'ai eu dans ce domaine ont été très riches en expériences diverses liéées à ces différents aspects. Elles m'ont apporté énormément en me permettant d'être au plus près des clients et de leurs besoins, de réaliser la diversité de leurs métiers et d'apprendre à gérer les délais et objectifs relatifs au déploiement en production d'un produit.
Grâce à cela, mon approche d'un projet ne peut plus se départir d'une volonté d'obtenir en finalité le résultat le mieux adapté aux besoins des futurs utilisateurs et répondant le plus souplement possible à leurs spécificités. Cette démarche m'a souvent été utile par la suite et a permis l'obtention de résultats probants qui furent reconnus par les clients et mes supérieurs.
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Centre de Physique Théorique, Marseille / Osservatorio di Arcetri, Florence
- Doctorant
1996 - 1999
Les travaux de recherche qui furent effectués au cours de ma thèse concernent deux points principaux.
* Le premier est l'extension d'une récente théorie traitant de l'analyse du chaos des systèmes hamiltoniens dans le cadre de la géométrie différentielle des variétés de Riemann.
* Le second concerne l'introduction des concepts de topologie differentielle dans l'etude des systemes possédant des transitions de phase.
La première partie de mon travail fut double. Il s'agissait de la mise en oeuvre de simulations numériques nécessaires à l'obtention de résultats probateurs, et de la recherche des démonstrations mathématiques de théorèmes qui seraient à l'origine de l'approche.
Les simulations numériques permirent d'effectuer l'intégration, grâce à une méthode MonteCarlo modifiée, sur les surfaces isopotentielles, du produit des valeurs propres de la matrice de l'application de Weingarten ("shape operator"), intégrale qui, d'après la généralisation du théorème de Gauss-Bonnet due à Hopf, donne la caractéristique de Euler, un invariant topologique.
Les résultats, qui demandèrent quelques 6000 heures de calcul sur des stations SUN SPARC 5 et des PC PENTIUM de 300 à 400 Mhz, montrent le comportement singulier de cette caractéristique aux passages des transitions de phase, indiquant que les surfaces isopotentielles changent de topologie.
En accord avec ces résultats, un théorème, établissant le lien entre la non-différentiabilité d'indicateurs géométriques et les transitions de topologie d'une famille de variétés, a pu être démontré, grâce à l'utilisation de la théorie de l'intégration des formes différentielles et à la connaissance de la forme explicite du groupe à un paramètre de difféomorphismes qui engendre la famille des surfaces isopotentielles. Ce théorème indique qu'en cas d'absence de transition de topologie des variétés isopotentielles, aucune transition de phase ne peut apparaitre.
Les résultats des simulations suggèrent en outre qu'il semble possible d'établir un lien plus étroit entre certaines classes de transitions topologiques et les transitions de phase, lien qui est l'objet d'une version plus forte du théorème précité et dont la démonstration est à l'étude.
Deux articles résumant les résultats des simulations numériques ont été écrits ([1,2]). Un troisième article, présentant la démonstration des théoremes obtenus fut publié([3]).
Par la suite, la mesure canonique, grâce à une formule de "co-aire" pouvant être factorisée en faisant apparaitre une intégrale sur les surfaces isopotentielles, nous nous sommes efforcés d'éclaircir quels types de transition topologiques engendrent des singularités sur les observables thermodynamiques, classiquement expliquées par les théoremes de Yang et Lee.
Il fut possible de construire des "prototypes" numériques en utilisant la théorie de Morse. Ces prototypes permirent de montrer qu'il semble possible de caractériser de manière formelle, au niveau topologique, chacune des phases homogènes du systeme. Cette analyse ouvre le champ à une étude statistique de la topologie des variétés de haute dimension, étude qui, une fois portée à son terme et appliquée aux cas physiques, pourrait permettre de déterminer quelles sont les variations dans la topologie des variétés isopotentielles qui peuvent entrainer l'apparition des transitions de phase.
Liste complète des publications: http://www.box.net/shared/63e44lhv1c
