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Marie-Christine CARPENTIER

LYON

En résumé

- Biologiques : biologie moléculaire, génomique, structure des protéines...

- Bioinformatiques
* Analyse de données : BLAST, ClustalW, MAUVE, utilisation des banques nucléotidiques et protéiques (Nr, Genbank, Uniprot, Pfam, Prodom..)
* Outils f'annotation : Artemis, Consed
* Nouvelles technologie de séquençage : assemblage de novo (trinity, velvet/oases), mapping (Tophat, GSNAP, bowtie, bwa), outils de quantification de l'expression des gènes (htseq, RSem), recherche de SNP (Kissplice),
développement de programmes pour le filtrage des données et analyse de résultats

- Programmation : Unix, Perl, R, C, bash, utilisation d'un cluster de calcul, HTML, notion en Python

- Statistique : analyse descriptive et analytique (package R DESeq)

- Système d'exploitation : Unix, Mac, Windows



Mes compétences :
Bio-informatique
Bioanalyse
Bioinformatique

Entreprises

  • UMR5096 - Laboratoire Génome et Developpement des Plantes - Ingénieur Bio-informaticienne

    2012 - maintenant

  • UMR5558 - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - Ingénieure Bioinformaticienne

    2010 - 2012 - Analyse de données haut débit RNA-seq issues d'organismes non modèle : assemblage de novo, quantification de l'expression des gènes et différentielle d'expression.

  • Institut Pasteur - Plateforme de Génotypage des Pathogènes et de Santé Publique - Ingénieur Bioinformaticienne (CDD 6 mois)

    2010 - 2010 - Analyse de la séquence du génome de Lactobacillus rhamnosus et comparaison avec les génomes disponibles de Lactobacilus rhamnosus : analyse fonctionnelle, recherche de domaines protéiques et de gènes spécifiques...

    - Étude de l’évolution in-humano des souches de Bifidobacterium animalis lactis : détection de SNPs, d’insertions et de délétions à partir de données Illumina (NGS)

  • Institut Pasteur - Plateforme de Génotypage des Pathogènes et de Santé Publique - Stagiaire de M2 en Bioinformatique (7 mois)

    2009 - 2009 - Analyse de la séquence complète du génome de Klebsiella rhinoscleromatis et comparaison avec les génomes disponibles de Klebsiella pneumoniae : recherche de pseudogènes (frameshifts), de séquences insérées et de gènes spécifiques (transferts horizontaux)...

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