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Marie ROUMAGNAC

Issy-les-Moulineaux

En résumé

Après une formation généraliste à but professionnalisant (Master pro) en Biologie moléculaire, je me suis orientée par le biais de mes stages vers le domaine de la biologie marine et de la microbiologie.

Compétences pratiques :
* Biologie moléculaire et instrumentation:
- ADN : extractions plus ou moins complexes, PCR, PCR en temps réel, PCR nichée, électrophorèse.
- ARN totaux : extractions des et synthèse des ADNc par RT-PCR.
- Macroarray : hybridation moléculaire et radioactive.
- Miniarrays : mise au point, conception des membranes et validation de la technique par hybridation colorimétrique.
- Banque de clones : purification ADN, ligation, transformation et clonage ; extraction plasmidique et digestion enzymatique.
- Banque de fosmides.
- RFMCA (Analyses des courbes de fusion des fragments de restriction en temps réel – PCR en temps réel).
- D-HPLC (Chromatographie liquide à haute pression en condition dénaturante) : travaux complémentaires à la RFMCA ; mise au point d’un référentiel archéen (méthanogènes) et traitement des données.
- DGGE (gel d’électrophorèse en condition dénaturante), mise au point et utilisation de la technique pour la détection de bactéries marines pathogènes ou non.
- Q-PCR : mise au point de courbes étalons bactéries et archées, en vue de travaux ultérieurs sur des gènes de fonction.
- SIP (stable isotope probing), mise au point de la technique du permettant la discrimination et l’identification de groupes fonctionnels d’organismes spécifiques incorporant des substrats particuliers (marquage froid). Utilisation d’ultracentrifugeuse.
- FISH : conditionnement des échantillons, inclusion en résine, coupe et hybridation in situ.
- FISH-TSA : Hybridation In situ par fluorescence avec une amplification de signal de la tyramide
- RFLP : discrimination de profils de clones.
- Cytométrie en flux : comptage cellulaire, analyse et tri de cellules.
- Robot de pipetage et distribution Hamilton.

* Microbiologie :
- Cultures : bactéries et archées, aérobies et anaérobie.
- Observation microscopique (FISH), ApoTome.
- Isolement de souches microbiennes en GMD (Gel MicroDroplet) avant enrichissement via la plateforme à haut débit.

* Biologie :
- Architecture racinaire.
- Dissection de crevettes.

* Analyse informatique et bio-informatique:
- Analyse des résultats obtenus en macroarrays.
- Analyse et interprétation des miniarrays : choix et dessins des amorces spécifiques des gènes « sondes ».
- Traitement bio-informatique des séquences.
- Analyses phylogénétiques préliminaires.
- Analyse des gels DGGE.
- Design de sondes TaqMan et amorces

* Types échantillons :
- Le modèle végétal Arabidopsis thaliana.
- Le genre Synechococcus.
- Les Gorgones Paramuricea clavata et les bactéries marines associées.
- Les lacs de saumures (eaux de bassins profonds hypersalins) et sédiments marins profonds.
- Les bactéries et archées de la souchotèque de l’Université de Bretagne Occidentale.
- La crevette hydrothermale Rimicaris exoculata.
- Picocyanobactéries (Crocosphera watsonii, Cyanothece sp.)

Mes compétences :
Biologie Moléculaire
Biologie marine
Microbiologie

Entreprises

  • Ifremer - Ingénieur Biologie marine

    Issy-les-Moulineaux 2020 - maintenant Je suis amenée à participer à la mise en œuvre de différents projets FLOPPED, IOT, RELEASE et FISNCHIPS.
    Mes principales missions sont liées aux activités d'échantillonnage en particulier sur les poissons épées puis au traitement des échantillons au niveau génétique ; ainsi qu’aux opérations liées aux activités de marquages de différentes espèces marines (notamment tortues marines).
  • Institut Méditerranéen d'Océanologie MIO - Protisvalor - Ingénieur d'étude

    2016 - 2019 Caractérisation de micro-organismes marins en conditions Hyperbares.
  • Groupe IRD - MIO (institut méditerranéen d'océanologie) - Ingénieur

    Marcq en Baroeul 2013 - 2015 Projet FISHBOX :
    - développement de la RT-QPCR, servant de contrôle positif au TSA-FISH sur ARNm, relative aux activités métaboliques de la fixation d'azote et de carbone chez les cyanobactéries diazotrophes unicellulaires.
    - mise en place de la démarche qualité norme ISO 9001 en vue d'une certification du savoir faire acquis dans ce projet.
  • Centre d'Océanologie de Marseille - Ingénieur

    2011 - 2013 Microbiologie et biologie Moléculaire sur les bactéries associées à la gorgone Paramuricea clavata
  • Ifremer centre de Brest - Université Bretagne Occidentale - Ingénieur Microbiologiste

    2009 - 2011 * Ingénieur d’études à l’université de Bretagne Orientale au sein du Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes – Projet Cocagne.
    - Mise en place d’une plateforme de culture à haut débit.

    * Ingénieur d’études à l’université de Bretagne Orientale au sein du Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes – Projet Européen Mamba.
    - Etude de la diversité microbienne symbiotique (et ses métabolismes) associée au tube digestif et à la cavité céphalothoracique de la crevette Rimicaris exoculata par une approche de métagénomique.

    * Cadre de recherche à l’Ifremer de Brest au sein du Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes (équipe Interactions microbiennes).
  • Centre d'Océanologie de Marseille - Ingénieur Microbiologiste

    2007 - 2007 Ingénieur d’études (CNRS) à la Station Marine d’Endoume, équipe DIMAR (Marseille):
    -Travaux intégrés au projet Européen MedChange.
    - Détection des bactéries impliquées dans des épisodes importants de mortalité des gorgonaires et dont l’activité serait liée aux changements climatiques.
  • Laboratoire des Ecosystemes Lagunaires - Université de Montpellier II - Assistant Ingénieur

    2007 - 2007 Assistant ingénieur (CNRS) au sein du laboratoire des Ecosystèmes Lagunaires (Montpellier) :
    - Établissement d’une banque de clones d’une picocyanobactérie, Synechococcus.
  • Ifremer centre de Brest - Ingénieur Microbiologiste

    2007 - 2008 Ingénieur d’études à l’Ifremer de Brest au sein du Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes (équipe Marges) :
    - Travaux intégrés au projet Européen HERMES.
    - Analyse de la diversité microbienne associée aux marges continentales et plus particulièrement aux émissions de fluides froids par le biais de techniques.
    - Comprendre le fonctionnement des communautés microbiennes associées à ces écosystèmes extrêmes.

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