Mes compétences :
Algorithmes
Bases de données
Bioinformatique
Biologie
Conception
Génomique
J2EE
JAVA
Microsoft SQL
Modélisation
PHP
UML
CRISPR
Entreprises
GenOway
- Chef de projet en Bioinformatique
LYON 2011 - maintenant• Pilotage des projets bioinformatique de la société (recueil des besoins, planification, conception, implémentation, tests et déploiement)
• Gestion des projets d’évolution des applications existantes et de développement de nouvelles applications scientifiques (GPAO, systèmes experts de modélisation biologique, outils bioinformatiques d’analyse de données, bases de données, …)
• Formation et assistance aux utilisateurs
ENSAT
- Ingénieur R&D en bioinformatique
CHAMONIX2009 - 2011Prise en charge des projets Bionformatique des équipes de recherche (recueil des besoins, planification, conception, implémentation, tests et déploiement) :
• Mise au point et développement d’algorithmes d’assemblage de novo pour séquençage NGS de la tomate (dans le cadre du « Tomato Genome Consortium » et participation à la rédaction de la publication dans Nature)
• Conception, développement et déploiement de bases de données maison dans différentes équipes de recherche
IRISA-INRIA - Equipe symbiose
- Ingénieur R&D en bioinformatique
2006 - 2009Pilotage d’un projet ANR « Modéliser et identifier des modules répétés dans les génomes » regroupant 4 laboratoires (IFREMER, CNRS, INRA, INRIA) :
• Mise en œuvre d’algorithmes innovants pour modéliser de manière formelle la structure des génomes sous forme d’assemblage de modules répétés de nucléotides.
• Conception et développement :
-> D’une base de données de CRISPR) recherchés sur tous les génomes d’archées et de bactéries.
-> D’une interface Web avec des outils graphiques simples et conviviaux pour l’exploration et la visualisation des données de cette base . Les fonctionnalités ont été définies en étroite collaboration avec les biologistes.
• Publication d’un article scientifique dans Bioinformatics en tant qu’auteur principal
• Inventaire et cartographie des miHsmar1 (transposons mariner) dans le génome humain
SIGMA Informatique
- Chef de projet JEE
LA CHAPELLE SUR ERDRE2004 - 2006• Suivi et coordination des équipes d’analystes et de développeurs d’un projet de déploiement d’une application Web de gestion commerciale des produits pour la grande distribution (3 analystes, 30 développeurs)
• Responsable fonctionnel :
-> Déploiement d’une application Web ‘Produits’ sur une plate-forme WebSphere
-> • Organisation des données dans une base de données « produits »
INRA - Unité MIG Jouy-en-josas
- Stage de recherche en bioinformatique
2004 - 2004Proposer une méthode d’analyse pour cartographier de manière automatique les transferts de gènes horizontaux chez les bactéries :
• Développement d’une chaîne de traitements basée sur la méthode d’analyse proposée
• Cartographie automatique pour une vingtaine d’espèces d’intérêt et mise en base de données
SIGMA Informatique
- Ingénieur développement puis ingénieur d'étude
LA CHAPELLE SUR ERDRE1990 - 2003- Evaluation des charges et suivi de projets
- Réalisation de cahiers des charges
- Administration, conception et création de bases de données relationnelles (SGBDR)
- Conception et développement d'applications client/serveur
- Conception et développement d'applications workflow sous Lotus Notes et Outlook / Exchange
- Conception et développement d'applications intranet et extranet sous Lotus Notes.
- Formation et assistance aux utilisateurs sur les produits développés
- Veille technologique dans le domaine du groupware
- Elaboration de scénarii de migration d'Exchange 5.5 vers Windows 2000 et Exchange 2000
- Mise en place d’une plate-forme d’annuaire OpenLDAP
