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Jean-Baptiste CLAUDE

Dardilly

En résumé

Mes compétences :
Informatique
Scripting
Immunologie
Biologie Structurale
Génomique
Biochimie/microbiologie
Bioinformatique
Linux/UNIX
NGS
Biologie moléculaire
Immunization
Virology
UNIX
Respiratory System
Perl Programming
Molecular Replacement Via Normal Mode Analysis
Linux
CGI Web Development

Entreprises

  • BioSellal - Chef de projet R&D Bioinformatique, Bioanalyse

    Dardilly 2015 - 2016 Analyses NGS
    Mise en place d'outils dédiés à l'analyse de virus

  • Genostar - Chef de projet R&D Bioinformatique, Bioanalyse

    2011 - 2015 bioinformatique réalisés en prestation de service chez Genostar, principalement en génomique
    (assemblage de séquences, analyse de métagénomes et de transcriptomes...) et en biologie structurale
    (optimisation des protéines recombinantes, analyse de structures 3D...)

  • Sanofi Pasteur (Lyon) - Cadre de recherche

    2009 - 2010 Cadre de recherche Bioinformatique (intérim), société Sanofi Pasteur (Lyon). Support sur
    plusieurs projets de vaccins dirigés contre des virus et des bactéries. Analyses de séquences protéiques
    et nucléiques. Modélisation de protéines virales et bactériennes. Reconstructions 3D d'enveloppes
    virales. Assemblage de génomes viraux complets. Développement d'outils dédiés (scripts) pour
    l'analyse de résultats.

  • Sanofi Pasteur - Cadre de recherche Bioinformatique

    Lyon 2009 - 2010

  • Metabolic Explorer (Auvergne) - Cadre de recherche

    2007 - 2009 Cadre « enzymologie et biochimie structurale », société Metabolic Explorer (Auvergne).
    Encadrement de deux techniciens biochimistes. Développement de dosages et suivi des activités
    enzymatiques clefs du projet. Recherche de protéines inconnues (purification de protéines natives,
    analyses bioinformatiques...). Caractérisations enzymatiques de protéines connues, purification de
    protéines recombinantes. D'après analyses de biochimie structurale, propositions de mutations sur des
    enzymes pour modifier leurs caractéristiques (affinité, réactions indésirables, substrat...). Analyse de
    l'impact des délétions de gènes sur le métabolisme d'Escherichia coli.

  • METabolic EXplorer - Cadre enzymologie et bioinformatique

    Saint-Beauzire 2007 - 2009

  • Université de la Méditerranée - Allocataire-moniteur

    2003 - 2007 Allocataire-moniteur à l'Université de la Méditerranée (cours d'informatique et de
    bioinformatique aux étudiants du premier cycle). Travaux de thèse effectués au laboratoire
    d'Information Génomique et Structurale (IGS, CNRS Marseille). « Développement d'outils de
    résolution de structure à haut débit et applications en génomique structurale ». Création d'un serveur
    web public, CaspR, qui tente de résoudre des structures cristallographiques de protéines par la
    méthode du remplacement moléculaire, couplée à de la modélisation par homologie. Etude de
    protéines virales (ARNt synthétases de Mimivirus). Résolution de la structure et analyse de la protéine
    YhbO, une protéase d'Escherichia coli étudiée dans le cadre du projet ASG (projet de génomique
    structurale sur des protéines d'intérêt d'Escherichia coli)

  • CNRS - Vacation

    Paris 2002 - 2003 Vacations au laboratoire d'Information Génomique et Structurale (IGS, CNRS Marseille).
    Participation au projet ASG (projet de génomique structurale sur des protéines d'intérêt d'Escherichia
    coli)

  • CNRS - Stage

    Paris 2001 - 2002 Parallèlement au cursus de maîtrise, stage à l'année au laboratoire d'Information Génomique
    et Structurale (IGS, CNRS Marseille), étude par dynamique moléculaire de la protéine prion avec le
    logiciel GROMACS.

Formations

Réseau

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